| 查看: 2655 | 回复: 10 | |||
[交流]
稀有密码子
|
|||
|
稀有密码子（转载） 遗传密码有64种，但是绝大多数生物倾向于利用这些密码子中的一部分。那些被最频繁利用的称为最佳密码子(optimal codons)，那些不被经常利用的称为稀有或利用率低的密码子(rare or low-usage codons)。实际上用做蛋白表达或生产的每种生物（包括大肠杆菌，酵母，哺乳动物细胞，Pichia，植物细胞和昆虫细胞）都表现出某种程度的密码子利用的差异或偏爱。大肠杆菌、酵母、果蝇、灵长类等每种生物都有独特的8个密码子极少被利用。有趣的是，灵长类和酵母有6个同样的利用率低的密码子。大肠杆菌、酵母和果蝇中编码丰度高的蛋白质的基因明显避免低利用率的密码子。因此，重组蛋白的表达可能受密码子利用的影响（尤其在异源表达系统中）的事实并不很奇怪。你的基因利用的密码子可能不是你正在利用的蛋白生产系统进行高水平表达所偏爱的密码子，这种情况是可能的。利用偏爱密码子(preferred codons)并避免利用率低的或稀有的密码子可以合成基因，基因的这种重新设计叫密码子最佳化。 在同源表达系统中，同较低水平表达的基因相比，较高表达的基因可能有很不同的密码子偏爱。通过对密码子利用的归类分析，人们可以真正预测任何基因在酵母中的表达水平。在诸如Zea mays的其他生物中，大量高表达基因强烈偏爱以G或C结尾的密码子。而且，在Dictyostelium中，同低水平表达的基因比较，高表达基因有较大数目的偏爱密码子。 在大肠杆菌中表达哺乳动物基因是不可预测和具有挑战的。例如直到最近才实现了人血红蛋白的过表达。为了达到血红蛋白的好的表达水平，Alpha-球蛋白 cDNA不得不用大肠杆菌偏爱的密码子进行重新合成。在异源宿主中实现象血红蛋白这样复杂的蛋白质的过表达可能需要最佳化密码子，这些研究者为此提供了令人信服的资料。成簇的低利用率的密码子抑制了核糖体的运动，这是基因不能以合适水平表达的一个明显机制。核糖体翻译由九个密码子组成的信使（含几个低利用率密码子或全部为低利用率密码子）时的运动速度要比翻译不含低利用率密码子的同样长的信使的速度慢。即使低利用率密码子簇位于3'端，信使最后也会被核糖体”拥挤”而损害，核糖体又回到5'端。3'端低利用率密码子簇的抑制效应可以和全部信使都由低利用率密码子组成的抑制效应一样大。如果低利用率密码子簇位于5'端，其效应是起始核糖体数目的全面减少，导致蛋白合成中信使的低效率。散在分布的稀有密码子对翻译的效应还未很好地研究，但是有证据表明这种情况的确对翻译效率有负面效应。 其他因素也可以影响蛋白表达，包括使mRNA去稳定的序列。重新设计合成基因可以去除或改变这些序列，导致高水平表达。消除稀有密码子、去除任何去稳定序列和利用最佳密码子的基因的重新设计都可能增加蛋白产量，使的蛋白生产更有效和经济。 不同物种有不同的密码子偏爱性，如果外源蛋白中含大量大肠杆菌的稀有密码子，特别当这些稀有密码子呈连续分布的时候，就会造成蛋白表达量极低，或者翻译提前终止。Rosetta™是为了表达真核蛋白而特别设计的，它含有大肠杆菌稀有的密码子tRNA，包括 AUA，AGG，AGA，CUA，CCC和GGA。它们以氯霉素抗性的质粒形式存在。Rosetta系列是来自BL21lacY1，所以它具有 BL21lacY1的所有特性。 |
回复此楼» 猜你喜欢
感觉是下周放榜了
已经有10人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有4人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有85人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有10人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有4人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有15人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有9人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
为所有小白祈福
+1/524
-
2026年财务管理、经济与信息技术国际会议 (FMEIT 2026)
+1/519
-
期待你的到来
+1/308
-
发个小问卷！并且祈福！基金必中中中！!
+4/270
-
西安交大马伟/王亚洲课题组诚聘联培博士和硕士学生多名-有机生物电子学方向
+1/91
-
上海同城
+1/54
-
北京信息科技大学机电工程学院硕士研究生招生线上宣讲会——8月16日
+1/22
-
埃克塞特大学商学院管理科学/运筹/数据科学方向Dr Fanlin Meng课题组招收2027秋博士
+1/14
-
中科院赣江创新院（稀土生物分离方向）李庭刚研究员团队招聘博士后/特别研究助理
+1/5
-
27推免-广州医科大学封红亮教授招收精神医学应用心理学推免生
+1/5
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/5
-
中国科学院生态环境研究中心环境工程相关方向招收保送硕士和联合培养博士和硕士研究生
+1/4
-
北京理工大学-集成电路与电子学院杰青团队-招博士后
+1/4
-
河海大学海洋环境污染与生态毒理学研究组招收2027级硕士生 及博士研究生
+1/3
-
中国科学院生物物理研究所田勇课题组招聘联合培养生
+1/3
-
南京医科大学-冯璋课题组-招收2027级生化与分子生物学专业博士和硕士研究生
+1/3
-
华南理工，博士后
+1/2
-
中科院理化所热声热机团队招聘电气工程专业(电机方向)博士后/特别研究助理
+1/1
-
国家级人才团队诚聘生物信息相关专业的科研助理
+1/1
-
生物力学科研设备推荐
+1/1
3楼2013-03-18 18:57:57
2楼2013-03-18 18:53:54
4楼2013-03-18 19:12:53
9楼2014-06-10 15:11:42
★
dodou(金币+1): 谢谢参与
dodou(金币+1): 谢谢参与
|
本帖内容被屏蔽 |
10楼2018-07-31 09:18:33
11楼2019-08-02 17:37:31
简单回复
失落的豇豆5楼
2013-03-18 20:15
回复
dodou(金币+1): 谢谢参与
haixiawu6楼
2013-03-19 08:56
回复
dodou(金币+1): 谢谢参与
sgx7047楼
2013-03-19 16:58
回复
dodou(金币+1): 谢谢参与
祝福
2013-03-20 09:10
回复
dodou(金币+1): 谢谢参与
