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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] 【已经解决,编译出的问题】DAY1_water_inp1计算出错

这个查过其他的帖子,说是编译方面的问题,都没有解决。这里贴出完整的输入输出文件:

输入文件inp1:
CODE:
&CPMD
  OPTIMIZE GEOMETRY
  STRUCTURE BONDS ANGLES
  CENTER MOLECULE OFF
&END

&DFT
  FUNCTIONAL LDA
&END

&SYSTEM
  ANGSTROM
  SYMMETRY
  0
  POISSON SOLVER TUCKERMAN
  CELL
  10.0000  1.0  1.0  0  0  0
  CUTOFF
  50.0
&END

&ATOMS
*O_MT_LDA.psp  KLEINMAN-BYLANDER
   LMAX=P
   1
     0.0000 -0.1267  0.0000
*H_MT_LDA.psp
   LMAX=S
   2
     0.0000  1.0058  1.4524
     0.0000  1.0058 -1.4524
&END

输出文件out1:
CODE:
PROGRAM CPMD STARTED AT: Sat Aug 31 11:13:52 2013  
SETCNST| USING: CODATA 2006 UNITS


               ******  ******    ****  ****  ******   
              *******  *******   **********  *******  
             ***       **   ***  ** **** **  **   ***
             **        **   ***  **  **  **  **    **
             **        *******   **      **  **    **
             ***       ******    **      **  **   ***
              *******  **        **      **  *******  
               ******  **        **      **  ******   

                          VERSION 3.13.2

                            COPYRIGHT
                      IBM RESEARCH DIVISION
                MPI FESTKOERPERFORSCHUNG STUTTGART

                       The CPMD consortium
                  Home Page: http://www.cpmd.org
               Mailing List: cpmd-list@cpmd.org
                     E-mail: cpmd@cpmd.org


                  ***  Jun  5 2013 -- 09:59:13  ***

THE INPUT FILE IS:                                          inp1
THIS JOB RUNS ON:                                         gg0110
THE CURRENT DIRECTORY IS:
         /home-gg/users/nscc410_CWL/cpmd_work/DAY1_WAVE_OPT/water
THE TEMPORARY DIRECTORY IS:
         /home-gg/users/nscc410_CWL/cpmd_work/DAY1_WAVE_OPT/water
THE PROCESS ID IS:                                         24947
THE JOB WAS SUBMITTED BY:                             nscc410_CW


OPTIMIZATION OF IONIC POSITIONS

PATH TO THE RESTART FILES:                                    ./
GRAM-SCHMIDT ORTHOGONALIZATION
MAXIMUM NUMBER OF STEPS:                             10000 STEPS
MAXIMUM NUMBER OF ITERATIONS FOR SC:                 10000 STEPS
PRINT INTERMEDIATE RESULTS EVERY                     10001 STEPS
STORE INTERMEDIATE RESULTS EVERY                     10001 STEPS
STORE INTERMEDIATE RESULTS EVERY     10001 SELF-CONSISTENT STEPS
NUMBER OF DISTINCT RESTART FILES:                              1
TEMPERATURE IS CALCULATED ASSUMING EXTENDED BULK BEHAVIOR
FICTITIOUS ELECTRON MASS:                               400.0000
TIME STEP FOR ELECTRONS:                                  5.0000
TIME STEP FOR IONS:                                       5.0000
CONVERGENCE CRITERIA FOR WAVEFUNCTION OPTIMIZATION:   1.0000E-05
WAVEFUNCTION OPTIMIZATION BY PRECONDITIONED DIIS
THRESHOLD FOR THE WF-HESSIAN IS                           0.5000
MAXIMUM NUMBER OF VECTORS RETAINED FOR DIIS:                  10
STEPS UNTIL DIIS RESET ON POOR PROGRESS:                      10
FULL ELECTRONIC GRADIENT IS USED
CONVERGENCE CRITERIA FOR GEOMETRY OPTIMIZATION:     5.000000E-04
GEOMETRY OPTIMIZATION BY GDIIS/BFGS      
   SIZE OF GDIIS MATRIX:                                        5
EMPIRICAL INITIAL HESSIAN (DISCO PARAMETRISATION)
SPLINE INTERPOLATION IN G-SPACE FOR PSEUDOPOTENTIAL FUNCTIONS
    NUMBER OF SPLINE POINTS:                                 5000

