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阴离子建模
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我要建的是多糖在水中的模型，其中多糖链上有羧基和磺酸根，这样的话应该是带两个负电荷，我加钠离子平衡体系电荷，这样的话应该是一个多糖分子对应两个钠离子，我用AC按比例添加后typing，进行结构优化在out文件中竟然出现体系电荷不是零，这样的话模型是不是构建错误了啊？应该怎么构建这一类的模型啊？ 还有就是计算相互作用能或者分析径相分布函数时要把加入的负离子计算在内吗？ 就是计算径向分布函数的话要把有机物阴离子和加入的钠离子设置为一个set进行分析吗？ 还有就是会出现typing后加入纳的电荷仍是零，这个很奇怪。 请高手解惑 |
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