应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » g09 No pseudopotential on this center? 已查过相关文献
51/1返回列表
查看: 1842  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

rainyxiao

新虫 (小有名气)

[求助] g09 No pseudopotential on this center? 已查过相关文献

输入文件如下：
%mem=6GB   
%nproc=8   
%chk=CuCL4.chk
# opt b3lyp/gen pseudo=read geom=connectivity
           
CuCl4      
           
0 2        
Cu                -3.43971614    0.65602836    0.00000000
Cl                -2.71974085   -1.38044791    0.00000000
Cl                -2.71970368    1.67425274   -1.76363294
Cl                -5.59971614    0.65605497    0.00000000
Cl                -2.71970368    1.67425274    1.76363294
      
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2         
3         
4         
5         

Cl 0      
6-31g      
****      
Cu 0      
lanl2dz   
****      

Cu 0      
lanl2dz   

输出文件：
Number     Number     Electrons     Momentum     of R      Exponent        Coefficient   SO-Coeffient
======================================================================================================
    1         29           19
                                      D and up
                                                     1      511.9951763      -10.00000000    0.00000000
                                                     2       93.2801074      -72.55482820    0.00000000
                                                     2       23.2206669      -12.74502310    0.00000000
                                      S - D
                                                     0      173.1180854        3.00000000    0.00000000
                                                     1      185.2419886       23.83518250    0.00000000
                                                     2       73.1517847      473.89304880    0.00000000
                                                     2       14.6884157      157.63458230    0.00000000
                                      P - D
                                                     0      100.7191369        5.00000000    0.00000000
                                                     1      130.8345665        6.49909360    0.00000000
                                                     2       53.8683720      351.46053950    0.00000000
                                                     2       14.0989469       85.50160360    0.00000000
    2         17
                                   No pseudopotential on this center.
    3         17
                                   No pseudopotential on this center.
    4         17
                                   No pseudopotential on this center.
======================================================================================================

命令时显示：
Error: illegal instruction, illegal opcode
   rax ffffffffffffffff, rbx 0000000000000008, rcx 0000000000000001
   rdx 0000002a9558b188, rsp 0000007fbfe13e10, rbp 0000007fbfe13e10
   rsi 0000002a9558b188, rdi ffffffffffffffff, r8  0000002a9558b190
   r9  0000002a9558b190, r10 0000002a9558b190, r11 0000000000000008
   r12 0000000000000009, r13 0000000000000009, r14 0000002a9558b500
   r15 0000002a9558b0f8
  --- traceback not available

网上有人说空行问题，我试过空了一行，两行，三行，都不行...
然后我也把隐藏空格的去掉了，但还是不行
请问谁知道怎么解决这个问题？谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
然后怎样
1楼 2013-10-26 20:31:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainyxiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hairan at 2013-10-27 12:38:40
我看你这个体系也没什么保密的，请上传完整的输入输出文件。
另外，你直接用B3LYP/6-31G计算CuCl4，不用混合基组试试看...

我就是想打算试试运行，所以随便写了个分子。
直接用B3LYP/6-31G计算CuCl4，也不行，太奇怪了。
输入文件：
# opt  B3LYP/6-31G

CuCl4

-2 2
Cu                -3.43971614    0.65602836    0.00000000
Cl                -2.71974085   -1.38044791    0.00000000
Cl                -2.71970368    1.67425274   -1.76363294
Cl                -5.59971614    0.65605497    0.00000000
Cl                -2.71970368    1.67425274    1.76363294

输出文件：

~Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=CuCl4-2.com
Output=CuCl4-2.log
Initial command:
/home/msi/g09//g09/l1.exe /home/msi/g09//g09/scratch/Gau-19298.inp -scrdir=/home/msi/g09//g09
/scratch/
Entering Link 1 = /home/msi/g09//g09/l1.exe PID=     19299.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2011,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:

                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND

Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492


---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
Cite this work as:
Gaussian 09, Revision C.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010.

