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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 安装fftw时bin文件不见了，求助
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yjhqdm

金虫 (小有名气)

[求助] 安装fftw时bin文件不见了，求助

只要提出有帮助意见我就散金了。。
我在安装fftw时，先安装了fftw3，方法如下：
$ cd /usr/local/src
$ sudo tar xzvf ~/Downloads/fftw-3.3.3.tar.gz
$ cd fftw-3.3.3
$ sudo ./configure --prefix=/usr/local/fftw3 --enable-float
$ sudo make
$ sudo make install
后来发现fftw3有些问题，就有按照上述方法安装了fftw2.1.5
安装fftw2
$ cd /usr/local/src
$ sudo tar xzvf ~/Downloads/fftw-2.1.5.tar.gz
$ cd fftw-2.1.5
$ sudo ./configure --prefix=/usr/local/fftw2 --enable-float
$ sudo make
$ sudo make install
但是装完后，发现在/usr/local/fftw3/里面有bin
但是在/usr/local/fftw2/下面没有bin
然后参考网上方法，删除了fftw2、fftw3文件夹，重新安装了fftw2，还是没有bin
求助啊！怎么回事～～
新手装lammps第一步就出问题。。。。
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1楼2013-04-28 15:24:58
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yjhqdm: 金币+10, ★有帮助, 希望在支持~帮忙一下 2013-04-29 20:09:39
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-04-30 11:05:01
这个装好之后是库文件， 应该在lib文件里面，

~/usr/include/fftw3.h
~/usr/include/fftw3.f
~/usr/lib/libfftw3.a
~/usr/lib/libfftw3.la
~/usr/lib/libfftw3.so

看看这个链接吧

http://micro.stanford.edu/wiki/Install_FFTW3
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2楼2013-04-29 00:44:11
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yjhqdm

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Bessel at 2013-04-29 00:44:11
这个装好之后是库文件， 应该在lib文件里面，

~/usr/include/fftw3.h
~/usr/include/fftw3.f
~/usr/lib/libfftw3.a
~/usr/lib/libfftw3.la
~/usr/lib/libfftw3.so

看看这个链接吧

http://micro.s ...

按照现在的状态，我重新安装fftw3的话，在指定文件夹下面会出现bin文件夹的。fftw3是我第一次安装的fftw的时候安装的。现在的问题是再安装fftw2的时候没有bin文件夹。那么没有bin文件夹，如何设置环境变量呢？
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3楼2013-04-29 20:09:03
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-30 11:05:19
yjhqdm: 金币+40, ★★★很有帮助 2013-05-02 15:02:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by yjhqdm at 2013-04-29 14:09:03
按照现在的状态，我重新安装fftw3的话，在指定文件夹下面会出现bin文件夹的。fftw3是我第一次安装的fftw的时候安装的。现在的问题是再安装fftw2的时候没有bin文件夹。那么没有bin文件夹，如何设置环境变量呢？...

都说了，你要的库文件在lib文件架里，不在bin文件夹里。有没有bin无所谓，只要指明lib在哪就可以了。你看看你的安装路径里有没有lib文件夹。

环境变量指向lib就可以。
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4楼2013-04-29 21:45:17
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qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-04-30 11:05:31
yjhqdm: 金币+40, 谢谢 2013-05-02 15:02:35
楼上已经说得蛮清楚了，你的安装看起来没有问题，自定义路径以后，完成安装以后，在那个路径下面会有三个新文件夹，include, info, lib

后面调用的时候，只要知道include和lib的绝对路径，就可以了。FFTW并不会生成一个可执行命令，它只是一个库而已。

再有问题，在这边盖楼提问。
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Life, Love, Laugh.
5楼2013-04-30 04:35:41
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yjhqdm

金虫 (小有名气)
哦！我在试试！
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6楼2013-05-02 15:02:00
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yjhqdm

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qphll at 2013-04-30 04:35:41
楼上已经说得蛮清楚了，你的安装看起来没有问题，自定义路径以后，完成安装以后，在那个路径下面会有三个新文件夹，include, info, lib

后面调用的时候，只要知道include和lib的绝对路径，就可以了。FFTW并不会生 ...

今天重新搞了台电脑，安装了ubuntu系统。问题倚在。
其实我想用lmp_gentoo这个库文件编译cpp，这个库文件没有问题的。
mpic++  -Wall  myCode.cpp  -lfftw  -llmp_gentoo  -o  myCode
这个是mpic++命令编译cpp文件的命令。
编译后，出现的出错误是：
/usr/bin/ld: cannot find -lfftw
查找网上关于解决这类问题的办法，应该是在文件夹：
/usr/lib下面没有libfftw.so文件。
然后我检查了一下，果然在我的ubuntu下没有libfftw.so

