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shasha87

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[求助] cc-pvdz-pp基集的使用

在高斯03中对HgCl2进行优化，Hg原子内层电子使用赝势，中间层和价电子使用cc-pvdz-pp基集，对Cl原子使用cc-pvdz基集。我该怎么样在高斯中对于Hg原子怎么样编写输入文件？很是疑惑。我这样编写，直接就错了。
Cl 0
cc-pvdz
****
Hg 0
cc-pvdz-pp
****

Hg 0
SDD
我这样编写能够运行，但是就没有用到cc-pvdz-pp基集了
Cl 0
cc-pvdz
****
Hg 0
SDD
****

Hg 0
SDD
求大神帮忙？

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1楼 2013-09-04 22:13:33

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hairan

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2013-09-05 10:19:34
shasha87: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-09-05 15:12:34

Gaussian软件自带了cc-pVDZ但是没有自带cc-pVDZ-PP基组及其赝势。
你需要自己去网上下载基组的具体形式，然后粘贴到输入文件的结尾。
我常去EMSL网站下载：
https://bse.pnl.gov/bse/portal

另外，对于赝势基组，最好使用基组发表时对应的赝势。
你在例子中对Hg要使用cc-pVDZ-PP基组，但你又要使用SDD赝势，这样很有可能存在问题，因为不同的赝势所包含的内层电子数可能是不一致的，相应的基组所描述的电子数也就可能不一致，因此按照你的定义方式很可能导致多描述或者少描述了电子，直接导致计算结构错误。
即使赝势包含的电子数一致，也可能因为二者兼容性的问题导致计算结果不准。

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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。

2楼2013-09-05 08:41:39

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shasha87

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引用回帖:

2楼: Originally posted by hairan at 2013-09-05 08:41:39
Gaussian软件自带了cc-pVDZ但是没有自带cc-pVDZ-PP基组及其赝势。
你需要自己去网上下载基组的具体形式，然后粘贴到输入文件的结尾。
我常去EMSL网站下载：
https://bse.pnl.gov/bse/portal

另外，对于赝势基 ...

谢谢，是因为我看到的文章是这样说的：对于Hg原子，内层电子使用相对论赝势，而价电子和中间层电子的波函数是从cc-pvdz-pp构建。这个该怎么弄？谢谢啦。

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3楼2013-09-05 09:28:16

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hairan

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【答案】应助回帖

按照你的需求，也就是在你写了cc-pVDZ-PP的地方用具体的基组形式代替就行了，其他的都不用变。

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4楼2013-09-05 10:14:57

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shasha87

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引用回帖:

4楼: Originally posted by hairan at 2013-09-05 10:14:57
按照你的需求，也就是在你写了cc-pVDZ-PP的地方用具体的基组形式代替就行了，其他的都不用变。

请问是这个样子吗？我在你给的网站上找到了cc-pvdz-pp的具体形式，我用上了，我的输入文件如下，我能运行，但是我运行的结果和别人有点差距，别人是2.3016，我的是2.3001。我想问一个小问题，那内层电子的相对论赝势体现在哪里了？这个我不懂。还有就是别人就用的是 a restricted Hartree-Fock model chemistry (RHF), the cc-pVDZ-PP basis set / pseudopotential combination for Hg, and cc-pVDZ basis sets for lighter atoms.按照别人要求，我的输入文件是正确的吗？谢谢啦
%chk=F:\Calculation\HgCl2\HgCl2.chk
# RHF/GenECP Pseudo=Read Opt Test

rhf/cc-pvdz-pp Opt of HgCl2

0 1
Hg             -0.04901961 0.93137254 0.00000000
Cl             -2.47901961 0.93137254 0.00000000
Cl                2.38098039 0.93137254 0.00000000

Cl 0
cc-pvdz
****
Hg 0
S 7 1.00
   41.4804000             0.0100720
   22.5328000          -0.1147810
   14.0790000             0.3564080
   5.7247400          -0.8484430
   1.4794800             0.9405960
   0.6882660             0.4353290
   0.1641810             0.0131780
S 7 1.00
   41.4804000             0.0020320
   22.5328000          -0.0323140
   14.0790000             0.1153500
   5.7247400          -0.3177630
   1.4794800             0.5135230
   0.6882660             0.2500500
   0.1641810          -0.6488410
S 7 1.00
   41.4804000             0.0218280
   22.5328000          -0.1555640
   14.0790000             0.3860250
   5.7247400          -0.8961040
   1.4794800             2.3321950
   0.6882660          -1.5976600
   0.1641810          -1.0536460
S 1 1.00
   0.0572230             1.0000000
P 6 1.00
   10.5805000             0.1286920
   6.8053900          -0.3608420
   1.7901600             0.5641170
   0.8622610             0.5002740
   0.3752770             0.1137850
   0.1284210             0.0029390
P 6 1.00
   10.5805000          -0.0344430
   6.8053900             0.1009290
   1.7901600          -0.1924390
   0.8622610          -0.1960690
   0.3752770             0.1042040
   0.1284210             0.5873870
P 6 1.00
   10.5805000             0.0714680
   6.8053900          -0.2108590
   1.7901600             0.4452040
   0.8622610             0.3916080
   0.3752770          -0.6670830
   0.1284210          -0.6195740
P 1 1.00
   0.0434470             1.0000000
D 5 1.00
   11.5841000             0.0167290
   7.2487900          -0.0695580
   1.9366200             0.3034370
   0.8987480             0.4548780
   0.3869310             0.3368080
D 5 1.00
   11.5841000          -0.0249840
   7.2487900             0.1041030
   1.9366200          -0.6169860
   0.8987480          -0.3538260
   0.3869310             0.6872800
D 1 1.00
   0.1504660             1.0000000
F 1 1.00
   0.9974000             1.0000000
****