EXCHANGE CORRELATION FUNCTIONALS
    LDA EXCHANGE:                                            NONE
    LDA XC THROUGH PADE APPROXIMATION
    S.GOEDECKER, J.HUTTER, M.TETER PRB 54 1703 (1996)

***     DETSP| SIZE OF THE PROGRAM IS   12584/ 319884 kBYTES ***

***************************** ATOMS ****************************
   NR   TYPE        X(bohr)        Y(bohr)        Z(bohr)     MBL
    1      O       0.000000      -0.239428       0.000000       3
    2      H       0.000000       1.900687       2.744638       3
    3      H       0.000000       1.900687      -2.744638       3
****************************************************************

NUMBER OF STATES:                                              4
NUMBER OF ELECTRONS:                                     8.00000
CHARGE:                                                  0.00000
ELECTRON TEMPERATURE(KELVIN):                            0.00000
OCCUPATION
  2.0  2.0  2.0  2.0

    ============================================================  
    |    Pseudopotential Report     Wed Sep 20 13:15:29 1995   |  
    ------------------------------------------------------------  
    |  Atomic Symbol                   :   O                   |  
    |  Atomic Number                   :   8                   |  
    |  Number of core states           :   1                   |  
    |  Number of valence states        :   2                   |  
    |  Exchange-Correlation Functional :                       |  
    |     Slater exchange :   .6667                            |  
    |     LDA correlation : Ceperley-Alder                     |  
    |  Electron Configuration :   N   L  Occupation            |  
    |                             1   S    2.0000              |  
    |                             2   S    2.0000              |  
    |                             2   P    4.0000              |  
    |  Full Potential Total Energy   -74.469401                |  
    |  Trouiller-Martins normconserving PP                     |  
    |     n    l        rc       energy                        |  
    |     2    S     .9000      -.87121                        |  
    |     2    P     .9000      -.33829                        |  
    |     3    D     .5186      -.33829                        |  
    |  Number of Mesh Points :   631                           |  
    |  Pseudoatom Total Energy  -15.743067                     |  
    ============================================================  

    ============================================================  
    |    Pseudopotential Report     Thu Jan 11 18:21:49 1996   |  
    ------------------------------------------------------------  
    |  Atomic Symbol                   :   H                   |  
    |  Atomic Number                   :   1                   |  
    |  Number of core states           :   0                   |  
    |  Number of valence states        :   1                   |  
    |  Exchange-Correlation Functional :                       |  
    |     Slater exchange :   .6667                            |  
    |     LDA correlation : Ceperley-Alder                     |  
    |  Electron Configuration :   N   L  Occupation            |  
    |                             1   S    1.0000              |  
    |  Full Potential Total Energy     -.445894                |  
    |  Trouiller-Martins normconserving PP                     |  
    |     n    l        rc       energy                        |  
    |     1    S     .5000      -.23366                        |  
    |     2    P     .5000      -.23366                        |  
    |  Number of Mesh Points :   511                           |  
    |  Pseudoatom Total Energy    -.445889                     |  
    ============================================================  

****************************************************************
*   ATOM       MASS   RAGGIO NLCC              PSEUDOPOTENTIAL *
*      O    15.9994   1.2000  NO     KLEINMAN      S  NONLOCAL *
*                                                  P     LOCAL *
*      H     1.0080   1.2000  NO                   S     LOCAL *
****************************************************************


PARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARA
  NCPU     NGW     NHG  PLANES  GXRAYS  HXRAYS ORBITALS Z-PLANES
     0   20170  161227      90    1433    5689       4       1
                G=0 COMPONENT ON PROCESSOR :     0
PARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARAPARA

***    LOADPA| SIZE OF THE PROGRAM IS   20568/ 328336 kBYTES ***

OPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPEN
NUMBER OF CPUS PER TASK                                        1
OPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPENMPOPEN

