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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 蛋白同源建模
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xulinan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by chaonan321 at 2013-05-07 16:38:43
你好啊，我现在想用modeller建模，我下了modeller的主程序，Python 2.7和MODELLER GUI.我也看到http://salilab.org/modeller/supplemental.html  数据库信息，请问这个数据库我需要下载吗？感觉特别大。这个数据库 ...

说实话modeller我也不是行家，就用过两次，所以只能是建议，相互学习吧。你说的这个我没下，因为我每次都是自己找同源蛋白的。感觉modeller自己匹配的序列很一般，你不自己手动调整是不会恰当匹配的。不用下载可用，建议先计算一个模型试试，估算下时间随便看下效果再做调整
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11楼2013-05-07 20:17:06
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-07 20:17:06
说实话modeller我也不是行家，就用过两次，所以只能是建议，相互学习吧。你说的这个我没下，因为我每次都是自己找同源蛋白的。感觉modeller自己匹配的序列很一般，你不自己手动调整是不会恰当匹配的。不用下载可用 ...

我也感觉modeller的align结果很一般，我把ali和pap文件都手动在写字板里改了一下，我这样做对吗？手动align的话，还要改动别的文件吗?非常感谢.
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12楼2013-05-10 20:14:40
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xulinan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by chaonan321 at 2013-05-10 20:14:40
我也感觉modeller的align结果很一般，我把ali和pap文件都手动在写字板里改了一下，我这样做对吗？手动align的话，还要改动别的文件吗?非常感谢....

可以改ali文件，不需改其他文件
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13楼2013-05-10 23:12:30
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