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fustar08

木虫 (小有名气)

[求助] 一未知蛋白PMF 肽指纹结果如何分析呢 有图,有反应条件

本虫是做酶工程的,筛到一株细菌得到一纯化蛋白,但是不知道该功能,于是联系一公司做了PMF测定。但是结果不知道怎样分析,也不明白该公司测定得有没有价值。请各位大侠帮帮忙指点迷津。

目标:通过PMF预测该未知蛋白大概是个什么蛋白
样品:细菌发酵液纯化的胞外蛋白   分子量33 KDa(SDS-PAGE测定)
处理:Trypsin酶解
PMF仪器型号:ultraflex tof/tof  Bruker
附件:公司测定结果Mascot比对


问题:
1.PMF结果在Macsot上比对的结果显示最相似的蛋白为threonine dehydratase biosynthetic 1,其余均是些预测蛋白,但是酶活测定发现不是该种蛋白。
请问检测的结果还可以获得哪些有用的信息吗?感觉花钱打了水漂。
2.该菌株的属有基因组报道,有预测蛋白,通过自建库有没有什么帮助(自建库的原理我也不是太明白)。

DW20_G71.jpg



[ Last edited by fustar08 on 2013-5-3 at 23:32 ]
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  • 2013-05-03 23:14:03, 162.08 K

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