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yunruirui

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云朵爸

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8楼: Originally posted by angel2826 at 2013-05-19 22:32:11
那每个氧上可以加氢,成4个孤立的水分子,不应该成环而无氢,确实让我有点迷糊了。无序的水分子可以去掉,那解析时是什么情况可以去掉水,什么情况下又不可以去掉水??与配位水喝结晶水又有什么区别?...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍,溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题,你看的不是一个不对称单元,在一个单胞中存在对称元素,导致你的溶剂水通过对称后成环,再就是水上面氢的问题,在X射线单晶衍射得到的数据,任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到,而不是根据衍射点load,因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在,这里没有加氢,不是因为其不存在氢,而是由于太繁琐,没有加,这个只要你不投晶体结构类的杂志,审稿人不会提及。
11楼2013-05-20 08:52:47
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yunruirui

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云朵爸

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9楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-19 23:22:53
您这问到我心里去了,我也正想到这问题。关键yunruirui斑竹给我解析的单晶中,这个4个氧原子组成的环状分子,而没有氢,这是我的疑所在。我今天又发现2001年科学界发现存在4个氧组成环状分子。链接如下:http://ia ...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍,溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题,你看的不是一个不对称单元,在一个单胞中存在对称元素,导致你的溶剂水通过对称后成环,再就是水上面氢的问题,在X射线单晶衍射得到的数据,任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到,而不是根据衍射点load,因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在,这里没有加氢,不是因为其不存在氢,而是由于太繁琐,没有加,这个只要你不投晶体结构类的杂志,审稿人不会提及。
12楼2013-05-20 08:52:55
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yunruirui

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云朵爸

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8楼: Originally posted by angel2826 at 2013-05-19 22:32:11
那每个氧上可以加氢,成4个孤立的水分子,不应该成环而无氢,确实让我有点迷糊了。无序的水分子可以去掉,那解析时是什么情况可以去掉水,什么情况下又不可以去掉水??与配位水喝结晶水又有什么区别?...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍,溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题,你看的不是一个不对称单元,在一个单胞中存在对称元素,导致你的溶剂水通过对称后成环,再就是水上面氢的问题,在X射线单晶衍射得到的数据,任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到,而不是根据衍射点load,因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在,这里没有加氢,不是因为其不存在氢,而是由于太繁琐,没有加,这个只要你不投晶体结构类的杂志,审稿人不会提及。
13楼2013-05-20 08:53:40
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yunruirui

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云朵爸

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9楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-19 23:22:53
您这问到我心里去了,我也正想到这问题。关键yunruirui斑竹给我解析的单晶中,这个4个氧原子组成的环状分子,而没有氢,这是我的疑所在。我今天又发现2001年科学界发现存在4个氧组成环状分子。链接如下:http://ia ...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍,溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题,你看的不是一个不对称单元,在一个单胞中存在对称元素,导致你的溶剂水通过对称后成环,再就是水上面氢的问题,在X射线单晶衍射得到的数据,任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到,而不是根据衍射点load,因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在,这里没有加氢,不是因为其不存在氢,而是由于太繁琐,没有加,这个只要你不投晶体结构类的杂志,审稿人不会提及。
14楼2013-05-20 08:54:03
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

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14楼: Originally posted by yunruirui at 2013-05-20 08:54:03
配位水和结晶水得区别可以看相关书籍,溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题,你看的不是一个不对称单元,在一个单胞中存在对称元素,导致你的溶剂水通过对称 ...

那我想在你给我的解出的结构的基础上再精修下,那我可以把那四个O6氧,分别命名四个不同的O6,O7,O8,O9,再分别加上氢可以否?另外R=0.0706 ,会不会认为有点偏大,一般认为要小于0.05么?
15楼2013-05-20 09:26:47
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yunruirui

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云朵爸

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15楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-20 09:26:47
那我想在你给我的解出的结构的基础上再精修下,那我可以把那四个O6氧,分别命名四个不同的O6,O7,O8,O9,再分别加上氢可以否?另外R=0.0706 ,会不会认为有点偏大,一般认为要小于0.05么?...

我讲过,你不投晶体结构类的文章即可。那个氧不能分别命名,那个是对称出来的。在不对称单元中只存在一个。
16楼2013-05-20 09:43:02
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

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16楼: Originally posted by yunruirui at 2013-05-20 09:43:02
我讲过,你不投晶体结构类的文章即可。那个氧不能分别命名,那个是对称出来的。在不对称单元中只存在一个。...

那请问,四个O6不能分别命名,那加氢怎么加,也是同样的加8个相同的H么?例如8个H8,或四个H8,四个H8A。或者干脆把那四个O6氧去掉,即去掉溶剂水
17楼2013-05-20 10:34:14
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yunruirui

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云朵爸

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17楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-20 10:34:14
那请问,四个O6不能分别命名,那加氢怎么加,也是同样的加8个相同的H么?例如8个H8,或四个H8,四个H8A。或者干脆把那四个O6氧去掉,即去掉溶剂水...

就这样,不加,说衍射数据太弱,氢无法load就可以了。而且你的数据,本身完整度就不够

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18楼2013-05-20 10:56:11
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

送红花一朵
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18楼: Originally posted by yunruirui at 2013-05-20 10:56:11
就这样,不加,说衍射数据太弱,氢无法load就可以了。而且你的数据,本身完整度就不够...

哦,那就这样好了,非常感谢你的了!假如以后审稿问这我再咨询您去。
19楼2013-05-20 11:29:25
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