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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请教关于MS castep的几个问题
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fengyidai

金虫 (小有名气)
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cometring(金币+20,VIP+0):谢谢！！
警察局长说的让我也收益很多.
我谈谈我的看法
1 这样的提示我在计算掺杂Eu的体系中也见到过,当时也增加了empty bands,另外smear值有人说调大有人说调小,反正我都试了试,效果都不是很好.我想可能是结构的原因,结构如果不合理的话其他调整不是那么明显.
另外也想补充个问题:我发现跟我没有调整这两个参数的计算结构比较,无论是band structure还是dos结果都有变化,不知道那样才是合理?

2  我看到一些资料表面吸附时,通常的做法是把结构先optimized cell,然后用优化后的结构参数吸附分子模拟.位置先估计一下,然后限制下层原子位置,表面的可以弛豫.

3 "spin polarized"的设置我就没怎么接触过了,看lz提供的ms帮助,受教了,谢谢

个人看法
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11楼2007-11-29 08:35:26
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yhjiangshiyu

木虫 (正式写手)
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cometring(金币+15,VIP+0):谢谢！
第二个问题：
      吸附时每个吸附位都要考虑，而初始位置到底是怎么样的，一方面要看文献有没有类似的计算，另一方面就是经验的问题了。
      在晶胞优化的时候才选上"optimized cell"，而在计算表面吸附的时候是不能选的。至于固定几层原子，这和你的体系大小有关，一般来说体系越大就可以多固定几层，体系小就少固定几层，固定原子越多，计算效率就高，花费时间相对就较短，这与你的初始构型也是相关的，构型好计算就快。如果是在不知道固定几层，就参考文献值，总不会错的，或者固定一半（小体系）或三分之二（大体系）。
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流星，虽然短暂，却迸发出最强的光芒，耀眼夺目。
12楼2007-11-29 08:41:43
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csfn

荣誉版主 (知名作家)

优秀超版优秀版主优秀区长
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cometring(金币+50,VIP+0):谢谢帮助！学到很多！
楼主应邀在“let emuch do it”帮助过我，感谢！^_^ 下面个人拙见，以供参考！
引用回帖:
第一个问题：
大家回答的差不多。你的结果肯定是有问题的，必须要调试到没这个警告出现。增加bands的做法不是很可靠，最好是调整smearing，怎么调?最好的方法是测试，就是大小都调。不过你这里提示是要你减小这个数值，可以一试。
第二个问题：
1，每个位置都要算，通过能量高低判断最佳吸附位置。对于分子可能有多种组合的位置，都要计算，不过最好参考下文献，一般是在高对称点咯！推荐下，计算的时候固定xy坐标，保持高度变化就ok！
2，根绝原子半径判断，呵呵，在表面就不要考虑，如果你考虑他可能吸附到体内去，比如那里是fcc位置，有一个洞，那是可以考虑原子半径。因为半径大了，那个洞容不下他肯定不会进去咯。不过你把他放到洞里算下就知道哒。一般是用吸附能判断，吸附能为正就是可以吸附，为负不吸附。不过吸附能定义的计算方法要搞正确就是。吸附能定义为吸附前后物质总能量的变化，是结合能的反数，也就是吸附体系的能量减去清洁表面的能量，再减去被吸附物质的能量。
3，是否选择“optimized cell”
一般的体系都可以不选择，选择上了计算量增大太多。如果不选择，也不是位置固定。只是那个合子，或者说整体的体积和外形不变化而已。我是这样的理解的！
4，怎么模拟表面
一般来说计算表面吸附是不会固定下面的基地的，固定了可信度小，发出去自己也没底气。^_^一般采用的2种办法，一种是楼上说的，固定的最下面层，然后上面和吸附原子接触的就relax，这个是相当于只考虑一个表面。固定的层数对半开。第二种方法是不固定层数，选择很大的层数，或者选择小一点的层数，固定中间层数，两面的原子层数不固定，这个就是有两个表面的情况。还有少数是全部固定原子层数。对于楼主来说，castep要固定的话，肯定在你计算的时候你选择的任务是只算能量，我估计你应该是选择了结构优化，所以我想你是没固定原子位置的。
第三个问题：
选择自旋极化，推荐采用默认设置。正常情况下，都会收敛到比较合理的值。除非自己了解很透彻，再自定义。


最后欢迎大家多多光临物理版，系列有奖活动等待大家
做计算的虫子将会在那里等待大家一起交流探讨



[ Last edited by csfn on 2007-11-29 at 09:39 ]
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13楼2007-11-29 08:57:45
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cometring

木虫 (著名写手)

爱你就等于爱自己
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
vzhang77(金币+10,VIP+0):多谢您的好帖子及好总结！：）
总结一下：
问题1
基本上是找到了问题，而且必须解决，通过软件的提示和大家的讨论，可以增加bands或者减小smearing，我会先试试减小smearing，看看结果如何

问题 2
看来大家大多数认为在吸附的relax过程中不选择optimized cell，原子的位置靠几何计算得到。我先这样试试，但是我还有一点疑虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？csfn认为位置也不是保持固定，大家有经验的可以谈谈。我算完之后其实测量一下就知道到底固定不固定了：）

