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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 随手删东西的小白求助！关于gauss磁盘分配问题
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apple_777

金虫 (小有名气)

[求助] 随手删东西的小白求助！关于gauss磁盘分配问题

Gauss计算小白一个，刚接触三个月左右。。。在用学校大型机计算的时候出现以下错误
Erroneous write. Write -1 instead of 108692768.
fd = 4
orig len = 108692768 left = 108692768
g_write
查了一下说是磁盘空间不足直接跳出了，然后我看了一下有几个比较大的临时文件好像是core.XXX具体的我也不记得了，有一百多兆的样子，然后我就删了。。。结果就是后来再算其它任务的时候总是pend然后立刻直接结束了，没有任何结果，不知道是不是我之前随手删的东西有影响了，可是之前算的时候没有出现过这个core文件啊，下面是输入文件
%mem=10000MB
%nprocshared=8
# opt freq rb3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=water,read,pcm) pop=npa
geom=connectivity scf=tight

Al2-sal-SMPCM-8-5

3 1
O                 -0.72111800   -2.70907600    1.39858400
O                 -0.65340400   -2.72094600   -1.40820800
O                 -2.89249400   -2.15709400   -0.05155500
O                 -1.43026300   -0.04757400   -1.21293600
O                 -1.48590700   -0.05858700    1.13809400
O                 -0.95046700    2.64746700    1.40190900
O                 -0.88398900    2.68973500   -1.40013100
O                 -3.06808300    1.89392100   -0.04677600
Al                -1.06327500   -1.46125100   -0.02855900
Al                -1.17832900    1.38667800   -0.02121300
H                  0.07651400   -2.64465200    1.99890500
H                 -1.46979400   -3.09470700    1.89990300
H                  0.16858800   -2.62916000   -1.95892200
H                 -1.37014600   -3.16082300   -1.90883500
H                 -3.24487100   -2.59758500    0.75503900
H                 -3.19707900   -2.65650300   -0.84307600
H                 -3.41327600    2.35496900   -0.84508200
H                 -3.44751100    2.32684700    0.75227900
H                 -1.62233300    3.04363200   -1.93683300
H                  0.00109000    2.94890200   -1.77746000
H                 -1.70712800    2.98598900    1.92102200
H                 -0.07963600    2.94682000    1.78541000
H                 -1.18021000   -0.02972600   -2.15080000
H                 -1.25568700   -0.04496500    2.08267800
O                  1.42258400    3.45177400   -2.39339800
H                  1.95640500    2.79698400   -2.87999700
H                  1.39352400    4.23850000   -2.96606900
H                 -3.84135800    2.71378700    3.09595600
O                 -3.47457500    3.17207800    2.31645700
H                 -3.85707800    4.06936200    2.33115000
H                 -3.44652200   -3.22132900   -3.16872700
O                 -3.06314600   -3.58943900   -2.35033700
H                 -3.33135700   -4.52722800   -2.32777600
O                  1.50709500   -2.44192700   -2.85880900
H                  1.37850200   -2.39635900   -3.82298500
H                  2.23028500   -3.07982400   -2.72620200
H                  1.76686500    2.93900300    3.07714700
O                  1.30873100    3.50425300    2.42931400
H                  1.29127900    4.38703300    2.82739800
H                 -3.57913000   -2.99368000    3.10488700
O                 -3.19191300   -3.43179100    2.32402800
H                 -3.49579700   -4.35843600    2.36009900
H                 -3.74970300    4.14399200   -2.39686100
O                 -3.37163200    3.24457700   -2.38790500
H                 -3.70739800    2.80653900   -3.19217500
H                  1.13729300   -2.50776600    3.96511600
O                  1.34790400   -2.51747900    3.01600500
H                  2.05901800   -3.16474900    2.91718000
C                  3.51891500    1.38712900    0.06866000
C                  2.88305300    0.13146200    0.02761000
C                  3.67786600   -1.04060800   -0.00328600
C                  5.07370000   -0.92742400    0.00523800
C                  5.67361900    0.32283200    0.04652200
C                  4.89856300    1.49034500    0.07906700
H                  2.89601700    2.27211700    0.09657600
H                  5.66724200   -1.83640200   -0.02102600
H                  6.75728200    0.39195800    0.05315400
H                  5.37471000    2.46402300    0.11264800
O                  3.15507200   -2.29215200   -0.04706500
H                  2.18070200   -2.20506700   -0.04465900
C                  1.40393600    0.07558800    0.01623900
O                  0.83876800   -1.08190700    0.00305700
O                  0.73479100    1.15066800    0.00937900

1 9 1.0 11 1.0 12 1.0
2 9 1.0 13 1.0 14 1.0
3 9 1.0 15 1.0 16 1.0
4 9 1.0 10 1.0 23 1.0
5 9 1.0 10 1.0 24 1.0
6 10 1.0 21 1.0 22 1.0
7 10 1.0 19 1.0 20 1.0
8 10 1.0 17 1.0 18 1.0
9 62 1.0
10 63 1.0
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25 26 1.0 27 1.0
26
27
28 29 1.0
29 30 1.0
30
31 32 1.0
32 33 1.0
33
34 35 1.0 36 1.0
35
36
37 38 1.0
38 39 1.0
39
40 41 1.0
41 42 1.0
42
43 44 1.0
44 45 1.0
45
46 47 1.0
47 48 1.0
48
49 50 1.5 54 2.0 55 1.0
50 51 1.5 61 1.0
51 52 1.5 59 1.0
52 53 1.5 56 1.0
53 54 1.5 57 1.0
54 58 1.0
55
56
57
58
59 60 1.0
60
61 62 1.5 63 2.0
62
63

radii=uaks
RMin=0.5
OFac=0.8

求大神解答，问题可能比较白痴。。在线等~谢谢~
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1楼 2013-04-26 11:36:31
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
csgt0: 金币+1, 谢谢 2013-04-26 15:59:00
apple_777: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢~ 2013-04-26 17:28:05
core文件是引用内存出错导致的，删除了没关系
可能是相应节点tmp文件满了，你查看一下，删除即可
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-26 15:12:50
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apple_777

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-04-26 15:12:50
core文件是引用内存出错导致的，删除了没关系
可能是相应节点tmp文件满了，你查看一下，删除即可

再请问下相应节点的tmp文件在哪怎么查看呢？网上找了没找到，师姐也不知道~谢谢~
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-26 20:33:23
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by apple_777 at 2013-04-26 20:33:23
再请问下相应节点的tmp文件在哪怎么查看呢？网上找了没找到，师姐也不知道~谢谢~...

ssh 到相应节点 cd /tmp下
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4楼2013-04-27 08:21:46
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