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pphao777

银虫 (初入文坛)

[求助] 如何知道肽链两端氨基酸的距离

我想让公司合成一段20个氨基酸的多肽,并在肽段两端的氨基酸上分别标记荧光集团和淬灭集团。这两个荧光集团是不能相隔太远的,因此,如何知道这个肽段在空间可能形成的结构以及这个肽段两端氨基酸(Y,K)之间的距离,如果不能形成空间构象,那么这段肽链在拉直情况下两端氨基酸(Y,K)的距离是多少?多肽序列是YPLPRNITEGEARGNVILTAK

[ Last edited by pphao777 on 2007-9-12 at 09:26 ]
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windfall_0304

金虫 (小有名气)

受伤了,失落中

★
pphao777(金币+1,VIP+0):没有找到软件,还不会用。谢谢
建立模型,进行计算。。软件是hyberchem。
走过,请留下脚印,让我能踏着你的足迹前进。
2楼2007-09-12 12:36:47
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leonumn

铁杆木虫 (著名写手)

★
pphao777(金币+1,VIP+0):咋越看越像你再做广告呢,谢谢了!
小肽分子很难形成优势构象, 因此很难测定首尾距离; FRET ASSAY中两荧光基团的距离一般以相隔40个原子的距离是比较理想的距离.  你的序列是可以的, 我们公司经常做此类多肽的合成与标记.
3楼2007-09-12 15:04:52
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