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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » Vibrio parahemolyticus 副溶血性弧菌的16rsDNA
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xxls1990

铁虫 (初入文坛)

[求助] Vibrio parahemolyticus 副溶血性弧菌的16rsDNA

怎么有数据库中找副溶血弧菌的16srDNA序列，又怎样根据所有菌的16srDNA的保守序列设计引物？？？急，非常感谢
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力求最好
1楼 2013-10-10 11:24:39
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lvshilu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-11 12:03:56
16srDNA的引物有两种，一种是种特异性的，一种是通用引物。
你要是想找副溶血弧菌特异性的，查一下文献看有没有报道的；
你要是想找通用的，应该在很多地方都能找到，同样也需要查文献。
我估计不用自己设计。
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需要金币
2楼2013-10-10 14:55:33
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xxls1990

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvshilu at 2013-10-10 14:55:33
16srDNA的引物有两种，一种是种特异性的，一种是通用引物。
你要是想找副溶血弧菌特异性的，查一下文献看有没有报道的；
你要是想找通用的，应该在很多地方都能找到，同样也需要查文献。
我估计不用自己设计。

特别感谢，不过还是想问问，这个种特异性，就只能去文献里看吗？在NCBI里面能找到序列码？而这种通用引物呢？是不是指所有细菌都能扩展出来呢？？？
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力求最好
3楼2013-10-10 15:45:35
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lvshilu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-11 12:04:02
建议你用通用引物。因为你的目的就是测序，不是设计鉴定引物吧？
Unfortunately, 16S rRNA sequences revealed 99.7% homology between V. parahaemolyticus and V. alginolyticus, and thus 16S rRNA was unable to differentiate between V. parahaemolyticus and other vibrios (18).

18. Ruimy R, Breittmayer V, Elbaze P, Lafay B, Boussemart O, Gauthier M, Christen R. Phylogenetic analysis and assessment of the genera Vibrio, Photobacterium, Aeromonas, and Plesiomonas deduced from small-subunit rRNA sequences. Int J Syst Bacteriol. 1994;44:416–426.
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需要金币
4楼2013-10-11 09:50:20
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xxls1990

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lvshilu at 2013-10-11 09:50:20
建议你用通用引物。因为你的目的就是测序，不是设计鉴定引物吧？
Unfortunately, 16S rRNA sequences revealed 99.7% homology between V. parahaemolyticus and V. alginolyticus, and thus 16S rRNA was unable  ...

好的，谢谢
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力求最好
5楼2013-10-11 11:00:31
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