最早我安装fftw2，fftw3的时候，是有libfftw2.so，fftw3.so的，系统报：
/usr/bin/ld: cannot find -lfftw
/usr/bin/ld: cannot find -lmpii错误，
通过将mpi的环境变量放入.bashrc之后，/usr/bin/ld: cannot find -lmpi没有了，所以我认为是fftw没有放入环境变量。
现在麻烦大了，连libfftw.so都找不到了。哎~
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7楼2013-05-02 21:38:18
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yjhqdm

金虫 (小有名气)
说：/usr/bin/ld: cannot find -lfftw可以通过apt-get install libfftw-dev来重新安装http://blog.sina.com.cn/s/blog_4156950c0100sfzz.html
我看了一下，按tab键，apt-get会给出fftw3-dev。不敢装fftw3，那个fftw3我师弟说会报错的。纠结。
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8楼2013-05-02 21:41:39
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qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

因为你前面自定义了FFTW的安装路径，所以肯定就不能在系统的库文件夹/usr/lib找到FFTW对应的lib文件，比如你这里提到的libfftw.so

有两个解决办法：

(1) 像你对mpi的操作那样，在你的.bashrc文件里面加入其他的lib搜索路径 (我假设你的fftw是按照你前面自定义的路径，/usr/local/fftw2

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw2/lib
export LD_LIBRARY_PATH

(2) 用这个命令来编译你的程序

mpic++  -Wall  myCode.cpp  -L/usr/local/fftw2/lib -lfftw  -llmp_gentoo  -o  myCode

加入”-L/usr/local/fftw2/lib“的目的是让mpic++知道去哪里找对应的fftw库文件。

如果你的lmp_gentoo也有类似的问题，请对照着处理。

有啥问题，继续盖楼。
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Life, Love, Laugh.
9楼2013-05-03 00:39:54
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yjhqdm

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by qphll at 2013-05-03 00:39:54
因为你前面自定义了FFTW的安装路径，所以肯定就不能在系统的库文件夹/usr/lib找到FFTW对应的lib文件，比如你这里提到的libfftw.so

有两个解决办法：

(1) 像你对mpi的操作那样，在你的.bashrc文件里面加入其他 ...

.bashrc 最后面加入：
export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH  # 将新路径添加到现有的$PATH中
然后
$ mpic++  -Wall cnt_correlation_t200.cpp  -L/usr/local/fftw2/lib -lfftw  -llmp_gentoo  -o  myCode
反馈如下：
cnt_correlation_t200.cpp: 在函数‘int main(int, char**)’中:
cnt_correlation_t200.cpp:258:52: 警告： 格式字符串尾有可疑的‘%’ [-Wformat]
cnt_correlation_t200.cpp:266:52: 警告： 格式字符串尾有可疑的‘%’ [-Wformat]
cnt_correlation_t200.cpp:274:52: 警告： 格式字符串尾有可疑的‘%’ [-Wformat]
cnt_correlation_t200.cpp:282:52: 警告： 格式字符串尾有可疑的‘%’ [-Wformat]
cnt_correlation_t200.cpp:290:52: 警告： 格式字符串尾有可疑的‘%’ [-Wformat]
cnt_correlation_t200.cpp:130:18: 警告： 未使用的变量‘n’ [-Wunused-variable]
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o): In function `fft_1d_only(fftw_complex*, int, int, fft_plan_3d*)':
fft3d.cpp:(.text+0x215): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0x25c): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0x2a5): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0x4f4): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0x53b): undefined reference to `fftw'
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o):fft3d.cpp:(.text+0x584): more undefined references to `fftw' follow
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o): In function `fft_3d_destroy_plan(fft_plan_3d*)':
fft3d.cpp:(.text+0x836): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x841): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x853): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x85e): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x869): undefined reference to `fftw_destroy_plan'
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o):fft3d.cpp:(.text+0x874): more undefined references to `fftw_destroy_plan' follow
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o): In function `fft_3d(fftw_complex*, fftw_complex*, int, fft_plan_3d*)':
fft3d.cpp:(.text+0x916): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0x98b): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0xa00): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0xc62): undefined reference to `fftw'
fft3d.cpp:(.text+0xcaa): undefined reference to `fftw'
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o):fft3d.cpp:(.text+0xcf2): more undefined references to `fftw' follow
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o): In function `fft_3d_create_plan(ompi_communicator_t*, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int, int*)':
fft3d.cpp:(.text+0x1540): undefined reference to `fftw_create_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x1561): undefined reference to `fftw_create_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x15b3): undefined reference to `fftw_create_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x15d4): undefined reference to `fftw_create_plan'
fft3d.cpp:(.text+0x1707): undefined reference to `fftw_create_plan'
/lib/../lib/liblmp_gentoo.a(fft3d.o):fft3d.cpp:(.text+0x1728): more undefined references to `fftw_create_plan' follow
collect2: ld 返回 1

这个问题是不是你谁的lmp_gentoo的问题还是fftw的问题？
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10楼2013-05-03 14:26:06
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