Hg 0
HG-ECP    5    60
h-ul potential
  1
2    1.0000000             0.0000000
s-ul potential
  2
2    12.4130710          275.7747970
2    6.8979130          49.2678980
p-ul potential
  4
2    11.3103200          80.5069840
2    10.2107730          161.0348240
2    5.9398040             9.0834160
2    5.0197550          18.3677730
d-ul potential
  4
2    8.4078950          51.1372560
2    8.2140860          76.7074590
2    4.0126120             6.5618210
2    3.7953980             9.8180700
f-ul potential
  2
2    3.2731060             9.4290010
2    3.2083210          12.4948560
g-ul potential
  2
2    4.4852960          -6.3384140
2    4.5132000          -8.0998630

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5楼2013-09-05 10:38:28

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【答案】应助回帖

你这点能量差距在误差范围内，可能是系统设置或者软件设置或关键词填写的微小差别引起的。

你的基组和赝势写法没问题，与你给出的英文写的内容一致。
赝势是如下这个部分
Hg 0
HG-ECP 5 60
......
相对论效应体现在对具体数值的定义上，你想了解的话，你下载基组的网站同时也给出了相关文献，你可以去下载下来，看看为什么这样的数值就有了是考虑了相对论效应。

你的route部分的关键词有点问题，首先去掉test，正式的计算中不要加这个关键词。
其次Genecp关键词等同于Gen关键与Pseudo=read关键词的组合，因此你要么去掉Pseudo=Read要么将Genecp改成Gen。

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6楼2013-09-05 10:55:27

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引用回帖:

6楼: Originally posted by hairan at 2013-09-05 10:55:27
你这点能量差距在误差范围内，可能是系统设置或者软件设置或关键词填写的微小差别引起的。

你的基组和赝势写法没问题，与你给出的英文写的内容一致。
赝势是如下这个部分
Hg 0
HG-ECP 5 60
......
...

非常感谢你，我的route部分去掉你说的那些后，结果跟不去掉是一样的。真的很感谢你。由于我不是量化出身，所以这些问题有点棘手，你说的具体数值就是上面的5 和60？这个是直接用的

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7楼2013-09-05 11:05:54

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引用回帖:

您好，我想再问一个问题，我在同一个网址下，打开basis set：
关于cc-pvdz-pp有两种：一种是
BASIS "ao basis" PRINT
#BASIS SET: (8s,7p,6d,1f) -> [4s,4p,3d,1f]
Hg S
   41.4804000             0.0100720             0.0020320             0.0218280
   22.5328000          -0.1147810          -0.0323140          -0.1555640
   14.0790000             0.3564080             0.1153500             0.3860250
   5.7247400          -0.8484430          -0.3177630          -0.8961040
   1.4794800             0.9405960             0.5135230             2.3321950
   0.6882660             0.4353290             0.2500500          -1.5976600
   0.1641810             0.0131780          -0.6488410          -1.0536460
Hg S
   0.0572230             1.0000000
Hg P
   10.5805000             0.1286920          -0.0344430             0.0714680
   6.8053900          -0.3608420             0.1009290          -0.2108590
   1.7901600             0.5641170          -0.1924390             0.4452040
   0.8622610             0.5002740          -0.1960690             0.3916080
   0.3752770             0.1137850             0.1042040          -0.6670830
   0.1284210             0.0029390             0.5873870          -0.6195740
Hg P
   0.0434470             1.0000000
Hg D
   11.5841000             0.0167290          -0.0249840
   7.2487900          -0.0695580             0.1041030
   1.9366200             0.3034370          -0.6169860
   0.8987480             0.4548780          -0.3538260
   0.3869310             0.3368080             0.6872800
Hg D
   0.1504660             1.0000000
Hg F
   0.9974000             1.0000000
END
# ELEMENTS                   REFERENCES
# ---------                      ----------
# O: B. Metz and H. Stoll, private communication (KAP)
# Tl: B. Metz, M. Schweizer, H. Stoll, M. Dolg, W. Liu, Theor. Chem. Acc. 104, 22 (2000).
# Ga-As, In-Sb, Pb-Bi: B. Metz, H. Stoll, M. Dolg, J. Chem. Phys. 113, 2563 (2000).
# Se-Kr, Te-Xe, Po-Rn: K.A. Peterson, D. Figgen, E. Goll, H. Stoll, and M. Dolg, J. Chem. Phys., in press (2003).
# Cu, Zn, Ag, Cd, Au, Hg: D. Figgen, G. Rauhut, M. Dolg, and H. Stoll, Chem. Phys. 311, 227 (2005).
# Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd : K.A. Peterson, D. Figgen, M. Dolg, H. Stoll, Energy-consistent relativistic pseudopotentials and correlation consistent basis sets for the 4d elements Y-Pd, Journal of Chemical Physics 126, 124101 (2007).
# I: K. A. Peterson, B. C. Shepler, D. Figgen, H. Stoll, On the spectroscopic and thermochemical properties of ClO, BrO, IO, and their anions, Journal of Physical Chemistry A 110, 13877 (2006).
# Hf Ta W Re Os Ir Pt: D. Figgen, K.A. Peterson, M. Dolg, and H. Stoll, Energy-consistent pseudopotentials and correlation consistent basis sets for the 5d elements Hf-Pt, Journal of Chemical Physics 130, 164108 (2009).
#

