|
|
[求助]
MS建 zeolite 4A模型多出很多骨架原子
在ISCD上搜到Zeolite 4A的信息如下:
Atom # OX SITE x y z SOF H ITF(B)
Si 1 +4 24 k 0 0.185(1) 0.372(1) 0.5 0 1.4(6)
Al 1 +3 24 k 0 0.185(1) 0.372(1) 0.5 0 1.4(6)
O 1 -2 12 h 0 0.225(1) 0.5 1. 0 2.3(4)
O 2 -2 12 i 0 0.290(1) 0.290(1) 1. 0 2.6(4)
O 3 -2 24 m 0.114(1) 0.114(1) 0.345(1) 1. 0 2.7(3)
Na 1 +1 8 g 0.200(1) 0.200(1) 0.200(1) 1. 0 0
Na 2 +1 12 i 0 0.429(3) 0.429(3) 0.25 0 0
Na 3 +1 12 j 0.204(7) 0.204(7) 0.5 0.083 0 2.
Lbl Type Beta11 Beta22 Beta33 Beta12 Beta13 Beta23
Na1 Na1+ 0.007(1) 0.007(1) 0.007(1) 0.0010(5) 0.0010(5) 0.0010(5)
Na2 Na1+ 0.012(6) 0.005(3) 0.005(3) 0 0 0
*end for ICSD #10288
在MS进行了以下操作:
1.build→crystal→build crystal, 设置建一个PM-3M的空间群;
2. build→atoms 加入Si原子和O原子,输入对应的wyckoff position坐标;
3. build→bonds calculate会自动把这些原子用键连起来;
4. 然后同样方法加Na;
5. 我要得到2*2*2的结构,这里显示晶胞为2*2*2。
6. 因为zeolite 4A的骨架是Si和Al各占一半,Si和Si不能同时连在一个O原子上,Al和Al也不能同时连在一个O原子上。为了替换一半的Si,我去掉了周期性,一个一个原子来改,谁有好方法进行这个步骤?
zeolite 4A的分子式是(Na)96(Al)96(S)i96(O)384
得到了晶体结构以后,我发现输出文件中有480个O;144个Si;144个Al。但是根据上面的wyckoff position分析,一个晶胞的Si和Al加起来应该是24个,2*2*2就是8个晶胞。加起来是192个,Al和Si各为96个。现在多出来48个Si、48个Al以及96个O。
我从MS自带的structure中导出LTA结构,导出文件中就是96个Si、96个Al以及384个O。但是奇怪的是,我把这两个晶胞并排仔细对照,除了Na原子外。两种情况下得到的2*2*2晶胞骨架结构没有不同,那为什么自建的晶胞输出文件中会多出来那么多原子?
附上两个晶胞的对比图。
![MS建 zeolite 4A模型多出很多骨架原子]()
LTA.jpg
这是MS自带结构库中导出的LTA骨架结构
![MS建 zeolite 4A模型多出很多骨架原子-1]()
NaA.jpg
手动自建的zeolite 4A晶胞结构
[ Last edited by effia on 2013-6-17 at 17:10 ] |
|