应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » NAMD
71/1返回列表
查看: 1333  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lllllyyyy

金虫 (小有名气)

[求助] NAMD

NAMD计算时总是报错怎么回事？ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 569!谢谢大神指点一下。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2013-08-01 13:36:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lllllyyyy: 金币+10, ★有帮助 2013-08-03 21:41:18
需要充分的能量最小化

http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=40718
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18608
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... st/namd-l/0042.html
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-08-01 14:57:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lllllyyyy

金虫 (小有名气)
好的，谢谢，我再看看，改了不少次的能量最优，但是还是没跑出来，还是让它跑的长点吧，虽然感觉分子不是很大！
赞一下 回复此楼
3楼2013-08-01 15:54:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看看569号原子的位置有没有和别的原子过于靠近 可以手动移动一下初始位置
赞一下 回复此楼
4楼2013-08-01 19:07:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lllllyyyy

金虫 (小有名气)
谢谢大家的回复！已经解决问题了，非常感谢！现在存在一个问题是增加能量最小化的步骤就延长了运算的时间，大大增加了计算的成本？不知道能不能通过已经计算的NAMD结果而判断最佳的计算步骤数？楼上说的调节位置是怎么回事？能不能具体讲讲？谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2013-08-03 21:43:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusandanooo

银虫 (小有名气)
你好，我也出现了相同报错，请问你是怎么解决的呢？
赞一下 回复此楼
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-14 15:18:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulayne

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lllllyyyy at 2013-08-03 21:43:35
谢谢大家的回复！已经解决问题了，非常感谢！现在存在一个问题是增加能量最小化的步骤就延长了运算的时间，大大增加了计算的成本？不知道能不能通过已经计算的NAMD结果而判断最佳的计算步骤数？楼上说的调节位置是怎 ...

你好  请问你是怎么解决这个问题的呢？ 我也出现同样的问题  能量最小化的我也调整过一些值  但一直没能达到解决  能否教教我怎么处理呢  被这个问题困了好久
赞一下 回复此楼
7楼2017-07-22 14:37:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lllllyyyy 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 长年满屏的广告，版主太不责任了。基金也等的急 +4 gltch 2026-08-12 4/200 2026-08-12 16:08 by eulota
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