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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » TS confirmation无法进行，求大牛指导
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
两个匹配的体系中被固定的同一个原子坐标不能够匹配。
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11楼2019-04-02 02:57:04
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laury

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-04-02 02:57:04
两个匹配的体系中被固定的同一个原子坐标不能够匹配。

但是preview时，看着都match得很好啊，结果生成的文件一搜过渡态立刻就跳出来任务失败，该怎么弄啊？大神
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12楼2019-04-18 20:15:29
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
12楼: Originally posted by laury at 2019-04-18 20:15:29
但是preview时，看着都match得很好啊，结果生成的文件一搜过渡态立刻就跳出来任务失败，该怎么弄啊？大神...

给报错信息看看。

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13楼2019-04-19 19:55:26
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laury

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-04-19 19:55:26
给报错信息看看。
...

Setting up periodic cell information

Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Error: Fixed coordinate mismatch:    0.000000   0.001581
Error: Fixed coordinates should match in both structures to within     0.0010
Error: Fixed coordinate mismatch:    0.000000   0.001581   
Error: Fixed coordinates should match in both structures to
重复n行
MPI Application rank 15 exited before MPI_Finalize() with status 200
OMP: Warning #2: Cannot open message catalog "libiomp5.cat":
OMP: System error #2: No such file or directory
OMP: Hint: Check NLSPATH environment variable, its value is "(null)".
OMP: Hint: Check LANG environment variable, its value is "zh_CN.UTF-8".
OMP: Info #3: Default messages are used.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_alloc.c(2201).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
OMP: Warning #2: Cannot open message catalog "libiomp5.cat":
OMP: System error #2: No such file or directory
OMP: Hint: Check NLSPATH environment variable, its value is "(null)".
OMP: Hint: Check LANG environment variable, its value is "zh_CN.UTF-8".
OMP: Info #3: Default messages are used.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_alloc.c(2201).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
forrtl: error (76): Abort trap signal
Image              PC                Routine            Line        Source            
libc.so.6          00000039E2A32625  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000039E2A33E05  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      000000000169AC5A  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      000000000168EE71  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      0000000001683F32  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      00000000016BCEF7  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      0000000001691A85  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      000000000169B36C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000039E2A35B22  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.1        00007F353878F1CC  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.1        00007F353879C35E  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      000000000041AA2E  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      00000000005F8ABC  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      000000000052B61D  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      00000000004ECA1A  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      0000000000411EE0  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      0000000000411C4C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000039E2A1ED5D  Unknown               Unknown  Unknown
dmol3_mpi.exe      0000000000411B7A  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (76): Abort trap signal

说是在始态和终态结构中的坐标不匹配，但是我preview之前match都对应的挺好啊
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14楼2019-04-21 16:16:52
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
14楼: Originally posted by laury at 2019-04-21 16:16:52
Setting up periodic cell information

Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Error: Fixed coordinate mismatch:    0.000000   0.001581
Error: Fixed coordinates should match in both stru ...

固定的部分匹配偏差比程序本身的标准稍高了一点，看看能否直接删除反应物或产物其中一个固定的部分，把另一个结构固定的部分贴过来重新优化一下再重新匹配。
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15楼2019-04-21 16:49:32
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