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前面有xinjiang“介绍一个用Material Studio构建表面模型（zz）”的帖子，我发现做表面的还不少。这里我也给大家介绍一点经验，简单点表面构建法前面介绍了，那么这里我介绍“用Material Studio构建稍微复杂的表面模型”。这里介绍的是构造一个根号3x2的pt（111）表面。
用MS Modeling制作slab模型结构图
1， 打开MS modeling,建立一个项目，如test；
2， 右击test项目，在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;
3, 在主菜单中的Build选择surfaces/Cleave surface,
4, 在弹出的菜单中处理数据
（i）在surface box界面下
a)你所要做的表面，如[111]; 也就是将cleave plane [h k l]修改成 [1 1 1]；
b) 修改深度，即将depth修改成你所需要的原子层数， 如4；
（ii）在options界面下
将Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向，V在xy平面
（iii）在surface Mesh的界面下
修改U,V矢量。
如保持U不变，将V矢量修改成 0.5 0.5 -1
5,点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型，
6，在主菜单中的Build选择Crystals/Build Vaccum Slab
7,在弹出的菜单中修改相应的参量，比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型；
8，在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小，如将A修改成2，点击Create supercell
这样产生了你所要的表面
在该表面，你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别，以及top，bridge位置。
如果你需要产生vasp的poscar文件，那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件（它是卡迪尔坐标），简单进行处理下就变成vasp了。
比如我这里有个。car坐标：
要转换成vasp，下面贴出我的程序是：
那么产生的poscar文件：
如果觉得有用的话，大家就拍下砖啊，让更多的同志们能探讨和学习表面构建.支持下我的呕心原创 ^_^！
第二种构建poscar进阶方法，可构建高指数面，纳米线管等复杂结构
在ms模块中搭建好所需要的的结构，然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”，出现一个菜单，在该菜单最下方出现三个选项，run，files，help，我们选择点击“files”，然后点击“save files”。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你到项目下打开你保存的文件。会看到一个*.cell文件，如果看不到，你就到工具栏下设置下显示隐藏的文件，*.cell是隐藏的文件。打开这个cell文件，你会看到前面是坐标文件，比如：
cell文件第2行到第5行的数字显示的是晶格矢量，对应就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量，不过这个时候poscar的第二行的晶格常熟要设置为1，因为cell文件的晶格矢量包含了晶格常数进去了。
cell文件第7行空格，第8行显示说是坐标了，而且是分数坐标，呵呵，很清楚了，在poscar的基矢量接着写下“direct”，表示是分数坐标，然后把cell文件第9行到第10行（这里是针对我给出的简单例子只有2个原子，多原子的类推就可以了）copy到poscar下就可以了。
一个poscar就完成了！就算很复杂的结构比如高指数表面，纳米线，纳米管，使用这种方法构建，非常简单！不过以上方法都是我个人摸索出来的，是否可行，有待大家评点！
对于很多纳米结构，比如纳米碳管，不管什么类型的管，现在高版本的ms都可以直接输出。特别很方便，大家也可以看看。
欢迎拍砖！
[ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 22:12 ] |
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