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毛毛虫_

银虫 (小有名气)

[求助] 在MD中 flying ice cube 怎么理解?

各位虫友好,请问在MD中 flying ice cube 怎么理解?怎么避免呢?
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努力爬行的小虫子·····
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zc118

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-09-28 03:41:28
刚看到你这个回复,不知道你的问题解决了没有。

“Failure in diagonalisation routine dsygvd” 错误最主要的原因是原子几何构型太离谱,比如,两个原子太接近。
我看了一下你的输入文件,有几个疑问,可能是导 ...

您好!刚看了您的回帖,我现在也遇到如下NoseHoover热浴问题,请您帮指导一下,非常感激!
1、CouplingStrength是不是越大越好?太大会出现什么问题?
2、我是用dftb方法计算碳纳米管的,
Thermostat = NoseHoover {
Temperature [Kelvin] = TemperatureProfile {
    constant 1    5555   #开始温度T=5555K
    exponential  7000  300   #拟在7000步内降到300K
    constant 1000 300  #达到300K后弛豫1000步
    }
  CouplingStrength [cm^-1] = 1680
}
3、我的初始构型不稳定,平动,振动动能都很高,温度近5555K,我的目标是想使得我的初始构型体系尽快冷却下来,相当于淬火,最终构型和初始构型一样那是最好的结果。

请问想得到这样的结果是不是步数越少越好了?比如上述的改为以下脚本:
Thermostat = NoseHoover {
Temperature [Kelvin] = TemperatureProfile {
    constant 1    5555   #开始温度T=5555K
    exponential  100  300   #拟在100步内降到300K
    constant 2000 300  #达到300K后弛豫2000步
    }
  CouplingStrength [cm^-1] = 1680
}
CouplingStrength需要改变吗?
非常感谢您的指导与帮助!
8楼2015-07-26 15:55:26
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