问题3
争议还比较大，
1 不设置，保持默认，但是默认的initial spin是0，这样不知道对不对？
2 设置spin=unpair electron+1，这个不知道是什么意思？有没有具体文献。
3 按照帮助文件设置，但是要考虑计算中超胞中很多原子是共用。

请大家继续讨论
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与超版斗，其乐无穷；与斑竹斗，其乐无穷；与虫子斗，其乐无穷。
14楼2007-11-29 10:58:59
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csfn

荣誉版主 (知名作家)

优秀超版优秀版主优秀区长
★ ★ ★ ★ ★
vzhang77(金币+5,VIP+0):多谢热心交流！：）
问题2
“但是我还有一点疑虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？”
这个我应该说可以肯定的，吸附分子或者原子的位置是没有保持固定的，但是你的的单包的体积和形状是改变的，假设你是a，b，c为10，10，10的边长，优化过后，还是10，10，10。但是你选择“optimized cell”，你会发现变化，可能是9，9，9或者是11， 11， 11，就是说这个盒子的边长，体积等都在变化了。那么不管你选择还是不选择这个选项，你的原子都是没有固定的。固定的只有两个情况可以固定，一个是对每个原子采用了固定的设置，这个是一个小技巧，你不去操作是不会自动加上的。第二个是你选择任务的时候，没有选择结构优化的任务，比如算能量，那么这个时候结构不优化当然原子坐标不变化。应该是比较清楚了吧 这些我是可以肯定的，不大信的话，你可以做一个小体系测试嘛。
问题1，和问题2，你自己判别了，好像不是什么问题了。总之这个软件是比较智能化了，只要你的结构设置合理，吸附的位置放置合理，不太离谱，一般来说计算采用它的默认设置都是比较好的。
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15楼2007-11-29 12:59:27
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hufeng

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
vzhang77(金币+3,VIP+0):多谢热心交流！：）
cometring(金币+8,VIP+0):谢谢!
spin=unpairi electron + 1，是来自量子化学或者第一性原理计算本身，说明书中不会有介绍。可以参看原子物理学关于角动量耦合的章节或者读读潘道凯的物质结构。实际上spin=从1到unpairi electron + 1的所有可能值，这是因为实际上我们事先不能肯定它们已经配对。到底最终选择哪个数值需要看能量确定。在CASTEP中考虑spin主要是因为需要处理掺杂、磁性、以及吸附离子等电子没有完全配对的情况。
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16楼2007-11-29 15:04:30
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yhjiangshiyu

木虫 (正式写手)
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vzhang77(金币+5,VIP+0):多谢热心交流！：）
cometring(金币+15,VIP+0):谢谢!
我讲讲我做化学表面反应计算的步骤吧：
1 晶胞优化；就是搭建你要的基底晶胞并进行优化，这个时候选中optimized cell，这时会给你优化的晶胞参数，以后就不要在去管了；
2 切面：一般是切低指数表面，优化表面后计算表面能.表面切几层，这要根据实际情况分析，我上面说过，层数越多计算量越大，同时还要看你固定几层，这个楼上的说得比较详细，只是我看了下文献，好像两个表面的比较少。一般表面能越低，表面越稳定。
3 吸附：把吸附原子或分子放到目标基底上，这个初始结构很重要，给得好则很快收敛，否则收敛很慢甚至不收。初始构型也要多方面考虑，各个吸附位各种吸附构型还有不同基底等等。
      一般最好是先算构型优化，再算能量及DOS等其它性质，计算速度要快一点吧。至于其它参数例如自旋（看你的体系有没有单电子）等的设置，一般参考文献就好。
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流星，虽然短暂，却迸发出最强的光芒，耀眼夺目。
17楼2007-11-29 19:02:09
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dawnlight

荣誉版主 (职业作家)

小木虫小小版主
★ ★ ★
vzhang77(金币+1,VIP+0):多谢热心交流！：）
cometring(金币+2,VIP+0):同意!
optimized cell还是不选的好，太耗时！
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姿曰:年轻会结束，在结束以前，把想做的事做完吧!
18楼2007-11-29 21:38:42
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liusanbing

铜虫 (正式写手)
★
vzhang77(金币+1,VIP+0):多谢热心交流！：）
yhjiangshiyu讨论的很好，如果可以切出三层，五层，七层。为了看用几层做吸附好，几何优化计算表面能时，这里是全放开，还是部分固定。
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19楼2007-11-30 08:57:23
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cometring

木虫 (著名写手)

爱你就等于爱自己
这些问题已经基本解决,谢谢大家关注!

问题1, 改变empty band的值,按他的要求设置到11-24,就可以解决,但是单纯减小smearing的值似乎解决不了...

问题2 uncheck 'optimized cell"

问题3 好像这个参数并不是影响很大,因为这只是个初始值, 欢迎大家继续套路讨论这个问题,有什么经验的说说吧
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与超版斗，其乐无穷；与斑竹斗，其乐无穷；与虫子斗，其乐无穷。
20楼2007-12-02 16:56:55
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