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flyhigher

银虫 (小有名气)

[交流] 为什么PCR引物中有“R,I,Y,M”?这些是什么?

初入分子生物学,看到PCR引物竟然不是常规的碱基排列顺序,竟然还有除ATCG以外的字母,高手指点以下吧,要不然文献看不下去了,其他地方我也没有找到解释。
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陈硕真

这里的符号也可能不是非常规的碱基或修饰碱基

★ ★
johnsooh(金币+2,VIP+0):谢谢热心解答
有些是指或是嘌呤之一或是嘧啶之一;另一些是说不限制碱基类型。要看上下文内容,或者你把句子贴过来。对不起,我刚接到电话要去开会,没有办法等你的回复了,你贴上完整的句子我看看。

I,Y,M倒也是修饰碱基或修饰核苷的符号,如果是修饰碱基或修饰核苷,出现在PCR引物中也不是没有可能,下次给你发些修饰碱基或修饰核苷的文献。我忘了修饰碱基或修饰核苷符号有无R。

[ Last edited by 陈硕真 on 2007-9-27 at 09:53 ]
2楼2007-09-27 09:42:40
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cake2008

木虫 (正式写手)

★ ★
asr(金币+2,VIP+0):thanks a lot!
这些是简并碱基。
含有简并碱基的引物叫简并引物,一般用降落PCR来扩增。
风满楼
3楼2007-09-27 11:32:58
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flyhigher

银虫 (小有名气)

多谢多谢!上午电脑不好一直没有看到。我看他就是做的兼并引物PCR。
4楼2007-09-27 14:11:05
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陈硕真

我也好好学习了一次


plantsoil(金币+1,VIP+0):Oops, there was an error:Please go to the top page and start browsing from there
Degenerate PCR

http://www.rtpcr.cn/html/degeneratepcr/20070616/64.html

[ Last edited by 陈硕真 on 2007-9-27 at 19:55 ]
5楼2007-09-27 19:39:11
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plantsoil

荣誉版主 (知名作家)

I'm loving 自然风:P

pet2008——文献家园
6楼2007-09-27 19:44:07
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陈硕真

Symbols of Degenerate Bases

★ ★
johnsooh(金币+2,VIP+0):thx
1.Degenerate Base Expander

http://vsrp.uhnres.utoronto.ca/dBaseExpander.html

Please paste in query sequences with degenerate bases to expand the sequences into multiple sequences.

This may be useful for motif search purpose.
W=A or T S=C or G
R=A or G Y=C or T
K=G or T M=A or C
B=C, G or T
D=A, G or T
H=A, C or T
V=A, C or G
N=A, C, G, or T


2.需要补充说明的是:简并PCR的引物中可以有修饰碱基存在,比如:次黄嘌呤(Hypoxanthine)。

                                --------------黄留玉 主编  PCR最新技术原理、方法及应用
                                      化学工业出版社,2005,88-89。

     有些符号的意思还是要结合上下文的(contextual)意思才能确定。

[ Last edited by 陈硕真 on 2007-9-27 at 20:36 ]
7楼2007-09-27 20:06:52
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