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[资源]
长非编码RNA(lncRNA, lincRNA)数据库资源列表
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以下是整理的长非编码RNA(lncRNA, lincRNA)数据库资源列表（按字母排序）。 国内外长非编码RNA的研究刚刚兴起，希望这资源对国内的非编码RNA的研究者有所帮助。 （1） ChIPBase: 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新：2012年11月 （2）LNCipedia: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站：http://www.lncipedia.org 更新：2012年7月 （3）lncRNAdb: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站：http://www.lncrnadb.org/ 更新：2011年7月 （4）LncRNADisease: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。 网站： http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease 更新：2012年7月 （5）NONCODE：提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到第三版。网站： http://www.noncode.org 更新：2012年1月 （6）NRED： 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站：http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/ 更新： 2009年 |
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2楼2013-09-14 18:40:38
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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数据下载路径 所下载的数据文件名 数据下载时间 1. imsRNA 来自chenlab.ibp.ac(中科院生物物理所陈润生院士实验室) 2011.02.03 2. ENSEMBL ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-71/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.71.gtf.gz Homo_sapiens.GRCh37.71.gtf.gz 2013.04.24 3. GENCODE ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/release_16/gencode.v16.long_noncoding_RNAs.gtf.gz；ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/release_16/gencode.v16.annotation.gtf.gz gencode.v16.long_noncoding_RNAs.gtf.gz;gencode.v16.annotation.gtf.gz 2013.04.24 4. RefSeq ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/ref_GRCh37.p10_top_level.gff3.gz ref_GRCh37.p10_top_level.gff3.gz 2013.04.24 5. UCSC http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start 无 2013.04.24 6. Human LincRNA Catalog http://www.broadinstitute.org/genome_bio/human_lincrnas/sites/default/files/lincRNA_catalog/lincRNAs_transcripts.gtf lincRNAs_transcripts.gtf 2013.04.24 7. H-InvDB http://h-invitational.jp/hinv/download/map/gff3/h-inv_pub.gff3.gz h-inv_pub.gff3.gz 2013.04.24 8. NRED（ncRNA Expression Database） http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl 无 2013.04.24 9. Hox lncRNAs (lncRNA transcribed from HOX loci LncRNAs) http://download.cell.com/mmcs/journals/0092-8674/PIIS0092867407006599.mmc3.xls PIIS0092867407006599.mmc3.xls 2011.04.06 10. lncRNAdb http://lncrnadb.org/Default.aspx 无 2013.04.24 11. RNAdb http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/rnadb2_archive.htm 2013.04.24 12. lincRNA from Khalil et al. http://www.pnas.org/content/suppl/2009/07/01/0904715106.DCSupplemental/SD1.xls SD1.xls 2013.04.24 13. T-UCRs (lncRNA transcribed from ultraconserved regions) http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/B6WWK-4PMJNPT-5/B6WWK-4PMJNPT-5-4/7133/html/S1535610807002346/d63283c3902e9be68c4755c4805bf4b9/mmc4.xls mmc4.xls 2013.04.24 14. LncRNA-a http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/B6WSN-514HKDK-C/B6WSN-514HKDK-C-1/7051/html/S0092867410010111/44b851acfe8f7a3e310cb040ca4d9064/mmc1.xls mmc1.xls 2011.04.06 15. CombinedLit http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/FastaDownloads/Downloads_GetFile.aspx?id=380 combinedlitV2.zip 2011.01.09 16. 其他已知类型的ncRNA（tRNA，rRNA，ribozyme，RNase MRP RNA，snRNA，SRP RNA， vault RNA，Y RNA） ftp://ftp.ensembl.org/pub/current/fasta/homo_sapiens/ncrna/Homo_sapiens.GRCh37.61.ncrna.fa.gz http://www.ncrna.org/frnadb/files/Homo_sapiens.zip Homo_sapiens.GRCh37.61.ncrna.fa.gz Homo_sapiens.zip 2011.02.03 摘自博奥生物网站，我不是托 |
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johnkye3楼
2013-09-14 22:49
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凌波丽4楼
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