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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫

[交流] 关于QSAR的一些问题

大家好,我最近在做QSAR,对这方面不是很了解,在做COMFA时候,PLS做两次,一次是Leave-One-Out,一次是No Validation,请问为什么要做两次,No Validation是什么意思?在No Validation条件下,R2是0.98,我看说明书说在这个条件下R2远大于0.6,结果不可靠,这样的结果可靠吗?Column Filtering是什么意思?能否举例说明,谢谢!如下图
我是按照SYBYL7.2说明书COMFA的例子做的
谢谢各位

[ Last edited by zzgyb on 2007-12-3 at 20:28 ]
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做中国人的化学!!!!
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫

yalefield老人在那里啊,期待你的解答!!!
做中国人的化学!!!!
3楼2007-10-30 18:36:40
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查看全部 8 个回答

snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★
小红豆(金币+2,VIP+0):谢谢阿!
suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢,能回答下面的问题吗?不胜感谢
做 leave-one-out 是验证一下模型的稳健性及预测能力
而做 no-validation 是为了获得用于预测的模型

至于 Column filtering,记不清楚了……
2楼2007-10-29 18:53:58
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

关于后面的那个问题,记不清了

大概是这个样子的,CoMFA 的模型是建立在 N 多的变量上的,每个变量对应一列,即一个 column,如果你去掉 Column filtering 前面的选择,你点一下 Actual column count 看一下数值,再选上 column filtering,然后再点一下后面的那个,看一下数值,这个数值就是参加建立模型的变量的数目,两者应该不同。我记不清楚是变量数值大于 20 被去掉,还是小于 20 被去掉,当然这个 20 不应该是一个具体的数值,具体什么意思,的确不清楚了。

很久没有用 sybyl 了
4楼2007-10-30 19:49:08
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫

顶起来
做中国人的化学!!!!
7楼2007-11-01 21:15:15
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