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phon处理脚本报错求助
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vasp计算完gamma点振动频率之后，用phon提供的脚本提取力常数，报错如下： ./phon2vasp.sh: line 17: syntax error near unexpected token `" 1 0.00477204 -0.00477204 0.00477204 "' ./phon2vasp: line 17: ` " 1 0.00477204 -0.00477204 0.00477204 " \' 这是怎么回事啊？多谢！ phon提供的vasp接口文件内容如下 then # here the call to VASP ~/bin/vasp mv OUTCAR OUTCAR.$j fi # # use awk to extract forces # echo $i >DYNMAT.$j awk ' /total drift:/ { start=0} !/----------/ { if ( start ==1) { printf "%14.8f %14.8f %14.8f\n",$4,$5,$6 }} /TOTAL-FORCE/ { start = 1} ' done # restore POSCAR file mv POSCAR.phon POSCAR echo $j > FORCES i=1 while test $i -le $j do cat DYNMAT.$i >> FORCES i=`expr $i + 1` done ………… ………… @gavinliu7390 |
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这个脚本需要修改一下，具体要把前面部分修改，下面是我的修改， if test -f POSCAR.phon then echo "POSCAR.phon exist remove before starting batchfile" exit 1 fi cp POSCAR POSCAR.phon # # loop over all exited ions # j=0 # here put the content of the DISP file declare -a arr='( \ " 1 0.00099602 0.00000000 0.00000000 "\ " 1 0.00000000 0.00000000 0.00099602 "\ # " 17 0.00099602 0.00000000 0.00000000 "\ # " 17 0.00000000 0.00099602 0.00000000 "\ # " 17 0.00000000 0.00000000 0.00099602 "\ # " 49 0.00099602 0.00000000 0.00000000 "\ # " 49 0.00000000 0.00000000 0.00099602 "\ # " 65 0.00099602 0.00000000 0.00000000 "\ # " 65 0.00000000 0.00000000 0.00099602 "  'n=0 x=0 while [ $x -le $n ]; do i=${arr[$x]} x=`expr $x + 1` j=`expr $j + 1` echo "run number $j" # # use awk to displace atoms (somewhat tricky) # awk ' /SUBSIT/ { npos = $2 ; x=$3; y=$4 ; z=$5; } !/SUBSIT/ { line=line+1 if (line-7 == npos) { printf "%12.9f %12.9f %12.9f\n", $1+x, $2+y, $3+z } else if (line > 7) { printf "%12.9f %12.9f %12.9f\n", $1, $2, $3 } else } ' >POSCAR <<! SUBSIT $i |
2楼2015-05-15 10:56:44