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xibeisiber

新虫 (初入文坛)

[求助] babel转换为Fenske-Hall Z-Matrix 格式问题

我想用babel将pdb文件转换为Fenske-Hall Z-Matrix(fh格式),总共有七百多个原子,生成的fh文件中最后面的数据因为太长都连在一起了,这样我用matlab想提取都没办法,求帮助!!!!怎么才能使babel生成fh格式时把数据分开
例:
正常的:H   3 1.090  2 109.219  1 266.9
连一起的:O 693 1.547692 102.801687 277.1 应该是:O 693 1.547 692 102.801 687 277.1
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xibeisiber at 2013-08-19 19:40:23
怎么把fh文件里的Z-matrix数据转换为直角坐标数据?babel或其他软件能实现么?解决这个问题的给金币~

不用fh了,改用gzmat,babel可对gzmat和pdb进行双向转换
4楼2013-08-22 14:26:49
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)

找到解决方法了http://forums.openbabel.org/Open-Babel-fixed-format-for-Fenske-Hall-z-matrix-td957962.html
把安装文件里的fhformat.cpp改了就行了。。
自己解决的金币会还回来么。。。。
2楼2013-08-19 19:12:14
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)

怎么把fh文件里的Z-matrix数据转换为直角坐标数据?babel或其他软件能实现么?解决这个问题的给金币~
3楼2013-08-19 19:40:23
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