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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用modredundant限定原子距离错误
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mcv

木虫 (小有名气)

[求助] 用modredundant限定原子距离错误

我把配合物的金属变成假原子Bq，然后限定Bq和N的键长键角做opt，这没问题
但我要在两个金属之间的空挡加点东西以保证结构不会向中间塌陷
于是在中间加了个Ar原子，然后用同样的方法固定Ar的位置，输入文件如下
但是这样之后，算一段时间就提示 Error in internal coordinate system的错误了

输入文件
%chk=p7013.chk
%mem=900MW
%nprocshared=8
# opt=modredundant b3lyp/6-31g(d) nosymm geom=connectivity

HUMFIF

0 1
Bq                 2.18600000   10.68130000    4.37690000
Bq                 4.35130000   10.70660000   -2.29340000
N                  1.64300000   10.75860000    6.29980000
N                  4.23450000   10.81010000    5.17930000
N                  1.29640000   12.57560000    4.23130000
N                  1.54000000    8.68010000    4.42090000
N                  4.99040000   10.63860000   -4.17870000
N                  3.88440000   12.71850000   -2.69540000
N                  3.54220000    8.80450000   -2.66750000
N                  6.49000000   10.52280000   -1.78600000
C                  2.19140000   13.65490000    2.12600000
C                  3.63720000    7.39070000    0.70950000
H                  4.54250000    7.10620000    0.67040000
C                  2.99530000    7.75230000   -0.46730000
C                  3.00610000    7.42780000    1.93030000
H                  3.46810000    7.15480000    2.71320000
C                  3.42660000   13.96510000    1.59510000
H                  4.14220000   14.20240000    2.17500000
C                  1.96290000   13.75350000    3.60620000
H                  2.83470000   13.89070000    4.05150000
H                  1.41100000   14.55550000    3.78480000
C                  2.63240000   13.54770000   -0.66060000
C                  1.17920000   13.30320000    1.23060000
H                  0.31370000   13.10740000    1.57070000
C                  2.78880000   13.54770000   -2.14320000
H                  1.93670000   13.23600000   -2.53950000
H                  2.92870000   14.48110000   -2.43680000
C                  1.03870000    8.23410000    0.86360000
H                  0.14220000    8.54860000    0.90280000
C                  1.68150000    7.87100000    2.02330000
C                  5.80520000   10.33260000    3.28080000
C                  3.63490000   13.93220000    0.21530000
H                  4.48480000   14.17950000   -0.13210000
C                  6.38290000   11.93800000    1.57310000
H                  6.49160000   12.84580000    1.31620000
C                  0.48000000   11.67930000    6.35120000
H                  0.28180000   11.91510000    7.29070000
H                 -0.31590000   11.23470000    5.96710000
C                  0.91970000    7.88100000    3.33220000
H                  4.49480000   11.69780000    5.08150000
H                  0.00890000    8.23410000    3.16340000
H                  0.81950000    6.94610000    3.64530000
C                  1.67710000    8.14690000   -0.35470000
H                  1.19350000    8.36560000   -1.14500000
C                  6.09580000    9.32630000    2.39520000
H                  5.99580000    8.42280000    2.66670000
C                  1.38830000   13.22890000   -0.10520000
H                  0.67830000   12.95730000   -0.67280000
C                  1.23080000    9.37910000    6.73290000
H                  0.53090000   12.43830000    3.71870000
H                  2.02280000    8.88450000    7.06320000
H                  0.57930000    9.44630000    7.47660000
C                  3.69110000    7.62370000   -1.79330000
H                  4.65380000    7.46500000   -1.63180000
H                  3.32980000    6.83170000   -2.26550000
C                  6.53690000    9.61070000    1.08630000
H                  6.75280000    8.90310000    0.48930000
C                  3.79140000   12.74850000   -4.17140000
H                  2.93230000   12.35400000   -4.45760000
H                  2.28640000    8.19120000    4.68270000
H                  3.82090000   13.68630000   -4.48450000
C                  2.79950000   11.24180000    7.08760000
H                  2.64810000   11.04740000    8.04670000
H                  2.88190000   12.22250000    6.98490000
C                  0.79300000   12.94150000    5.56100000
H                 -0.02620000   13.49050000    5.47050000
H                  1.47360000   13.47760000    6.04050000
C                  4.89860000   11.99800000   -4.77080000
H                  5.74770000   12.48270000   -4.61910000
H                  4.75510000   11.92510000   -5.74690000
C                  4.09380000    9.68650000   -4.89550000
H                  4.49350000    9.44630000   -5.76890000
H                  3.21920000   10.11680000   -5.06680000
C                  3.89630000    8.44570000   -4.06860000
H                  3.17420000    7.89530000   -4.46250000
H                  4.72840000    7.90960000   -4.07350000
C                  5.35990000    9.99670000    4.67530000
H                  5.09690000    9.04320000    4.70230000
H                  6.12900000   10.11110000    5.28700000
H                  4.66160000   13.18880000   -2.49550000
C                  6.66190000   10.94730000    0.67280000
C                  0.61320000    8.63150000    5.59280000
H                  0.45170000    7.69090000    5.85460000
H                 -0.25370000    9.04180000    5.35300000
C                  5.94760000   11.64350000    2.85020000
H                  5.73970000   12.35400000    3.44470000
C                  6.40430000   10.17250000   -4.18600000
H                  6.82290000   10.40550000   -5.05210000
H                  6.42600000    9.18760000   -4.08820000
H                  2.62300000    8.95170000   -2.69610000
C                  4.05180000   10.58850000    6.64240000
H                  4.00920000    9.61790000    6.83070000
H                  4.82310000   10.96740000    7.13660000
C                  7.18290000   10.80720000   -3.06310000
H                  8.10100000   10.43840000   -3.03860000
H                  7.24600000   11.78500000   -3.20500000
C                  7.12230000   11.29470000   -0.70950000
H                  6.94980000   12.25540000   -0.86610000
H                  8.10280000   11.15610000   -0.75840000
H                  6.64240000    9.62650000   -1.59510000
Ar                 3.26865000   10.69395000    1.04175000

