3个问题：
1 计算表面过程中，计算成功，但是castep结果中提示
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
SCF loop      Energy           Fermi           Energy gain       Timer   <-- SCF
                               energy          per atom          (sec)   <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial  -1.24983546E+004  5.76278315E+001                        55.44  <-- SCF
      1  -1.59703259E+004 -1.69750335E+000   2.89330938E+002     197.97  <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing smearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 11 to 24.                             
        2  -1.62762609E+004 -6.23532889E+000   2.54945870E+001     356.62  <-- SCF
Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing smearing_width in the param file.Recommend using nextra_bands of 11 to 24.   
2  要在表面上吸附小分子，如H2 ，或者CO，可以选择不同的位置，比如top, bridge, 等，但是如何确定具体每个原子的position? 直接根据原子半径按照几何知识来计算吗？另外在计算表面吸附total energy的时候，是否选择上"optimized cell" ?
如果不选择，就应该是每个原子的位置保持固定，那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢？
3 进行计算时选择上"spin polarized", 对于不同元素，其参数如何设置？"initial pin"和"charge"。

第一个问题：
大家回答的差不多。你的结果肯定是有问题的，必须要调试到没这个警告出现。增加bands的做法不是很可靠，最好是调整smearing，怎么调?最好的方法是测试，就是大小都调。不过你这里提示是要你减小这个数值，可以一试。
第二个问题：
1，每个位置都要算，通过能量高低判断最佳吸附位置。对于分子可能有多种组合的位置，都要计算，不过最好参考下文献，一般是在高对称点咯！推荐下，计算的时候固定xy坐标，保持高度变化就ok！
2，根绝原子半径判断，呵呵，在表面就不要考虑，如果你考虑他可能吸附到体内去，比如那里是fcc位置，有一个洞，那是可以考虑原子半径。因为半径大了，那个洞容不下他肯定不会进去咯。不过你把他放到洞里算下就知道哒。一般是用吸附能判断，吸附能为正就是可以吸附，为负不吸附。不过吸附能定义的计算方法要搞正确就是。吸附能定义为吸附前后物质总能量的变化，是结合能的反数，也就是吸附体系的能量减去清洁表面的能量，再减去被吸附物质的能量。
3，是否选择“optimized cell”
一般的体系都可以不选择，选择上了计算量增大太多。如果不选择，也不是位置固定。只是那个合子，或者说整体的体积和外形不变化而已。我是这样的理解的！
4,怎么模拟表面
一般来说计算表面吸附是不会固定下面的基地的，固定了可信度小，发出去自己也没底气。^_^一般采用的2种办法，一种是楼上说的，固定的最下面层，然后上面和吸附原子接触的就relax，这个是相当于只考虑一个表面。固定的层数对半开。第二种方法是不固定层数，选择很大的层数，或者选择小一点的层数，固定中间层数，两面的原子层数不固定，这个就是有两个表面的情况。还有少数是全部固定原子层数。对于楼主来说，castep要固定的话，肯定在你计算的时候你选择的任务是只算能量，我估计你应该是选择了结构优化，所以我想你是没固定原子位置的。
第三个问题：
选择自旋极化，推荐采用默认设置。正常情况下，都会收敛到比较合理的值。除非自己了解很透彻，再自定义。