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safenie

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 304.5
帖子: 13
在线: 22.2小时
虫号: 1092253
注册: 2010-09-07
性别: GG
专业: 农业昆虫学

[求助] Tandem repeats finder 如何使用？

各位虫友，有没有人能帮我详解一下这个的参数设置的意义和结果分析？

Alignment Parameters (match, mismatch, indels)  这都代表啥？如何设置？

Minimum Alignment Score To Report Repeat  这都代表啥？如何设置？

Maximum Period Size  这都代表啥？如何设置？

结果中：
Found at i:13192 original size:24 final size:26

Alignment explanation

Indices: 13138--13195  Score: 70
Period size: 24  Copynumber: 2.4  Consensus size: 26 这3个代表啥意思？

   13128 TATTACTAAT

                  *             *
   13138 AATTAA-AAATTAAATAAAAAATTTT
      1 AATTAATAAACTAAATAAAAAATTTA


   13163 AA-TAATAAACTAAAT-AAAAA-TTA
      1 AATTAATAAACTAAATAAAAAATTTA


   13186 AATTAATAAA
      1 AATTAATAAA

   13196 AATTAAAAAT

该如何分析？

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1楼 2013-10-30 10:53:55

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