1
2
3 36 1.0 49 1.0 62 1.0
4 40 1.0 77 1.0 91 1.0
5 19 1.0 50 1.0 65 1.0
6 39 1.0 60 1.0 82 1.0
7 68 1.0 71 1.0 87 1.0
8 25 1.0 58 1.0 80 1.0
9 53 1.0 74 1.0 90 1.0
10 94 1.0 97 1.0 100 1.0
11 17 2.0 19 1.0 23 1.5
12 13 1.0 14 1.5 15 2.0
13
14 43 2.0 53 1.0
15 16 1.0 30 1.5
16
17 18 1.0 32 1.5
18
19 20 1.0 21 1.0
20
21
22 25 1.0 32 2.0 47 1.5
23 24 1.0 47 2.0
24
25 26 1.0 27 1.0
26
27
28 29 1.0 30 2.0 43 2.0
29
30 39 1.0
31 45 2.0 77 1.0 85 1.5
32 33 1.0
33
34 35 1.0 81 2.0 85 2.0
35
36 37 1.0 38 1.0 65 1.0
37
38
39 41 1.0 42 1.0
40
41
42
43 44 1.0
44
45 46 1.0 56 1.5
46
47 48 1.0
48
49 51 1.0 52 1.0 82 1.0
50
51
52
53 54 1.0 55 1.0
54
55
56 57 1.0 81 1.5
57
58 59 1.0 61 1.0 68 1.0
59
60
61
62 63 1.0 64 1.0 91 1.0
63
64
65 66 1.0 67 1.0
66
67
68 69 1.0 70 1.0
69
70
71 72 1.0 73 1.0 74 1.0
72
73
74 75 1.0 76 1.0
75
76
77 78 1.0 79 1.0
78
79
80
81 97 1.0
82 83 1.0 84 1.0
83
84
85 86 1.0
86
87 88 1.0 89 1.0 94 1.0
88
89
90
91 92 1.0 93 1.0
92
93
94 95 1.0 96 1.0
95
96
97 98 1.0 99 1.0
98
99
100
101

B 1 3 F
B 1 101 F
B 101 2 F
A 1 101 2 F
B 1 4 F
B 1 5 F
B 1 6 F
B 2 7 F
B 2 8 F
B 2 9 F
B 2 10 F
A 1 4 40 F
A 1 5 50 F
A 1 6 60 F
A 2 8 80 F
A 2 9 90 F
A 2 10 100 F
A 1 3 36 F
A 1 3 62 F
A 1 3 49 F
A 2 7 68 F
A 2 7 71 F
A 2 7 87 F


