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lllllyyyy

金虫 (小有名气)

[求助] NAMD

NAMD计算时总是报错怎么回事?ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 569!谢谢大神指点一下。
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lllllyyyy: 金币+10, 有帮助 2013-08-03 21:41:18
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-08-01 14:57:23
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lllllyyyy

金虫 (小有名气)

好的,谢谢,我再看看,改了不少次的能量最优,但是还是没跑出来,还是让它跑的长点吧,虽然感觉分子不是很大!
3楼2013-08-01 15:54:16
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看看569号原子的位置有没有和别的原子过于靠近 可以手动移动一下初始位置
4楼2013-08-01 19:07:25
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lllllyyyy

金虫 (小有名气)

谢谢大家的回复!已经解决问题了,非常感谢!现在存在一个问题是增加能量最小化的步骤就延长了运算的时间,大大增加了计算的成本?不知道能不能通过已经计算的NAMD结果而判断最佳的计算步骤数?楼上说的调节位置是怎么回事?能不能具体讲讲?谢谢!
5楼2013-08-03 21:43:35
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

你好,我也出现了相同报错,请问你是怎么解决的呢?
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-14 15:18:59
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gulayne

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lllllyyyy at 2013-08-03 21:43:35
谢谢大家的回复!已经解决问题了,非常感谢!现在存在一个问题是增加能量最小化的步骤就延长了运算的时间,大大增加了计算的成本?不知道能不能通过已经计算的NAMD结果而判断最佳的计算步骤数?楼上说的调节位置是怎 ...

你好  请问你是怎么解决这个问题的呢? 我也出现同样的问题  能量最小化的我也调整过一些值  但一直没能达到解决  能否教教我怎么处理呢  被这个问题困了好久
7楼2017-07-22 14:37:13
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