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevC.01 23-Sep-2011
                28-Oct-2013  
******************************************
-----------------
# opt B3LYP/6-31G
-----------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-----
CuCl4
-----
Charge = -2 Multiplicity = 2
Symbolic Z-Matrix:
Cu                   -3.43972   0.65603   0.
Cl                   -2.71974  -1.38045   0.
Cl                   -2.7197    1.67425  -1.76363
Cl                   -5.59972   0.65605   0.
Cl                   -2.7197    1.67425   1.76363


GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                           ----------------------------
                           !    Initial Parameters    !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  2.16           estimate D2E/DX2                !
! R2    R(1,3)                  2.16           estimate D2E/DX2                !
! R3    R(1,4)                  2.16           estimate D2E/DX2                !
! R4    R(1,5)                  2.16           estimate D2E/DX2                !
! A1    A(2,1,3)              109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A2    A(2,1,4)              109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A3    A(2,1,5)              109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A4    A(3,1,4)              109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A5    A(3,1,5)              109.4713         estimate D2E/DX2                !
! A6    A(4,1,5)              109.4712         estimate D2E/DX2                !
! D1    D(2,1,4,3)           -120.0            estimate D2E/DX2                !
! D2    D(2,1,5,3)            120.0            estimate D2E/DX2                !
! D3    D(2,1,5,4)           -120.0            estimate D2E/DX2                !
! D4    D(3,1,5,4)            120.0            estimate D2E/DX2                !
--------------------------------------------------------------------------------
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
Number of steps in this run=     24 maximum allowed number of steps=    100.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                          Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1         29           0       -3.439716    0.656028    0.000000
      2         17           0       -2.719741   -1.380448    0.000000
      3         17           0       -2.719704    1.674253   -1.763633
      4         17           0       -5.599716    0.656055    0.000000
      5         17           0       -2.719704    1.674253    1.763633
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  Cu   0.000000
     2  Cl   2.160000   0.000000
     3  Cl   2.160000   3.527265   0.000000
     4  Cl   2.160000   3.527265   3.527265   0.000000
     5  Cl   2.160000   3.527265   3.527266   3.527265   0.000000
Fill:  no match for NOp=  2 IAt=    2 RMin= 3.55D+00
Fill:  no match for NOp=  2 IAt=    3 RMin= 3.35D+00
Fill:  no match for NOp=  2 IAt=    4 RMin= 3.36D+00
Fill:  no match for NOp=  2 IAt=    5 RMin= 3.12D+00
Error permuting atoms in Fill, NOp=  2 RMinMx= 3.55D+00 LPerm:
   1   0   0   0   0
Symmetry turned off:
Internal error in symmetry package.
Rotational constants (GHZ):      1.1616082      1.1616081      1.1616076
Standard basis: 6-31G (6D, 7F)



难不成真的是被其他给杀了？还是因为权限问题？我不是用root用户装的。
~
~
赞一下 回复此楼
然后怎样
7楼2013-10-28 10:21:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+4 2013-10-27 20:50:57
No pseudopotential on this center
这句话不是出错信息，你的体系只有Cu需要赝势，另外几个原子都是Cl，使用6-31G是没有赝势的。

当前出错信息貌似Gaussian软件之外的问题导致的，比如硬盘满了或者你系统中有什么进程把Gaussian软件给误杀了。

还有，你的电荷和自旋多重度好像设置的不对。
如果是2价铜，上了四个Cl离子后应该是-2价，那么应该是-2 2
如果是1价铜，上了四个Cl离子后应该是-3价，那么应该是-3 1
赞一下 回复此楼
据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
2楼2013-10-26 23:44:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainyxiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hairan at 2013-10-26 23:44:36
No pseudopotential on this center
这句话不是出错信息，你的体系只有Cu需要赝势，另外几个原子都是Cl，使用6-31G是没有赝势的。

当前出错信息貌似Gaussian软件之外的问题导致的，比如硬盘满了或者你系统中有什 ...

谢谢hairan回答，可是我如果运行非混合基组的就没问题。

输入文件：
#p  B3LYP/6-31G(d,p)    opt

100923: water

0    1
O     0.000000     0.000000     0.000000
H     0.000000     0.000000     0.950000
H     0.895669     0.000000    -0.316667


这样一切正常。但一旦混合基组就有问题了，是不是在混合基组上有什么出错了？还是运行时调用的时候出错了？
赞一下 回复此楼
然后怎样
3楼2013-10-27 09:24:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by rainyxiao at 2013-10-27 09:24:23
谢谢hairan回答，可是我如果运行非混合基组的就没问题。

输入文件：
#p  B3LYP/6-31G(d,p)    opt

100923: water

0    1
O     0.000000     0.000000     0.000000
H     0.000000     0.000000      ...

我看你这个体系也没什么保密的，请上传完整的输入输出文件。
另外，你直接用B3LYP/6-31G计算CuCl4，不用混合基组试试看
赞一下 回复此楼
据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
4楼2013-10-27 12:38:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