***     RGGEN| SIZE OF THE PROGRAM IS   23724/ 331484 kBYTES ***

************************** SUPERCELL ***************************
THIS IS AN ISOLATED SYSTEM CALCULATION
POISSON EQUATION SOLVER  :                   TUCKERMAN & MARTYNA
SHORT RANGE POTENTIAL LENGTH * BOX LENGTH                  7.000
SYMMETRY:                                           SIMPLE CUBIC
LATTICE CONSTANT(a.u.):                                 18.89726
CELL DIMENSION:  18.8973  1.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000
VOLUME(OMEGA IN BOHR^3):                              6748.33450
LATTICE VECTOR A1(BOHR):           18.8973     0.0000     0.0000
LATTICE VECTOR A2(BOHR):            0.0000    18.8973     0.0000
LATTICE VECTOR A3(BOHR):            0.0000     0.0000    18.8973
RECIP. LAT. VEC. B1(2Pi/BOHR):      0.0529     0.0000     0.0000
RECIP. LAT. VEC. B2(2Pi/BOHR):      0.0000     0.0529     0.0000
RECIP. LAT. VEC. B3(2Pi/BOHR):      0.0000     0.0000     0.0529
REAL SPACE MESH:                    90           90           90
WAVEFUNCTION CUTOFF(RYDBERG):                           50.00000
DENSITY CUTOFF(RYDBERG):          (DUAL= 4.00)         200.00000
NUMBER OF PLANE WAVES FOR WAVEFUNCTION CUTOFF:             20170
NUMBER OF PLANE WAVES FOR DENSITY CUTOFF:                 161227
****************************************************************

***  RINFORCE| SIZE OF THE PROGRAM IS   30808/ 339352 kBYTES ***
***    FFTPRP| SIZE OF THE PROGRAM IS   54384/ 362904 kBYTES ***
  FREEM | COULD NOT FIND POINTER         47673979502608


==0:1=============================================================
NAME       FIRST ADDRESS          LAST ADDRESS              LENGTH

屏幕输出出错提示:
CODE:
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
cpmd.x             000000000044EE99  Unknown               Unknown  Unknown
cpmd.x             000000000044D2DC  Unknown               Unknown  Unknown
cpmd.x             00000000007EC908  Unknown               Unknown  Unknown
cpmd.x             00000000004FFE09  Unknown               Unknown  Unknown
cpmd.x             000000000042D941  Unknown               Unknown  Unknown
cpmd.x             000000000042D24C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002ADCC6F10BC6  Unknown               Unknown  Unknown
cpmd.x             000000000042D149  Unknown               Unknown  Unknown

[ Last edited by cenwanglai on 2013-9-1 at 15:58 ]
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voleyes

银虫 (正式写手)

请问你是怎么解决的?我也出了同样的问题,可是编译部分没有提示错误
3楼2013-10-31 09:55:21
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

找到问题了,我编译出错~
2楼2013-09-01 08:24:28
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李天帮

木虫 (正式写手)

小小木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-09-01 08:24:28
找到问题了,我编译出错~

区长我安装运行cpmd.x h2.inp>h2.out;屏幕输出999且h2.out文件中还没有你out1的文件内容多,只有几行是不是我的编译有问题啊,请区长指导一下!

               ******  ******    ****  ****  ******   
               *******  *******   **********  *******  
              ***       **   ***  ** **** **  **   ***
             **        **   ***  **  **  **  **    **
             **        *******   **      **  **    **
             ***       ******    **      **  **   ***
              *******  **        **      **  *******  
                ******  **        **      **  ******   

                          VERSION 3.13.2

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THE INPUT FILE IS:                                          inp
THIS JOB RUNS ON:                                         gg0110
THE CURRENT DIRECTORY IS:
         /home-gg/users/nscc410_CWL/cpmd_work/DAY1_WAVE_OPT/water
THE TEMPORARY DIRECTORY IS:
         /home-gg/users/nscc410_CWL/cpmd_work/DAY1_WAVE_OPT/water
THE PROCESS ID IS:                                         24947
THE JOB WAS SUBMITTED BY:                             nscc410_CW
事虽难,做则成;路虽远,行则至。
4楼2014-12-22 22:08:34
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