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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 如何拟合morse potential的参数?
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tandz

木虫 (正式写手)

[求助] 如何拟合morse potential的参数?

结合能E与距离r 已知. 请教各位，如何写个script拟合morse potential E(r) = D*(1-exp(a*(r-rm))^2的参数 D, a, rm呢? 本人几乎没有编程水平，请大家帮忙，非常感谢！
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1楼 2013-04-03 10:04:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
tandz: 金币+50, ★★★很有帮助, 太感谢了！ 2013-04-04 17:03:15
tandz: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-04-06 17:18:56
csgt0: 金币+2, 谢谢 2013-04-07 15:11:49
MATLAB代码可以吗？
假如已经获得了一组r，E的数据：
r：1 2 3 9
E：1 5 8 18
MATLAB程序如下，结果见附图1。
function feixianxingnihe
clear all;clc
format long

tspan=[1 2 3 9];    %r的数据，在此输入
xexp=[1 5 8 18];    %E的数据，在此输入

k0=[1 1 1];
lb=-[1 1 1]*1e5;
ub=[1 1 1]*1e5;


%-------------------------------------------------------------------------

% 使用函数lsqnonlin()进行参数估计

OPTIONS=optimset('MaxFunEvals',1000);
[k,resnorm,residual,exitflag,output,lambda,jacobian] = ...
    lsqnonlin(@ObjFunc,k0,lb,ub,OPTIONS,tspan,xexp);

ci = nlparci(k,residual,jacobian);
%residual;
fprintf('\n\n使用函数lsqnonlin()估计得到的参数值为:\n')
fprintf('\n\t参数 D = %.16f',k(1))
fprintf('\n\t参数 a = %.16f',k(2))
fprintf('\n\t参数rm = %.16f',k(3))
y=KineticsEqs(tspan,k);
R2=1-sum((xexp-y).^2)./sum((xexp-mean(y)).^2);
fprintf('\n\t相关系数之平方R^2 = %.16f',R2);
figure
plot(tspan,KineticsEqs(tspan,k),'b',tspan,xexp,'or'),legend('计算值','实验值','Location','Best')


%-------------------------------------------------------------------------

function f = ObjFunc(k,tspan,xexp)
f=KineticsEqs(tspan,k)-xexp;

%------------------------------------------------------------------------
function xt = KineticsEqs(t,k)
xt=k(1)*(1-exp(k(2).*(t-k(3)))).^2;

做方程拟合，1stopt代码简单易懂，1stopt代码如下：
Parameters D,a,rm;
Variable r,E;
Function E=D*(1-exp(a*(r-rm)))^2;
Data;
1 1
2 5
3 8
9 18
计算结果见附图2。   
可以看到两种方法计算结果相当接近。

附图1.jpg



附图2.jpg
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2013-04-04 16:27:04
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普通回帖

dingd

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tandz: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-03 10:25:47
找个1stOpt，两分钟就能搞定。
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2楼2013-04-03 10:15:16
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tandz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dingd at 2013-04-03 10:15:16
找个1stOpt，两分钟就能搞定。

老板非要我写script, 没有办法啊
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3楼2013-04-03 10:25:28
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tandz

木虫 (正式写手)
自己顶，求助大家
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4楼2013-04-03 19:21:49
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tandz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-04-04 16:27:04
MATLAB代码可以吗？
假如已经获得了一组r，E的数据：
r：1 2 3 9
E：1 5 8 18
MATLAB程序如下，结果见附图1。
function feixianxingnihe
clear all;clc
format long

tspan=;    %r的数据，在此输入
xexp ...

太感谢了!没学过MATLAB，我先试试。看起来效果非常好！
我学过一点点FORTRAN和C语言，不过现在都忘了，呵呵
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6楼2013-04-04 17:06:25
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tandz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-04-04 16:27:04
MATLAB代码可以吗？
假如已经获得了一组r，E的数据：
r：1 2 3 9
E：1 5 8 18
MATLAB程序如下，结果见附图1。
function feixianxingnihe
clear all;clc
format long

tspan=;    %r的数据，在此输入
xexp ...

为什么我不能运行MATLAB程序呢，有几个错误
??? Error using ==> optim\private\lsqncommon
User supplied function failed with the following error:

Error using ==> feval
Undefined command/function 'ObjFunc'.

Error in ==> lsqnonlin at 147
[x,Resnorm,FVAL,EXITFLAG,OUTPUT,LAMBDA,JACOB] = ...
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7楼2013-04-06 16:06:21
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by tandz at 2013-04-06 16:06:21
为什么我不能运行MATLAB程序呢，有几个错误
??? Error using ==> optim\private\lsqncommon
User supplied function failed with the following error:

Error using ==> feval
Undefined command/func ...

file-new-m文件或者function新建一个m文件，上述代码复制进m文件中，F5运行。我刚又测试过，可以运行。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tandz
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
8楼2013-04-06 18:08:39
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tandz

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-04-06 18:08:39
file-new-m文件或者function新建一个m文件，上述代码复制进m文件中，F5运行。我刚又测试过，可以运行。...

运行了！谢谢帮助！
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9楼2013-04-07 09:58:22
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ytudou

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-04-04 16:27:04
MATLAB代码可以吗？
假如已经获得了一组r，E的数据：
r：1 2 3 9
E：1 5 8 18
MATLAB程序如下，结果见附图1。
function feixianxingnihe
clear all;clc
format long

tspan=;    %r的数据，在此输入
xexp ...

大神，你看他这个势函数形式没问题吗？morse势不是形如u=D{exp(-2α(r-ro))-2exp(-α(r-ro))}的样子吗？还是说我写出来的这个可以通过变形变成那个？请赐教
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要给力啊，MS~LAMMPS~
10楼2013-10-11 14:37:54
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