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xulinan

木虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by chaonan321 at 2013-05-07 16:38:43
你好啊,我现在想用modeller建模,我下了modeller的主程序,Python 2.7和MODELLER GUI.我也看到http://salilab.org/modeller/supplemental.html  数据库信息,请问这个数据库我需要下载吗?感觉特别大。这个数据库 ...

说实话modeller我也不是行家,就用过两次,所以只能是建议,相互学习吧。你说的这个我没下,因为我每次都是自己找同源蛋白的。感觉modeller自己匹配的序列很一般,你不自己手动调整是不会恰当匹配的。不用下载可用,建议先计算一个模型试试,估算下时间随便看下效果再做调整
11楼2013-05-07 20:17:06
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chaonan321

金虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-07 20:17:06
说实话modeller我也不是行家,就用过两次,所以只能是建议,相互学习吧。你说的这个我没下,因为我每次都是自己找同源蛋白的。感觉modeller自己匹配的序列很一般,你不自己手动调整是不会恰当匹配的。不用下载可用 ...

我也感觉modeller的align结果很一般,我把ali和pap文件都手动在写字板里改了一下,我这样做对吗?手动align的话,还要改动别的文件吗?非常感谢.
12楼2013-05-10 20:14:40
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xulinan

木虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by chaonan321 at 2013-05-10 20:14:40
我也感觉modeller的align结果很一般,我把ali和pap文件都手动在写字板里改了一下,我这样做对吗?手动align的话,还要改动别的文件吗?非常感谢....

可以改ali文件,不需改其他文件
13楼2013-05-10 23:12:30
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