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qianxiong铜虫 (小有名气)
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原子坐标单位除了nm，Angstrom外还有其他单位表示吗？ 一篇诡异的文献
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早先看了一篇用 SIESTA 做氧化石墨烯量化计算的文献Modeling of Graphite Oxide，该文的Supporting File中有经过优化后不同氧化比率的原子坐标数据。为了更直观比较各个结构，于是将各坐标数据转换的GRO格式的坐标文件。问题就在这里出现了： 1）在GRO 中其坐标单位是nm，若直接复制做成的结构文件其原子间的距离远大正常的成键范围。 2）若将其视为Supporting file 的单位视为Angstrom，在转换成GRO是（除以10）则又造成各原子间的距离过小， 原本不该成键的原子链接成键。 3） 最后折衷，将Supporting file 中的数值除以4.5 后转换成GRO，才大致在一相对正常的范围内，而键长与其他文献中的对应数据相比还是有不少出入。 4） 该 Supporting file共有 18 个结构，我转换4，只有三个能“正常”成键，其中一个结构为C8(OH)8无法成键如图所示： 各位方家知道这是什么原因吗？ |
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qianxiong
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2楼2013-07-26 01:12:25
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