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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于 fix move command
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heibeidedong

木虫 (正式写手)

[求助] 关于 fix move command

IMPORTANT NOTE:As atoms move due to this fix, they will pass thru periodic boundaries and be remapped to the other side of the simulation box, just as they would during normal time integration (e.g. via the fix nve command). It is up to you to decide whether periodic boundaries are appropriate with the kind of atom motion you are prescribing with this fix.
IMPORTANT NOTE: As dicsussed below, atoms are moved relative to their initial position at the time the fix is specified. These initial coordinates are stored by the fix in "unwrapped" form, by using the image flags associated with each atom. See the dump custom command for a discussion of "unwrapped" coordinates. See the Atoms section of the read_data command for a discussion of image flags and how they are set for each atom. You can reset the image flags (e.g. to 0) before invoking this fix by using the set image command.
这两段是fix move command 中，自己看几遍都没理解，求解释。
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努力提高和完善自己
1楼 2013-05-12 15:48:04
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是哪一句不理解？ 这里没有难懂的东东， 除非你对分子模拟没概念。
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2楼2013-05-13 09:47:37
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heibeidedong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 09:47:37
你是哪一句不理解？ 这里没有难懂的东东， 除非你对分子模拟没概念。

These initial coordinates are stored by the fix in "unwrapped" form, by using the image flags associated with each atom.不知道与每个原子相关的image  flag 意思？" unwrapped "是什么形式？看了相关的dump command和read-data command ，也没有搞懂。
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努力提高和完善自己
3楼2013-05-13 10:13:59
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
heibeidedong: 金币+7, ★★★很有帮助 2013-05-13 15:21:13
手册的”dump molfile“里有如下说明：
Unwrapped means that if the atom has passed through a periodic boundary one or more times, the value is printed for what the coordinate would be if it had not been wrapped back into the periodic box.

'image  flag“, 根据read_dump里的解释， 应该是原子跨越边界的个数。 也就是说， 原子一旦跨越边界，该值就会+/－1.
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Candyran
4楼2013-05-13 13:40:49
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heibeidedong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 13:40:49
手册的”dump molfile“里有如下说明：
Unwrapped means that if the atom has passed through a periodic boundary one or more times, the value is printed for what the coordinate would be if it had not b ...

同学你好，我都学这个软件大半年了，但是还是把程序没调好，现在信心越来越低，看到你经常帮人解决问题，你学的很不错啊，希望你讲些经验，谢谢。
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努力提高和完善自己
5楼2013-05-13 15:19:45
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Candyran

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 13:40:49
手册的”dump molfile“里有如下说明：
Unwrapped means that if the atom has passed through a periodic boundary one or more times, the value is printed for what the coordinate would be if it had not b ...

您好，我是新手一枚，求指教。我想让圆柱工件旋转来模拟高速旋转的车削工件，工件我分了3层，边界恒温牛顿层，然后我用fix 0 BL move rotate 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 ${period}不会转（圆柱形工件工件绕x轴旋转，前面我边界层设置了不受力），period用了很大和很小的值都没有反应，诚恳求老师赐教。
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超精密加工&分子动力学&nanocutting&nanoindentation&
6楼2019-04-08 17:15:47
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