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bob1987

铁虫 (初入文坛)

[交流] PCR引物设计 已有5人参与

大家好,
    我现在在做PCR ,设计了一对引物。刚开始的时候,结果很好,大小以及测序都是正确的。但是最近几次却出现跑胶弥散的现象,没有目的条带。我用的是cDNA作为模板,我用同样的模板、酶、buffer做内参基因以及其他的基因都很好,就是我现在的这一基因,我快急死了,请高手帮帮我!!!
上游引物:5' CCA AGA CTC TGT ATG GAG TG 3'
下游引物:5' GGT CAC TGG AAG ATA TGG C 3'
mRNA序列:
          1 tgtgctgtgt gtcagagtgg attggagttg aaaaagcttg actggcgtca ttcgggagct
        61 ggatggcttg ggacatgtgc agccaagact ctgtatggag tgacatagag tgtgctgctc
       121 tggttggtga ggaccagcct ctttgcccag atcttcctga acttgacctt tctgaacttg
       181 atgtgaatga cttggataca gacagctttc tgggtggatt gaagtggtgt agcgaccaat
       241 cggaaatcat atccaaccag tacaacaatg agcctgcgaa catatttgag aagatagatg
       301 aagagaatga ggcaaacttg ctagcggtcc tcacagagac actggacagt ctccccgtgg
       361 atgaagacgg attgccctca tttgatgcac tgacagatgg agccgtgacc actgacaacg
       421 aggccagtcc ttcctccatg cctgacggca cccctccccc tcaggaggca gaagagccgt
       481 ctctacttaa gaagctctta ctggcaccag ccaacactca gctcagctac aatgaatgca
       541 gcggtcttag cactcagaac catgcagcaa accacaccca caggatcaga acaaaccctg
       601 ccattgttaa gaccgagaat tcatggagca ataaagcgaa gagcatttgt caacagcaaa
       661 agccacaaag acgtccctgc tcagagcttc tcaagtatct gaccacaaac gatgaccctc
       721 ctcacaccaa acccacagaa aacaggaaca gcagcagaga caaatgtgct tccaaaaaga
       781 agtcccatac acaaccgcag tcgcaacatg ctcaagccaa accaacaact ttatctcttc
       841 ctctgacccc agagtcacca aatttgtttt tataaatgtg ccatatcttc cagtgacccc
       901 aagggttccc catttgagaa caagactatt gagcgaacct taagtgtgga actctctgga
       961 actgcaggcc taactcctcc cacaactcct cctcataaag ccaaccaaga taaccctttc
      1021 aaggcttcgc caaagctgaa gccctcttgc aagaccgtgg tgccaccgcc aaccaagagg
      1081 gcccggtaca gtgagtgttc tggtacccaa ggcagccact ccaccaagaa agggcccgag
      1141 caatctgagt tgtacgcaca actcagcaag tcctcagggc tcagccgagg acacgaggaa
      1201 aggaagacta aacggcccag tctccggctg tttggtgacc atgactactg tcagtcactc
      1261 aattccaaaa cggatatact cattaacata tcacaggagc tccaagactc tagacaacta
      1321 gacttcaaag atgcctcctg tgactggcag gggcacatct gttcttccac agattcaggc
      1381 cagtgctacc tgagagagac tttggaggcc agcaagcagg tctctccttg cagcaccaga
      1441 aaacagctcc aagaccagga aatccgagcg gagctgaaca agcacttcgg tcatccctgt
      1501 caagctgtgt ttgacgacaa atcagacaag accagtgaac taagggatgg cgacttcagt
      1561 aatgaacaat tctccaaact acctgtgttt ataaattcag gactagccat ggatggccta
      1621 tttgatgaca gtgaagatga aagtgataaa ctgagctacc cttgggatgg cacgcagccc
      1681 tattcattgt tcgatgtgtc gccttcttgc tcttccttta actctccgtg tcgagactca
      1741 gtgtcaccac cgaaatcctt attttctcaa agaccccaaa ggatgcgctc tcgttcaaga
      1801 tccttttctc gacacaggtc gtgttcccga tcaccatatt ccaggtcaag atcaaggtcc
      1861 ccaggcagta gatcctcttc aagatcctgt tactactatg aatcaagcca ctacagacac
      1921 cgcacacacc gcaattctcc cttgtatgtg agatcacgtt caaggtcacc ctacagccgt
      1981 aggcccaggt acgacagcta tgaagcctat gagcacgaaa ggctcaagag ggatgaatac
      2041 cgcaaagagc acgagaagcg ggagtctgaa agggccaaac agagagagag gcagaagcag
      2101 aaagcaattg aagagcgccg tgtgatttac gttggtaaaa tcagacctga cacaacgcgg
      2161 acagaattga gagaccgctt tgaagttttt ggtgaaattg aggaatgcac cgtaaatctg
      2221 cgggatgatg gagacagcta tggtttcatc acctaccgtt acacctgtga cgctttcgct
      2281 gctcttgaga atggatatac tttacgcagg tcgaacgaaa ctgacttcga gctgtacttt
      2341 tgtggacgga agcaattttt caagtctaac tatgcagacc tagataccaa ctcagacgat
      2401 tttgaccctg cttccaccaa gagcaagtat gactctctgg attttgatag tttactgaag
      2461 gaagctcaga gaagcttgcg caggtaacgt gttcccaggc tgaggaatga cagagagatg
      2521 gtcaatacct catgggacag cgtgtccttt cccaagactc ttgcaagtca tacttaggaa
      2581 tttctcctac tttacactct ctgtacaaaa ataaaacaaa acaaaacaac aataacaaca
      2641 acaacaacaa caataacaac aacaaccata ccagaacaag aacaa
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moves

新虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-16 08:06:46
您好,我最近也遇到了这个问题,跟你p的结果差不多,试了各种条件,还是没结果。请问你解决了吗?
12楼2016-08-16 00:45:31
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-08 17:23:00
可检查下引物是否被污染了,还有操作是是否有问题?
思路决定出路。。。
2楼2013-10-08 16:18:33
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段星亮

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这是内参基因?p出来的片段816bp,太长了吧
3楼2013-10-08 18:14:45
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bob1987

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lmcyjxs at 2013-10-08 16:18:33
可检查下引物是否被污染了,还有操作是是否有问题?

你好,这是我的目的基因,不是内参基因。谢谢!我设计的引物怎样?Tm是多少呢?
4楼2013-10-09 09:34:27
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