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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 帮帮我这个熊孩纸吧
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兔子demikwok

铁虫 (初入文坛)

[求助] 帮帮我这个熊孩纸吧 已有1人参与

首先我不得不承认我是个小白，但是我觉得自己也是个小强，从当初“被”专业到现在，我一步一步也算是撑了下来，因为各种不明不白的原因，我开始了分子方面的暂且说是扭捏作态的研究，第一步，从全国范围内的当然了就是几个省的野外作业，采集样品，各种折腾，终于把样品采到了。很欣慰。第二步，实验，我做的是issr分子标记，分子标记是什么？不懂，开始混迹于各个实验室，经过一段时间的摸爬滚打，我终于知道了提取植物DNA,PCR,引物什么之类的，算是把实验完成了，结果还行，跑得条带还挺好，又是一阵窃喜。现在麻烦来了，数据处理。关键问题，大家好好听哦，我用的两个软件想必大家都在用，popgene和ntsys.我准备写种质遗传多样性的文章，我只有四十个样（一个种），样品数量有限，达不到做居群的标准和要求。这样问题就来了，折腾了好几天，未果，希望热心的盆友解答一下：1.popgene处理的遗传距离是不是只是居群的算不出个体和个体的遗传距离呢？（我算不出来反正）2.文献中列出的每条引物的多态性带数和多态性比率是不是自己数出来的？我用pop算出来的是以每个位点为单位的多态性比率而不是每条引物的？3.个体和个体之间的遗传距离这两个软件能算么？就是我不按居群来分，作为一个整体，用ntsys做出了遗传相似系数但是遗传距离怎么做呢？4.因为我这个样的量比较少，把他们整个看成一个群体，不按居群分，是不是就做不出有效等位基因数，基因多样度和shannon指数？因为我用pop把population输成1，软件显示错误，但文献中人家却有，不知是怎么算的，郁闷呀。5.聚类图出来了，好像比较乱，没有规律性，这可难坏了我和我的小伙伴。
大家帮我看看该怎么办，要写文章了，着急的要死，你看这么晚还夜不能寐的，睡不着，揪心呀，我想刚接触这个分子标记的熊孩子们应该也有一样的问题，希望大家仔细看看我的贴，希望你们从中也能学到东西，也希望那些在行的朋友们，多指导一下，小白同志先谢过了！！！！不懂的太多比较啰嗦。。。。
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该死的实验
1楼 2013-08-23 01:09:49
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兔子demikwok

铁虫 (初入文坛)
这么晚了，我还是睡不着，我想今晚我可能死了。。。。。。大家快帮帮我吧。。。。。
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该死的实验
2楼2013-08-23 01:11:17
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xingjiuwcc

木虫 (著名写手)

新手上路
看完你帖子我也要死了。。。睡了，早点睡吧。。。。

[ 发自小木虫客户端 ]
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一朝踏上读研路，从此妹子是路人
3楼2013-08-23 01:13:23
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pypsak

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我用的是ntsys，样本比你稍微多点59个
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4楼2013-08-23 08:25:38
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兔子demikwok

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingjiuwcc at 2013-08-23 01:13:23
看完你帖子我也要死了。。。睡了，早点睡吧。。。。

给点建设性意见撒。。不能只睡觉呀。。。。
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该死的实验
5楼2013-08-23 16:53:55
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兔子demikwok

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pypsak at 2013-08-23 08:25:38
我用的是ntsys，样本比你稍微多点59个

那你有米有我的那些问题呀，讲讲呀，那你算不成什么H;I;NE之类的参数吧。。。。交流一下，呜呜呜。。。。
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该死的实验
6楼2013-08-23 16:56:17
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农虫

金虫 (初入文坛)
悲惨的世界！我也遇到问题找不到答案。愁死了额！！！！
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7楼2014-03-12 21:15:47
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191629384

新虫 (初入文坛)
遇到同样问题，不知道你的解决了没？求助啊~
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8楼2016-07-07 13:51:18
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yezi11304492

新虫 (初入文坛)
NTSYS怎么做遗传相似系数啊
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9楼2016-09-27 10:22:44
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杜一无二

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先不得不承认我是大白，其次不得不评判和赞扬你，批评的原因是这么晚还在弄科研，为什么这么晚，你知道，在整哪样，赞扬你是因为你是被实验，哈哈。
然后回到正题，
1.popgene处理的遗传距离是不是只是居群的算不出个体和个体的遗传距离呢？（我算不出来反正）           这是可以算出来的
2.文献中列出的每条引物的多态性带数和多态性比率是不是自己数出来的？我用pop算出来的是以每个位点为单位的多态性比率而不是每条引物的？                              这个我每次都是copy的，但是我觉得是自己算出来的。
3.个体和个体之间的遗传距离这两个软件能算么？就是我不按居群来分，作为一个整体，用ntsys做出了遗传相似系数但是遗传距离怎么做呢？                                               这个可以算的
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10楼2016-09-28 14:52:46
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