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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » babel转换为Fenske-Hall Z-Matrix 格式问题
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)

[求助] babel转换为Fenske-Hall Z-Matrix 格式问题

我想用babel将pdb文件转换为Fenske-Hall Z-Matrix（fh格式），总共有七百多个原子，生成的fh文件中最后面的数据因为太长都连在一起了，这样我用matlab想提取都没办法，求帮助！！！！怎么才能使babel生成fh格式时把数据分开
例：
正常的：H   3 1.090  2 109.219  1 266.9
连一起的：O 693 1.547692 102.801687 277.1 应该是：O 693 1.547 692 102.801 687 277.1
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1楼 2013-08-19 17:27:44
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xibeisiber at 2013-08-19 19:40:23
怎么把fh文件里的Z-matrix数据转换为直角坐标数据？babel或其他软件能实现么？解决这个问题的给金币～

不用fh了，改用gzmat，babel可对gzmat和pdb进行双向转换
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4楼2013-08-22 14:26:49
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)
找到解决方法了http://forums.openbabel.org/Open-Babel-fixed-format-for-Fenske-Hall-z-matrix-td957962.html
把安装文件里的fhformat.cpp改了就行了。。
自己解决的金币会还回来么。。。。
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2楼2013-08-19 19:12:14
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xibeisiber

新虫 (初入文坛)
怎么把fh文件里的Z-matrix数据转换为直角坐标数据？babel或其他软件能实现么？解决这个问题的给金币～
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3楼2013-08-19 19:40:23
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