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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS氯化钠晶体结构构建
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hasisjc

新虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS氯化钠晶体结构构建

氯化钠晶体，面心立方，晶格常数是5.62，请问在LAMMPS中如何构建？需要详细的命令行~~~
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1楼 2013-05-12 16:33:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

李雷霆

木虫 (正式写手)

大先生

【答案】应助回帖

NaCl不是fcc结构，是特有的NaCl结构。命令如下：
命令出自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f3365780100x9eh.html
lattice                 custom $x a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.0 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 &
                        basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.5 basis 0.0 0.5 0.5 &
                        basis 0.5 0.5 0.5 basis 0.0 0.0 0.5 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0
region                  box block 0 3 0 3 0 3
create_box              2 box
create_atoms            2 box basis 1 1 basis 2 1 basis 3 1 basis 4 1 &
                              basis 5 2 basis 6 2 basis 7 2 basis 8 2
具体说明：
(1) lattice第一行为晶格矢量，其中$x为晶格矢量；第二行和第三行每一个basis对应原胞中的一个原子。对于B1结构，是包含8个原子，即4个Na，4个Cl。
(2) region是定义盒子的区域
(3) create_box定义盒子，指定原子类型的数量。这里的2是因为有两种类型。
(4) create_atoms在盒子中，以lattice晶格创建原子。这里的basis有两个参数，第一个指定是lattice中的哪一个原子，这里从1到8；第二个参数指定原子类型，因为有两种类型，所以为1或者2.
建议可以先看manual，熟悉上面涉及到的几个命令。
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hasisjc
9楼2013-08-14 19:16:18
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 14:58:06
手册不是万能的, 但不看手册是万万不能的。 我们发表成果，哪个不是慢慢琢磨出来的？
我们在这里交流， 答疑，本身就是义务的。 但凡是有个度，总得自己先做功课吧？ 你可以有自己观点，我也无意去争论什么，只是提 ...

来这边发帖，自然都是自己先琢磨过了，不然谁会事先啥也不做，就想来这儿坐享其成？若是怀有这个态度，那就不要搞科研了~~~
总归是有问题自己没法解决，人家才会来这儿问的，没有把自己的尝试说出来，不代表没有努力过~~~
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7楼2013-05-13 15:07:36
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sword123

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

论坛本身就是来讨论问题的，问题不分大小，只要是不懂得都可以问，至于回不回答那是另码事。支持楼主。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2013-08-16 00:43:53
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普通回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
难道要别人帮你做你的工作吗？ 当然要你自己理解，尝试去做。
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2楼2013-05-13 09:46:13
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 09:46:13
难道要别人帮你做你的工作吗？ 当然要你自己理解，尝试去做。

我自然是尝试了很久，弄不出来才出来求出~~~
你不想应助就不要回复了，不要老是说这种话，我看到你很多应助别人“手册里有”之类的，有意思吗？
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3楼2013-05-13 10:07:07
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

来这里是讨论学术问题， 不是教学。 身为搞科研的，当然先要做足了功课， 有问题了来这里交流。很多问题，手册里都有答案， 当然要你自己去研究。
像你这样， 要别人提供你详细的命令行， 是要别人帮你义务劳动吗？ 既然你试验过了， 就应该把 你所做过的说明一下， 你具体碰到什么样的问题。 这样才是求助解答的正道。
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4楼2013-05-13 10:44:58
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 10:44:58
来这里是讨论学术问题， 不是教学。 身为搞科研的，当然先要做足了功课， 有问题了来这里交流。很多问题，手册里都有答案， 当然要你自己去研究。
像你这样， 要别人提供你详细的命令行， 是要别人帮你义务劳动吗？ ...

手册也不是万能的，单凭一个手册就能解决科研问题了？
别人有没有要帮我义务劳动，别人自己会决定要不要来回复；同样，我怎么做我自己也会决定！
不过你说的也有道理，我是应该把我的流程说清楚了~~~
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5楼2013-05-13 14:51:11
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

手册不是万能的, 但不看手册是万万不能的。 我们发表成果，哪个不是慢慢琢磨出来的？
我们在这里交流， 答疑，本身就是义务的。 但凡是有个度，总得自己先做功课吧？ 你可以有自己观点，我也无意去争论什么，只是提倡合理，有效的方式。
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6楼2013-05-13 14:58:06
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
hasisjc: 回帖置顶 2013-05-22 08:30:56
补充一下，我之前尝试过，命令如下，
lattice      fcc 5.62
region      myregion block 0 3 0 3 0 3 units lattice  
create_box            2 myregion
create_atoms        1 box basis 1 1
create_atoms        2 box basis 2 1
但是原子数目都不对，貌似还有大量重叠，关键问题在于，fcc格子有四个basis原子，但是手册里面根本也没有说哪个basis atoms用什么符号或者是ID表示，那么在create_atoms 的时候，basis里面的参数应该怎么写的？
望哪位大侠能够答疑解惑一下~~~
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8楼2013-05-13 15:41:33
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