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liusanbing

铜虫 (正式写手)

[交流] 请教MS中切面几何优化和原子之间的配位

1.我用MS-中DMol3切面做几何优化,假如主族氧化物A2O3,切三层,五层,七层,分子式分别为A8O16,A16O28,A24O40,五层优化始终不收敛,设置自旋激化,和无自旋激化都试了就是不收敛,其他都是默认值。请问应该怎样设置?为什么?
2.体相O是四配位的,A是六配位的,切面时第一层是O第二层是A出现两种情况,一种O是两配位,A是六配位,另一种O是两配位,A有四配位和五配位,做吸附气体小分子哪种切面好,为什么?
谢谢指教。

[ Last edited by zzgyb on 2007-12-28 at 21:37 ]
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zzgyb

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★ ★
liusanbing(金币+2,VIP+0):希望继续指导
你看一下你的输出结果,看一看他的收敛程度
如果没有收敛,那就改变一下结构试一试
如果一直是往收敛的方向走,那就增大一下SCI cycles 试一试
也许在多进行几步SCI 就可以收敛


第二问题,这两种情况你都要计算
进行比较,找出最有利的吸附构型,具体那个面容易吸附
积要看你的吸附体,也要看你的吸附质
不同的物质不一样

一般情况下,容易发生在晶面间距较大的面
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2楼2007-11-05 23:56:52
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liusanbing

铜虫 (正式写手)

SCI设置为1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为0.005或0.01都试了不收敛.还可以调什么参数?就是想计算表面能看选五层还是七层就可以,选层方面有其他方法确定吗?


选100面晶面间距是较大,吸附小分子CO,NO,NO2,N2O,H2
CH4等应该选哪种面?
3楼2007-11-06 08:58:55
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主

★ ★ ★
liusanbing(金币+3,VIP+0):谢谢指导,还有一个问题,请指导!
如果这样,五层每次都是第九步不收敛,我觉得可能有一下几方面原因,(自己的拙见,仅供参考):

一、再检查一下你的结构是不是有问题,七层都可以收敛,说明你的计算机是满足要求的。不会能因为内存不足等原因。建议你先用半经验优化一下,然后再用Dmol优化,这样l优化后的结构Dmol再优化会收敛快一些,也比较容易收敛。
二、循环次数你已经增大了,如果是你说的一会变大,一会变小,那就是结构在震荡,也有可能说明这个表面结构就是不稳定的。
如果不行,只能调节收敛精度了。

至于选层,没有什么具体要求,一般都是3-6层,这样要你自己计算,一般都是把基层都优化以下,看看表面结构影响到几层。比如,你有优化的3层,4层结构,发现第三层、第四层对表面影响很小,计算到第三层就可以了。

至于吸附,选什么面。一般情况下首先晶面间距较大的面。但也要具体问题具体分析。比如对CO,一方面看表面是C吸附,还是O吸附,还要看是金属吸附还是O吸附,
他们会选择最有利于吸附的晶面。比如是金属吸附C,那就会选择含金属原子比较多的面。


一点拙见,供讨论
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4楼2007-11-06 13:29:27
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liusanbing

铜虫 (正式写手)

谢谢指导,DMol3可不可以计算氧化物的磁矩?如果可以应该怎样做?
5楼2007-11-06 16:18:29
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carlon

金虫 (小有名气)

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢解惑!!希望常来!! :)
跟smearing 设置有关,你可以试一下
smearing从小逐渐增大,就收敛了。不过smearing太大,最后优化的构型可能会有问题。DMOL优化不收敛,一般得设置smearing,你可以看outmole文件,里面如果不收敛的话会有体系你修改什么参数的。
好运
6楼2007-12-07 21:36:39
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