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yunruirui

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云朵爸
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8楼: Originally posted by angel2826 at 2013-05-19 22:32:11
那每个氧上可以加氢，成4个孤立的水分子，不应该成环而无氢，确实让我有点迷糊了。无序的水分子可以去掉，那解析时是什么情况可以去掉水，什么情况下又不可以去掉水？？与配位水喝结晶水又有什么区别？...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍，溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题，你看的不是一个不对称单元，在一个单胞中存在对称元素，导致你的溶剂水通过对称后成环，再就是水上面氢的问题，在X射线单晶衍射得到的数据，任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到，而不是根据衍射点load，因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在，这里没有加氢，不是因为其不存在氢，而是由于太繁琐，没有加，这个只要你不投晶体结构类的杂志，审稿人不会提及。
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11楼2013-05-20 08:52:47
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yunruirui

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云朵爸
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9楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-19 23:22:53
您这问到我心里去了，我也正想到这问题。关键yunruirui斑竹给我解析的单晶中，这个4个氧原子组成的环状分子，而没有氢，这是我的疑所在。我今天又发现2001年科学界发现存在4个氧组成环状分子。链接如下：http://ia ...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍，溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题，你看的不是一个不对称单元，在一个单胞中存在对称元素，导致你的溶剂水通过对称后成环，再就是水上面氢的问题，在X射线单晶衍射得到的数据，任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到，而不是根据衍射点load，因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在，这里没有加氢，不是因为其不存在氢，而是由于太繁琐，没有加，这个只要你不投晶体结构类的杂志，审稿人不会提及。
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12楼2013-05-20 08:52:55
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yunruirui

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8楼: Originally posted by angel2826 at 2013-05-19 22:32:11
那每个氧上可以加氢，成4个孤立的水分子，不应该成环而无氢，确实让我有点迷糊了。无序的水分子可以去掉，那解析时是什么情况可以去掉水，什么情况下又不可以去掉水？？与配位水喝结晶水又有什么区别？...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍，溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题，你看的不是一个不对称单元，在一个单胞中存在对称元素，导致你的溶剂水通过对称后成环，再就是水上面氢的问题，在X射线单晶衍射得到的数据，任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到，而不是根据衍射点load，因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在，这里没有加氢，不是因为其不存在氢，而是由于太繁琐，没有加，这个只要你不投晶体结构类的杂志，审稿人不会提及。
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13楼2013-05-20 08:53:40
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yunruirui

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9楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-19 23:22:53
您这问到我心里去了，我也正想到这问题。关键yunruirui斑竹给我解析的单晶中，这个4个氧原子组成的环状分子，而没有氢，这是我的疑所在。我今天又发现2001年科学界发现存在4个氧组成环状分子。链接如下：http://ia ...

配位水和结晶水得区别可以看相关书籍，溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题，你看的不是一个不对称单元，在一个单胞中存在对称元素，导致你的溶剂水通过对称后成环，再就是水上面氢的问题，在X射线单晶衍射得到的数据，任何氢原子都是根据主体原子的位置通过计算得到，而不是根据衍射点load，因此在溶剂水加氢需要有与之相应的氢键存在，这里没有加氢，不是因为其不存在氢，而是由于太繁琐，没有加，这个只要你不投晶体结构类的杂志，审稿人不会提及。
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14楼2013-05-20 08:54:03
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
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14楼: Originally posted by yunruirui at 2013-05-20 08:54:03
配位水和结晶水得区别可以看相关书籍，溶剂水在不需要讨论溶剂对结构影响的时候可以去掉。在这里成环是由于你用的是观察软件的问题，你看的不是一个不对称单元，在一个单胞中存在对称元素，导致你的溶剂水通过对称 ...

那我想在你给我的解出的结构的基础上再精修下，那我可以把那四个O6氧，分别命名四个不同的O6，O7，O8，O9，再分别加上氢可以否？另外R=0.0706 ，会不会认为有点偏大，一般认为要小于0.05么？
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15楼2013-05-20 09:26:47
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yunruirui

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15楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-20 09:26:47
那我想在你给我的解出的结构的基础上再精修下，那我可以把那四个O6氧，分别命名四个不同的O6，O7，O8，O9，再分别加上氢可以否？另外R=0.0706 ，会不会认为有点偏大，一般认为要小于0.05么？...

我讲过，你不投晶体结构类的文章即可。那个氧不能分别命名，那个是对称出来的。在不对称单元中只存在一个。
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16楼2013-05-20 09:43:02
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aixiaok110

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16楼: Originally posted by yunruirui at 2013-05-20 09:43:02
我讲过，你不投晶体结构类的文章即可。那个氧不能分别命名，那个是对称出来的。在不对称单元中只存在一个。...

那请问，四个O6不能分别命名，那加氢怎么加，也是同样的加8个相同的H么？例如8个H8，或四个H8,四个H8A。或者干脆把那四个O6氧去掉，即去掉溶剂水
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17楼2013-05-20 10:34:14
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yunruirui

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17楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-05-20 10:34:14
那请问，四个O6不能分别命名，那加氢怎么加，也是同样的加8个相同的H么？例如8个H8，或四个H8,四个H8A。或者干脆把那四个O6氧去掉，即去掉溶剂水...

就这样，不加，说衍射数据太弱，氢无法load就可以了。而且你的数据，本身完整度就不够
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aixiaok110
18楼2013-05-20 10:56:11
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aixiaok110

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18楼: Originally posted by yunruirui at 2013-05-20 10:56:11
就这样，不加，说衍射数据太弱，氢无法load就可以了。而且你的数据，本身完整度就不够...

哦，那就这样好了，非常感谢你的了！假如以后审稿问这我再咨询您去。
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19楼2013-05-20 11:29:25
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