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klaus1987

铜虫 (小有名气)

[求助] QMERA和Dmol3计算结合能 已有1人参与

本人想用QMERA和Dmol3两个模块计算结合能。本来是用QMERA做的,因为其中一个分子完全是QM区域,不能单独用QMERA算,所以又用了Dmol3。这两个模块给出的结果文件里的数据多多,能量有好几个说法,我就是不明白应该用哪个能量呢?跪求高手指教!

下面是dmol3的:
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -2374.4959334Ha
                  Kinetic =      -24.1438189Ha
            Electrostatic =       -2.2916013Ha
     Exchange-correlation =        6.2556128Ha
        Spin polarization =        4.0455364Ha
         DFT-D correction =       -0.0590493Ha
      =====================
       Total DFT-D energy =    -2390.6892537Ha
          Total Energy           Binding E       Cnvgnce     Time   Iter
Ef        -2390.689254Ha       -16.1933203Ha      6.09E-07     3.3m      1
df  binding energy     -16.1933203Ha        -440.64285eV      -10161.665kcal/mol
Df  binding energy extrapolated to T=0K     -16.1932774 Ha      -440.64168 eV

然后是QMERA的:
Call to GULP done with exit code 0
...hybrid.calc/gulp/copy_object/================= Tstep:    0.5 Ttot:   64.0 ==
Contribution to energy from                      dmol3:            -0.852168 (a.u.)
Including QM/MM electrostatic energy from        dmol3:            -0.002743 (a.u.)
Contribution to energy from                       gulp:             7.294616 (a.u.)
Contribution to energy from additional MM energy terms:             0.000000 (a.u.)
-----------------------------------------------------------------------------------
QM/MM Energy:                                                       6.442448 (a.u.)
-----------------------------------------------------------------------------------
energy/hybrid.kill/============================== Tstep:    0.0 Ttot:   64.0 ==
energy/hybrid.kill/gulp/========================= Tstep:    0.0 Ttot:   64.0 ==
Energy and gradient evaluations:
QM energies   1
QM gradients  0
MM energies   1
MM gradients  0
-----------------------------------------------------------------------------------
Energy (     hybrid):                                               6.442448 (a.u.)
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尚伊心

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


franch: 金币-1, 非应助回帖 2013-09-23 20:36:07
你好,请问你有关于Qmera的详细教程吗?
2楼2013-09-22 16:42:21
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 尚伊心 at 2013-09-22 16:42:21
你好,请问你有关于Qmera的详细教程吗?

我是看帮助文件自学的
3楼2013-10-10 10:36:29
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竹清松瘦

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

DMOL3里的能量用Total DFT-D energy =    -2390.6892537Ha
QMERA里用QM/MM Energy:                                                       6.442448 (a.u.)
你看他的最后的杂化能一样呀~
4楼2016-01-22 21:16:24
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