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janet2012222金虫 (小有名气)
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VASP应变应变能的方法计算弹性常数---侯柱锋老师
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大家好，本人最近在学习VASP计算弹性常数，用的是侯柱锋老师的应力应变能的方法。对于defvector.f的程序我直接使用只改变Define the strain, 但是对于bash脚本中有些语句不是很明白。希望热心者帮我解读解读。 #! /bin/bash for i in -0.018 -0.015 -0.012 -0.09 -0.06 -0.03 0.00\ (1)其中\代表什么意思 0.03 0.06 0.09 0.012 0.015 0.018 do echo $i | defvector.x cp fort.3 POSCAR #### cat >INCAR <<! SYSTEM= ENCUT= ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.2 NSW=60 IBRION=2 ISIF=2 EDIFF=1E-5 POTIM=0.2 PREC=Accurate ! echo "delta=$i"; vasp (2)这里vasp代表什么意思？ cp CONTCAR pos.$i （3） pos.$i代表什么意思？ cp CONTCAR POSCAR cat >INCAR <<! SYSTEM= ENCUT= ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=-5 SIGMA=0.2 NSW=0 IBRION=-1 ISIF=2 EDIFF=1E-5 POTIM=0.2 PREC=Accurate ! echo "delta= $i" ; vasp (4)问题同（2） E=`grep "TOTEN" out.$i | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}' ‘ （4）这里怎么会有两个’ ’ echo $i $E >>SUMMARY done 当我编好defvector.f 和这个bash脚本之后，准备好OLDPOS,POTCAR, KPOINTS然后运行bash这个脚本文件，他却说 line 5:defvector.x:commmand not found line 问题(4)那行:fg:no job control 我想请问这些都是怎么回事？请高手教教我。 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
janet2012222: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢您了，我把defvector.x拷到bin下就能运行了 2013-06-02 17:05:47
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janet2012222: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢您了，我把defvector.x拷到bin下就能运行了 2013-06-02 17:05:47
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(1)其中\代表什么意思 : 代表换行，你可以把两行写为一行，就不要\了 (2)这里vasp代表什么意思？这里就是vasp的执行命令啊，这里你也可以写为 mpirun -np 16 vasp之类的 （3） pos.$i代表什么意思？这里i 就是上面的循环，这样就可以用来命名加以区别，比方第一个就是 pos.-0.018 （4）这里怎么会有两个’ ’ 这里要仔细看清楚，不是两个，这里是两个不同的符号 defvector.x:commmand not found 你要保证defvector.x编译之后，设置了环境变量，或者是直接把defvector.x拷贝到/bin/ |
2楼2013-05-31 19:57:56
janet2012222
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您好，我还想问问您第4个问题那个地方，E=`grep "TOTEN" out.$i | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}' ‘ 首先（1）grep "TOTEN" out.$i 我只知道是获得总能的意思，但是out.$i脚本中却没有定义，这是什么意思换成OUTCAR可以吗？ 其次（2）tail -1 filename是看filename最后一行的意思，filename没有加上，它应该是OSZICAR吗？ 再次(3) | 是什么意思，好像是fortran语言看到一点，但是我给忘了。 最后（4）awk '{printf "%12.6f \n", $5}这一串字符我真的是完全不懂啊？ 请多多指教 |
3楼2013-06-04 16:01:46
jinxd0124
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