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lllllyyyy

金虫 (小有名气)

[求助] NAMD

NAMD计算时总是报错怎么回事？ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 569!谢谢大神指点一下。
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1楼 2013-08-01 13:36:28
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lllllyyyy: 金币+10, ★有帮助 2013-08-03 21:41:18
需要充分的能量最小化

http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=40718
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18608
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... st/namd-l/0042.html
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-08-01 14:57:23
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lllllyyyy

金虫 (小有名气)
好的，谢谢，我再看看，改了不少次的能量最优，但是还是没跑出来，还是让它跑的长点吧，虽然感觉分子不是很大！
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3楼2013-08-01 15:54:16
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看看569号原子的位置有没有和别的原子过于靠近 可以手动移动一下初始位置
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4楼2013-08-01 19:07:25
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lllllyyyy

金虫 (小有名气)
谢谢大家的回复！已经解决问题了，非常感谢！现在存在一个问题是增加能量最小化的步骤就延长了运算的时间，大大增加了计算的成本？不知道能不能通过已经计算的NAMD结果而判断最佳的计算步骤数？楼上说的调节位置是怎么回事？能不能具体讲讲？谢谢！
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5楼2013-08-03 21:43:35
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
你好，我也出现了相同报错，请问你是怎么解决的呢？
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-14 15:18:59
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gulayne

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lllllyyyy at 2013-08-03 21:43:35
谢谢大家的回复！已经解决问题了，非常感谢！现在存在一个问题是增加能量最小化的步骤就延长了运算的时间，大大增加了计算的成本？不知道能不能通过已经计算的NAMD结果而判断最佳的计算步骤数？楼上说的调节位置是怎 ...

你好  请问你是怎么解决这个问题的呢？ 我也出现同样的问题  能量最小化的我也调整过一些值  但一直没能达到解决  能否教教我怎么处理呢  被这个问题困了好久
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7楼2017-07-22 14:37:13
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