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求帮助，统计多元环筛选程序算法
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已有的条件： 知道每个原子的分数坐标和整个晶胞的晶格参数，可根据此条件得到每个原子周围成键的最近邻的原子序号。 需要得到的数据： 统计三元环，四元环，等多元环的数量。 要求： 多元环不可再分为更小的环。 现在行进的具体情况： 我的整体思路是： 1、首先记录下所有的原子最近邻的原子序号。考虑到晶胞边界，选用27个镜像来判断，原子距离在键长（Cutoff）范围内的记录为最近邻，存在数组c中。 图1是我的晶胞，图2是加上一个镜像的示意图，程序中是加上前后上下左右等27个镜像。 2、此时数组c中的得到的是如图3结果： 第一列是原子序号，后面的是最近邻的原子序号，没有的记为0。 下来根据树状图4开始选头尾一致的“环”记录在数组string中，以七元环为例，string[0]为开关，为后面筛选做准备。满足起始原子—最近邻x—x的最近邻y。。。。。—n最近邻z，当z与起始原子序号相同时，将全部序号记录在string[1]-string[8]中，其中必须满足string[1]！=string[2]！= 。。。。。！=string[8]。 3、将大环中的小环删选出去：即排除图5情况 4、现在最大的问题在于镜像的影响出现在如图6： 也就是说由于镜像的干扰导致所统计的“环”有些是不封口的。 目前采取的措施是将所有string数组中的原子间距再统计一遍，限定原子间距小于键长。但就有很多新的问题：比如有的过边界（即原始晶胞中原子与原子距离是超过键长的）但满足“环”的定义（如图7）。而且过边界奇数次或偶数次不能当判定依据，如下图的四元环中，过边界奇数次，但他是个满足要求的“环”。 所以现在的问题就是找不到筛选方法来判断得到的“环”是封口的还是不封口的。 以上是我的全部思路和问题所在，如果这样不好解决的话，重新找一个满足条件的算法也可以。  1.png  2.png  3.png  4.png  5.png  6.png  7.png |
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