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前面有xinjiang“介绍一个用Material Studio构建表面模型(zz)”的帖子,我发现做表面的还不少。这里我也给大家介绍一点经验,简单点表面构建法前面介绍了,那么这里我介绍“用Material Studio构建稍微复杂的表面模型”。这里介绍的是构造一个根号3x2的pt(111)表面。
用MS Modeling制作slab模型结构图
1, 打开MS modeling,建立一个项目,如test;
2, 右击test项目,在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;
3, 在主菜单中的Build选择surfaces/Cleave surface,
4, 在弹出的菜单中处理数据
(i)在surface box界面下
a)你所要做的表面,如[111]; 也就是将cleave plane [h k l]修改成 [1 1 1];
b) 修改深度,即将depth修改成你所需要的原子层数, 如4;
(ii)在options界面下
将Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向,V在xy平面
(iii)在surface Mesh的界面下
修改U,V矢量。
如保持U不变,将V矢量修改成 0.5 0.5 -1
5,点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型,
6,在主菜单中的Build选择Crystals/Build Vaccum Slab
7,在弹出的菜单中修改相应的参量,比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型;
8,在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小,如将A修改成2,点击Create supercell
这样产生了你所要的表面
在该表面,你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别,以及top,bridge位置。
如果你需要产生vasp的poscar文件,那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件(它是卡迪尔坐标),简单进行处理下就变成vasp了。
比如我这里有个。car坐标: 要转换成vasp,下面贴出我的程序是: 那么产生的poscar文件:
如果觉得有用的话,大家就拍下砖啊,让更多的同志们能探讨和学习表面构建.支持下我的呕心原创 ^_^!
第二种构建poscar进阶方法,可构建高指数面,纳米线管等复杂结构
在ms模块中搭建好所需要的的结构,然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”,出现一个菜单,在该菜单最下方出现三个选项,run,files,help,我们选择点击“files”,然后点击“save files”。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你到项目下打开你保存的文件。会看到一个*.cell文件,如果看不到,你就到工具栏下设置下显示隐藏的文件,*.cell是隐藏的文件。打开这个cell文件,你会看到前面是坐标文件,比如: cell文件第2行到第5行的数字显示的是晶格矢量,对应就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量,不过这个时候poscar的第二行的晶格常熟要设置为1,因为cell文件的晶格矢量包含了晶格常数进去了。
cell文件第7行空格,第8行显示说是坐标了,而且是分数坐标,呵呵,很清楚了,在poscar的基矢量接着写下“direct”,表示是分数坐标,然后把cell文件第9行到第10行(这里是针对我给出的简单例子只有2个原子,多原子的类推就可以了)copy到poscar下就可以了。
一个poscar就完成了!就算很复杂的结构比如高指数表面,纳米线,纳米管,使用这种方法构建,非常简单!不过以上方法都是我个人摸索出来的,是否可行,有待大家评点!
对于很多纳米结构,比如纳米碳管,不管什么类型的管,现在高版本的ms都可以直接输出。特别很方便,大家也可以看看。
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[ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 22:12 ] |