出错部分：
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2369.10591723     A.U. after   14 cycles
...
Population analysis using the SCF
...
Dipole moment (field-independent basis, Debye)
...
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
...
Cartesian Forces:  Max     0.136805184 RMS     0.060172568

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
NTrRot=    -1 NTRed=  2936 NAtoms=   101 NSkip=  2639 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e
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1楼 2013-06-27 00:07:30
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-06-27 10:54:58
Ar原子虽然是惰性原子，但它不是假原子，它是一个电子已经完全配对的原子，具有极强的电子排斥力，它在体系中波函数是要参加计算的，即使是形成范德华作用，也需要具有范德华半径，现在加在结构中固定，自然说坐标有误，不能计算。
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2楼2013-06-27 08:25:25
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mcv

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-06-27 08:25:25
Ar原子虽然是惰性原子，但它不是假原子，它是一个电子已经完全配对的原子，具有极强的电子排斥力，它在体系中波函数是要参加计算的，即使是形成范德华作用，也需要具有范德华半径，现在加在结构中固定，自然说坐标有 ...

配合物本身是两个金属之间配位一个阴离子，也就是M-X-M
我现在想只看不同M...M距离下，配体的构象不同，于是删掉阴离子，然后添加惰性原子占位，如果要达成这个目标，有什么建议么
另外，原来没添加Ar的时候，我是用B 1 2 S 5 0.300000一次扫一段M...M距离，现在虽然没成功，但是貌似高斯没有d1=d2的功能，只能手动一次算一个，有更好的方案么
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3楼2013-06-27 08:49:38
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zhou2009

版主 (著名写手)
你上述还没有把问题说清楚。
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4楼2013-06-27 09:54:46
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mcv

木虫 (小有名气)
gkf高: 金币+3 2013-06-27 10:55:11
gkf高: 金币-3, 粗心了~ 2013-06-27 10:57:14
就是L是个笼子，里面可以包双核金属，然后金属之间又可以结合一个阴离子
我现在想看配合物在包结不同尺寸阴离子时，L的构象以及不同构象的能量（ccdc有一部分不同M...M的结构）
所以把金属原子换成不会因为靠的太近而产生相互作用的假原子，并且通过固定M-N的键长键角保证配位环境不变
之前用B 1 2 S 5 0.300000一次扫一段M...M距离（1 2是M，即Bq的序号）
但是由于中间阴离子被删了，所以苯环在优化的过程中会扭向L的中间

所以现在在中间加了个稀有气体原子，但是增加固定Bq-Ar的键长键角之后就在log里面说Berny optimization后Error in internal coordinate system.
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5楼2013-06-27 10:05:24
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

L是个笼子，我在GV中看见了。
里面包双核金属，然后金属之间又可以结合一个阴离子，要分析它们与笼子的化学作用，才形成笼子的形状，把金属和阴离子都去掉了就纯粹只是笼子了，自然有它自己的构象。加Ar是不行的。
笼子中间装什么，之间都有作用的，去掉，整个体系就全变了，没有可比性了。反正这样的考察设计不合理。
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6楼2013-06-27 11:19:08
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mcv

木虫 (小有名气)
是这样，配合物内部的M-X的键级分析以及X和苯环的弱作用我都算过了
然后我想分析下笼子的间隔基团不同及其在不同M...M下L的能量，主要是从纯配体的构象上分析，也就是之前文献中一直提到但没细说的配体的刚柔性
之前有人做过了间位苯环的那个L随着配位阴离子的尺寸不同log K的大小趋势，他说不同M...M距离对识别比较关键，只有合适大小才有最大的log K

我就是想算出比较合适的Bq...Bq距离和他对比，并且找出未报道的对位苯环的合适的M...M距离
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7楼2013-06-27 11:32:23
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mcv

木虫 (小有名气)
继续google发现这个问题的产生是由于程序对一条线上的原子会产生问题，然后说g09 c01之后的版本可以解决，然后就去找c01了
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8楼2013-06-28 15:05:18
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