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emanlee

木虫 (小有名气)

[求助] fastq format 格式代表什么意思

我查阅了RNA-Seq fastq format 格式的文章(包括Wiki),都没有介绍以下第一行中的这种格式的文献,
请问,其中的第一行中的1代表什么意思(以下从NCBI sra下载)?

@SRR064346.723 612W1AAXX_4:1:1348:3264 length=76
GCAAGATGTACACGAGCGACAAGCTGCACTGTGAACCCGGGCACTCCGTGCCGTCGCCACCGGCCCGCG
GGTCTCT
+SRR064346.723 612W1AAXX_4:1:1348:3264 length=76
BBB>BBBBABB@BBAB>@?B<@@@>BB9BB;;?B@B>>@BBB9BBB<@BB@BA@BB?BB;>B@B>@A
3*1;7;B
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1, 感谢参与 2013-04-20 08:35:17
感觉612W1AAXX_4的4应该单独看的,属于flowcell lane,1是number within flowcell lane,参看http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format,或者你少给了一个位置
4楼2013-04-19 07:48:23
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1, 谢谢参与 2013-04-20 08:47:33
emanlee: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-21 15:37:30
引用回帖:
5楼: Originally posted by emanlee at 2013-04-19 15:06:29
没有少给位置。这是从数据中复制过来的。Wiki中介绍了NCBI SRA的数据格式,但是和我下载的确实不一样。
我从NCBI SRA下载数据,然后用fastq-dump转换了格式,从sra转为fastq。

那去看看fastq-dump的文档吧,如果还是没有的话,那就是要把4也单独看,因为可能程序会用_来作为一个分隔符,把设备和flowcell的信息分开
6楼2013-04-20 08:27:54
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普通回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与,说得有道理,但是没有针对问题回答 2013-04-19 07:49:29
标粗的地方么?应该是该reads的名称,你也提到这是从SRA下的数据了,一般都是高通量测序的raw reads。
这种reads名称一般都是测序的时候机器自动命名的,比如按照磁珠的坐标值什么的。没啥意义,不需要额外关注。
2楼2013-04-18 15:31:20
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emanlee

木虫 (小有名气)

我从网络上查到好几种fastq文件的格式的介绍,但是没有一种和上面帖子的一模一样的,尤其是
@SRR064346.723 612W1AAXX_4:1:1348:3264 length=76
中的1表示的含义。

SRR064346 数据集编号
.723  read序号
612W1AAXX_4: 设备
1:   ????
1348: x坐标
3264 y坐标
length=76 长度
3楼2013-04-18 22:31:37
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emanlee

木虫 (小有名气)

wizardfan: 以后这种信息请在开始就给出 2013-04-20 08:28:32
没有少给位置。这是从数据中复制过来的。Wiki中介绍了NCBI SRA的数据格式,但是和我下载的确实不一样。
我从NCBI SRA下载数据,然后用fastq-dump转换了格式,从sra转为fastq。
5楼2013-04-19 15:06:29
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