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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助质粒大神，小弟初入研门，一件特别纠结的事情
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biotianyanan

银虫 (小有名气)

[求助] 求助质粒大神，小弟初入研门，一件特别纠结的事情

我们实验室有一N多年前构建好的载体，用于植物超表达的，现在只有序列，图谱丢失了，我们实验室现在的师兄师姐都不做这个，悲催我只能自己搞了。
我会分析酶切位点，却不知道怎么去找到它的35S强启动子和Tnos的序列，以及其他成分，比如抗生素序列，望各位师兄师姐能指点小弟，在此感激不尽。
ps：很纠结啊，用各种质粒分析软件搞好几天了，ncbi blast也做了，就是无法重建出来图谱，不太会这个
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1楼 2013-05-12 21:37:43
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
biotianyanan: 金币+10, ★★★很有帮助, 帮人者，自有功德无量 2013-05-13 08:49:44
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-05-13 08:55:48
先找一个到多个农杆菌质粒来比较.首先确定左边界和右边界,再确定左右边界之间T-DNA的各个片段功能,包括ORF,常见的启动子和终止子.小片段blast有时候不准确,直接用Vector NTI的搜索功能搜索已经确定了图谱的质粒,要容错几个碱基,看哪个位置匹配程度高,就是哪个片段.
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为什么
3楼2013-05-13 08:07:34
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
biotianyanan: 金币+10, ★★★很有帮助, 帮人者，自有功德无量 2013-05-13 08:49:57
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与 2013-05-13 08:55:37
如果楼主知道质粒上大概都有哪些组成部分，根据序列画出图谱很容易啊，用Vector NTI或其他软件，根据其他质粒中常见的启动子，抗性基因等等，基本上可以找出来。
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植物生理群69993869，为避免广告，申请加入请提供木虫昵称，院校及专业信息
2楼2013-05-13 04:35:09
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