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怎么判断QTL中增效基因（加性效应）是来自父本还是母本？急急急 已有2人参与
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| 怎么判断QTL中增效基因（加性效应）是来自父本还是母本？急急急 |
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latchkeyboy
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3楼2018-08-27 09:01:32
latchkeyboy
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【答案】应助回帖
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我用QTL IciMapping软件定位的QTL能看到每一个QTL的Add值，即加性效应，若值为正数，则表示增效基因来自母本，反之来自父本。 参考文献 55. 吕品 等. 向日葵高密度遗传连锁图谱构建及两种水分条件下芽期性状的 QTL分析. 作物学报, 2017. 43(1): 19-30. 56. Zhang, Z. 等. Construction of a high-density genetic map by specific locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to quantitative trait loci (QTL) analysis for boll weight in upland cotton (Gossypium hirsutum.). Bmc Plant Biology, 2016. 16(1): 79. |
2楼2018-02-08 20:18:14
SONGGAYY
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【答案】应助回帖
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确定每个QTL上有利等位基因的来源是把作图结果应用于分子育种的前提[15]。假设一个QTL上有两个等位基因Q或q，分别代表两个亲本中的等位基因，这样就有3种可能的基因型：QQ、Qq和qq。我们用 表示P1（QQ）的平均表现， 表示P2（qq）的平均表现， 表示F1（Qq）的平均表现，并且qq代表较小的亲本基因型，QQ表示较大的亲本基因型。m表示中亲值，即两个亲本的平均值，记为 。亲本离中亲值的距离为a，或者说 ，即a为大值亲本（QQ）与小值亲本（qq）之差的一半，是正值。F1离中亲值m的离差为d，其值可正可负（图5）。亲本与中亲值之差a称为加性效应，F1与中亲值之差d称为显性效应，这就是经典数量遗传中的加显性遗传模型[3]。Q对q并不一定具有显性，只表示取较大值或有较大的效应，所以可以是无显性，可以是部分显性，也可以是完全显性或超显性[3]。 QTL作图中常用2、1和0分别表示3种标记或QTL的基因型，以亲本Harrington和TR306衍生的大麦DH群体[4,8,16]为例。亲本Harrington和TR306的平均粒重分别为38.7 mg和45.0 mg，QTL作图时分别用2表示Harrington的标记型、0表示TR306的标记型。因此如果加性效应为正，说明Harrington携带的等位基因起到增加粒重的作用，TR306携带的等位基因则起到降低粒重的作用；如果某个QTL加性效应为负值，说明Harrington携带的等位基因起到降低粒重的作用，TR306携带的等位基因则起到增加粒重的作用。从表5的结果来看，9个被检测到的控制粒重的QTL中有6个具有负的加性效应，说明这6个QTL上提高粒重的等位基因来源于粒重较高的亲本TR306，但亲本Harrington在qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2这3个QTL上携带着提高粒重的等位基因，这些基因解释了群体中的超亲分离现象。育种中高粒重一般来说是理想性状，因此在利用粒重QTL作图结果开展单标记或区间标记辅助选择时，对qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2应该选择亲本Harrington的标记类型，其他QTL应该选择亲本TR306的标记类型，这样才能选择到所有增加粒重的等位基因。 引自确定每个QTL上有利等位基因的来源是把作图结果应用于分子育种的前提[15]。假设一个QTL上有两个等位基因Q或q，分别代表两个亲本中的等位基因，这样就有3种可能的基因型：QQ、Qq和qq。我们用 表示P1（QQ）的平均表现， 表示P2（qq）的平均表现， 表示F1（Qq）的平均表现，并且qq代表较小的亲本基因型，QQ表示较大的亲本基因型。m表示中亲值，即两个亲本的平均值，记为 。亲本离中亲值的距离为a，或者说 ，即a为大值亲本（QQ）与小值亲本（qq）之差的一半，是正值。F1离中亲值m的离差为d，其值可正可负（图5）。亲本与中亲值之差a称为加性效应，F1与中亲值之差d称为显性效应，这就是经典数量遗传中的加显性遗传模型[3]。Q对q并不一定具有显性，只表示取较大值或有较大的效应，所以可以是无显性，可以是部分显性，也可以是完全显性或超显性[3]。 QTL作图中常用2、1和0分别表示3种标记或QTL的基因型，以亲本Harrington和TR306衍生的大麦DH群体[4,8,16]为例。亲本Harrington和TR306的平均粒重分别为38.7 mg和45.0 mg，QTL作图时分别用2表示Harrington的标记型、0表示TR306的标记型。因此如果加性效应为正，说明Harrington携带的等位基因起到增加粒重的作用，TR306携带的等位基因则起到降低粒重的作用；如果某个QTL加性效应为负值，说明Harrington携带的等位基因起到降低粒重的作用，TR306携带的等位基因则起到增加粒重的作用。从表5的结果来看，9个被检测到的控制粒重的QTL中有6个具有负的加性效应，说明这6个QTL上提高粒重的等位基因来源于粒重较高的亲本TR306，但亲本Harrington在qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2这3个QTL上携带着提高粒重的等位基因，这些基因解释了群体中的超亲分离现象。育种中高粒重一般来说是理想性状，因此在利用粒重QTL作图结果开展单标记或区间标记辅助选择时，对qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2应该选择亲本Harrington的标记类型，其他QTL应该选择亲本TR306的标记类型，这样才能选择到所有增加粒重的等位基因。 引自:数量性状基因定位研究中若干常见问题的分析与解答 李慧慧 张鲁燕 王建康* |
4楼2019-08-12 10:48:38
