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关于静电势的一些设想，大家集思广益
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看了sobereva大神关于静电势的文章，又唤醒了我以前的一个设想，分析分子表面的静电分布来预测反应活性位点，从而帮助分子合成和副反应的研究，曾经初学高斯，结果算的电荷分布和理论上差距挺大（苯酚），于是就暂时放弃了，用了很多非量化的软件，如ds，sybyl，那电荷算的一看就放弃了。现在研究中又有个设想，药物分子的活性在满足空间的条件下，主要与氢键有关，进一步与形成氢键上的原子的静电势有关。不知道能否通过较准确的计算来验证设想，请各位指导一下。 还有一个问题，共价键是如何形成的呢？书上都说是碰撞形成的，举个例子:一个含羰基的小分子（比如说是醛）如何与氨基酸的羟基形成共价键而不仅仅是氢键。假设先有静电相互作用，形成距离在3埃左右的氢键，如何才能进一步形成共价键?也就是说一个实验得到的共价结合的复合物分子（比如说形成半缩醛），如何能通过计算说明它能形成共价键而不仅仅是依靠其它的氢键作用. [ Last edited by liaibo on 2013-4-15 at 02:01 ] |
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【答案】应助回帖
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算电荷，推荐李家波（DS的工程师）开发的改进CM1方法。快速有效。 或者AMBER里的RESP方法，准确还原静电势。 华师大季长歌副教授也开发了一套电荷，欢迎使用。 Developing polarized protein-specific charges for protein dynamics: MD free energy calculation of pKa shifts for Asp26/Asp20 in thioredoxin. Biophysical Journal 08/2008; 95(3):1080-8. DOI:10.1529/biophysj.108.131110 |
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