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轨道太多时，怎么更好的处理cda的结果？
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我的配合物原子比较多，所以看cda分析的图比较困难 于是我要先 Show fragment orbital contributions to specific complex orbital，然后再结合cda的那个图进行处理，这里有几个问题。 1.阈值默认选5%，是不是以能看到最大的两个贡献来调整 2.如果我只画截取的部分轨道的图，frag简并轨道的贡献是否是几个简并轨道的的贡献之和，即红线上的百分数是否是几个简并轨道贡献的加和，如果这几个简并轨道的贡献相差较大，譬如一个贡献10%，一个贡献2%，是否可以忽略较小的，只画出最大的那个 3.同2，如果complex也有几个简并轨道，而frag到这几个简并轨道的贡献大小不一，我实际作图的是想比较frag2的occ为0中贡献较大的部分，也就是这些complex简并轨道的其中一个，我只在图中表示complex的简并轨道中的一个是否合理 4.Show fragment orbital contributions to specific complex orbital只显示了大于1%的贡献，但是涉及加和的时候，会不会产生更大的误差 5.似乎d-b最大的多半是但并不一定是frag2的occ0的贡献最大的，我有个例子，d-b最大的是171和172 171 2.000000 0.060007 0.003493 0.056514 -0.063355 172 2.000000 0.060027 0.003706 0.056321 -0.067198 173 2.000000 0.007111 -0.001223 0.008333 -0.029842 174 2.000000 0.055564 0.007108 0.048455 -0.183347 他们的frag2的occ0的贡献都是1%多些，但是174的frag2的occ0的贡献是5%多 6.frag1和2的前后排序不同之后，cda一开始产生的d b d-b r的表格中的数据看起来是一样的，但是ecda的结果差了一点点，我对ecda的概念不特别理解，只是反馈一下这个问题 下面是涉及我的问题2问题3涉及的简并轨道的例子： frag1的11 12 13是简并轨道，complex的192 193 194是简并轨道 d-b最大的是180和194号轨道 Occupation number of orbital 180 of the complex: 2.00000000 Orbital 11 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 2.3941% Orbital 12 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 2.5771% Orbital 13 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 22.0182% Orbital 157 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.3149% Orbital 160 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 3.1450% Orbital 163 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 11.0503% Orbital 169 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 21.2582% Orbital 174 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.7895% Orbital 175 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 6.4837% Orbital 176 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 2.4569% Orbital 177 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.0256% Orbital 180 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 5.2589% Orbital 181 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 4.0814% Orbital 182 of fragment 2, Occ: 0.00000 Contribution: 1.0789% Orbital 183 of fragment 2, Occ: 0.00000 Contribution: 9.1421% Occupation number of orbital 194 of the complex: 2.00000000 Orbital 11 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 4.5367% Orbital 12 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 1.9981% Orbital 13 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 3.6870% Orbital 163 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.0518% Orbital 174 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 4.2549% Orbital 175 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 17.3176% Orbital 176 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 2.3237% Orbital 177 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 19.6432% Orbital 178 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.9188% Orbital 179 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.0978% Orbital 180 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 22.0799% Orbital 181 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 7.6035% Orbital 182 of fragment 2, Occ: 0.00000 Contribution: 2.1234% Orbital 183 of fragment 2, Occ: 0.00000 Contribution: 7.1795% 与complex 194轨道简并的192和193轨道 Occupation number of orbital 192 of the complex: 2.00000000 Orbital 11 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 9.1978% Orbital 12 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 22.7753% Orbital 172 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.1065% Orbital 174 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 12.1437% Orbital 175 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 2.5747% Orbital 178 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 30.9108% Orbital 179 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 11.1394% Orbital 180 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 2.4905% Occupation number of orbital 193 of the complex: 2.00000000 Orbital 11 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 16.0407% Orbital 12 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 4.1120% Orbital 13 of fragment 1, Occ: 2.00000 Contribution: 9.4563% Orbital 176 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 18.9478% Orbital 177 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 4.2720% Orbital 178 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 10.4611% Orbital 179 of fragment 2, Occ: 2.00000 Contribution: 27.4172% multiwfn出图为附件1，我自己做的为附件2 这里frag1的11 12 13对complex的180贡献有差异，在其他图中我只画出最大的那个frag1的轨道，但是因为frag1的11 12 13对complex的194贡献相差不大，所以红色的百分数是加和，不知道画的对不对  DISLIN_7.PNG  [ Last edited by mcv on 2013-5-13 at 22:08 ] |
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1 默认阈值往往偏低，导致图上连线太多，所以应适当调整，让连线数目合适，能看得清楚图。并且注意调整作图能量范围，大量轨道都作到图上的话往往难以看清。 2、3 不是贡献的加和，而是单独标注的。可能会彼此相互覆盖掉而只在图上显示了其中一个轨道的贡献。搞不清楚的话直接让程序输出一下那个轨道中片段轨道的成份就知道了。如果想考虑贡献和，就如你那样自行算一下并ps上即可，或者也可以将几个值自行单独标注在连线上 4 应该不会。考虑小于1%的贡献没太大意义，而且计算成份的方法本身也是含糊的，太小的值就可以当做没有了。 5 这没有必然的对应关系，也得看和片段1轨道的参与程度以及与片段2轨道的交叠程度。 |
2楼2013-05-14 00:14:09
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