ECP
Hg nelec 60
Hg ul
2    1.0000000             0.0000000
Hg S
2    12.4130710          275.7747970
2    6.8979130          49.2678980
Hg P
2    11.3103200          80.5069840
2    10.2107730          161.0348240
2    5.9398040             9.0834160
2    5.0197550          18.3677730
Hg D
2    8.4078950          51.1372560
2    8.2140860          76.7074590
2    4.0126120             6.5618210
2    3.7953980             9.8180700
Hg F
2    3.2731060             9.4290010
2    3.2083210          12.4948560
Hg G
2    4.4852960          -6.3384140
2    4.5132000          -8.0998630
END

另一种是我用的****
Hg    0
S 7 1.00
   41.4804000             0.0100720
   22.5328000          -0.1147810
   14.0790000             0.3564080
   5.7247400          -0.8484430
   1.4794800             0.9405960
   0.6882660             0.4353290
   0.1641810             0.0131780
S 7 1.00
   41.4804000             0.0020320
   22.5328000          -0.0323140
   14.0790000             0.1153500
   5.7247400          -0.3177630
   1.4794800             0.5135230
   0.6882660             0.2500500
   0.1641810          -0.6488410
S 7 1.00
   41.4804000             0.0218280
   22.5328000          -0.1555640
   14.0790000             0.3860250
   5.7247400          -0.8961040
   1.4794800             2.3321950
   0.6882660          -1.5976600
   0.1641810          -1.0536460
S 1 1.00
   0.0572230             1.0000000
P 6 1.00
   10.5805000             0.1286920
   6.8053900          -0.3608420
   1.7901600             0.5641170
   0.8622610             0.5002740
   0.3752770             0.1137850
   0.1284210             0.0029390
P 6 1.00
   10.5805000          -0.0344430
   6.8053900             0.1009290
   1.7901600          -0.1924390
   0.8622610          -0.1960690
   0.3752770             0.1042040
   0.1284210             0.5873870
P 6 1.00
   10.5805000             0.0714680
   6.8053900          -0.2108590
   1.7901600             0.4452040
   0.8622610             0.3916080
   0.3752770          -0.6670830
   0.1284210          -0.6195740
P 1 1.00
   0.0434470             1.0000000
D 5 1.00
   11.5841000             0.0167290
   7.2487900          -0.0695580
   1.9366200             0.3034370
   0.8987480             0.4548780
   0.3869310             0.3368080
D 5 1.00
   11.5841000          -0.0249840
   7.2487900             0.1041030
   1.9366200          -0.6169860
   0.8987480          -0.3538260
   0.3869310             0.6872800
D 1 1.00
   0.1504660             1.0000000
F 1 1.00
   0.9974000             1.0000000
****
! ELEMENTS                   REFERENCES
! ---------                      ----------
! O: B. Metz and H. Stoll, private communication (KAP)
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! Ga-As, In-Sb, Pb-Bi: B. Metz, H. Stoll, M. Dolg, J. Chem. Phys. 113, 2563 (2000).
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!

HG    0
HG-ECP    5    60
h-ul potential
  1
2    1.0000000             0.0000000
s-ul potential
  2
2    12.4130710          275.7747970
2    6.8979130          49.2678980
p-ul potential
  4
2    11.3103200          80.5069840
2    10.2107730          161.0348240
2    5.9398040             9.0834160
2    5.0197550          18.3677730
d-ul potential
  4
2    8.4078950          51.1372560
2    8.2140860          76.7074590
2    4.0126120             6.5618210
2    3.7953980             9.8180700
f-ul potential
  2
2    3.2731060             9.4290010
2    3.2083210          12.4948560
g-ul potential
  2
2    4.4852960          -6.3384140
2    4.5132000          -8.0998630

第一种运算直接死掉，第二种可以。这个是为什么呢？谢谢啦

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8楼2013-09-05 11:57:47

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