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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请问DSSP文件应该怎样打开
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)

[求助] 请问DSSP文件应该怎样打开

请教各位前辈

现在我从PDB上下载了一个.pdb的文件并已经将其转换成为了.dssp文件

现在的问题是，这个.dssp文件应该使用什么软件打开呢？应该如何对其进行分析？

我想能直接看到二级结构图，请问又应该怎样操作呢？

将pdb转换为dssp使用的程序是 dssp-2.0.4-win32.exe

新手有点晕，希望大神指点一二，谢谢

http://jj.muchong.com/image1/e7/5a/2172237_1365006556_277.png

QQ截图20130404001007.png

http://jj.muchong.com/image1/8f/a1/2172237_1365007213_658.png

QQ截图20130404001732.png

[ Last edited by 锅盖饼 on 2013-4-4 at 00:23 ]
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1楼 2013-04-04 00:12:20
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/proteinAnal/dsspUpload.jsp
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2楼2013-04-04 08:02:25
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-04 08:02:25
http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/proteinAnal/dsspUpload.jsp

谢谢版主~我最想要的是那种很大的二级结构的图，要能直观地看到二级结构的情况，请问可以做到么？
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3楼2013-04-04 09:09:00
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-04 08:02:25
http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/proteinAnal/dsspUpload.jsp

请问前辈，ESPript只能在线使用么？这程序怎么用额。。。
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4楼2013-04-04 09:30:52
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-04 08:02:25
http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/proteinAnal/dsspUpload.jsp

http://jj.muchong.com/image1/74/47/2172237_1365046135_435.jpg

前辈，请问二级结构是不是这个？我是将dssp文件用ESPript处理后得到的

0-0-1365041831-esp.600.jpg
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5楼2013-04-04 11:12:25
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
锅盖饼: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2013-04-04 18:59:26
引用回帖:
5楼: Originally posted by 锅盖饼 at 2013-04-04 11:12:25
http://jj.muchong.com/image1/74/47/2172237_1365046135_435.jpg

前辈，请问二级结构是不是这个？我是将dssp文件用ESPript处理后得到的

0-0-1365041831-esp.600.jpg
...

是，esprint的确是另外一个软件，有本地版。但是一般都是在线的好用，不用安装。
二级结构指什么你应该知道的，alpha helix和beta sheet都给你标出来啦。比如一共有3个alpha helix和7个beta sheet。
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6楼2013-04-04 17:48:38
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-04 17:48:38
是，esprint的确是另外一个软件，有本地版。但是一般都是在线的好用，不用安装。
二级结构指什么你应该知道的，alpha helix和beta sheet都给你标出来啦。比如一共有3个alpha helix和7个beta sheet。...

谢谢啦，二级结构我知道是知道，只是感觉这结果看起来好山寨的样子咕~~(╯﹏╰)b

请问下还有什么软件有更强大的功能呢？刚开始入门学生物好多东西都不会。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2013-04-04 18:58:38
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-04 17:48:38
是，esprint的确是另外一个软件，有本地版。但是一般都是在线的好用，不用安装。
二级结构指什么你应该知道的，alpha helix和beta sheet都给你标出来啦。比如一共有3个alpha helix和7个beta sheet。...

对了，请问绿色的那些数字是什么意思呢？
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8楼2013-04-04 19:03:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
8楼: Originally posted by 锅盖饼 at 2013-04-04 19:03:59
对了，请问绿色的那些数字是什么意思呢？...

不肯定，只是猜测：
标记的都是C，cysteine，能有二硫键的地方
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9楼2013-04-04 19:07:54
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锅盖饼

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-04 19:07:54
不肯定，只是猜测：
标记的都是C，cysteine，能有二硫键的地方...

嗯，谢谢~\\(≧▽≦)/~啦啦啦

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2013-04-04 19:23:49
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