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neaper

新虫 (初入文坛)

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[求助] 请问一步有500百万个原子的lammps构型文件用什么软件可以可视化显示？

本人初做MD模拟，想要显示原子数比较大的构型，原子数大概在500万个左右，对应一步的文件大小是200M左右，我用VMD 1.9进行显示，可是貌似VMD一步最多只支持显示40M左右（约90万个原子）的构型，不知道VMD的显示能力是否有错，有其它的软件可以实现大模型显示么？

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1楼 2013-06-04 09:45:03

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neaper

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-04 10:08:07
500万个原子？
这也太猛了点儿，这么大的体系，你应该先考虑你的计算机硬件问题了，你可以试试GPU加速的 VMD 并行版本。

还有，你的模拟体系中这500万个原子不会都是你需要的吧？

打个比方说，我的模拟体系是 ...

你好！我的目的确实是要全部显示这些原子，计算机硬件显示能力应该是够的，一步500万个原子的文件大小也就200M，电脑硬件应该是可以满足的，而电脑内存配置小的话只是总的能显示的步数会少些而已吧，这我可以分布输出来解决的，但是貌似VMD软件的显示能力有限，我试了下，一步的原子数加到40M（也就是90万个）就不能显示了，所以还是想问下有知道什么软件能够显示比较大规模的原子，另外至于你说的GPU加速的VMD并行版本哪里可以找到，大侠你有的话方便传我一个吗，我的邮箱是：zhangqun@lnm.imech.ac.cn
谢谢了

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3楼2013-06-04 22:55:01

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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+2, 谢谢回复~ 2013-06-05 09:47:32

500万个原子？
这也太猛了点儿，这么大的体系，你应该先考虑你的计算机硬件问题了，你可以试试GPU加速的 VMD 并行版本。

还有，你的模拟体系中这500万个原子不会都是你需要的吧？

打个比方说，我的模拟体系是蛋白质在溶液中的动力学模拟，很显然体系中大部分原子会是溶液，但是在显示的时候，关键是要看蛋白质的情况，所以在显示的时候，我就可以把溶液分子都删除，只把蛋白质的轨迹保留下来，这样就可以减少计算机的负担。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-6-4 at 10:12 ]

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2楼2013-06-04 10:08:07

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