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xiaoqiu007

新虫 (小有名气)

[求助] Problem - nscf - c_bands: eigenvalues not converged

采用pwscf计算费米面时,前面若干步顺利通过,但在band_FS.x步骤时报错

./bands_FS.x < Bands_NSP.out >bands_fs.out
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 5, file stdin
Image              PC        Routine            Line        Source
bands_FS.x         0809DB77  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         0809D197  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         08071A96  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         08050B4C  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         080507E7  Unknown               Unknown  Unknown
bands_FS.x         08061C93  Unknown               Unknown  Unknown

请高手赐教。【真不希望该问题无解】

附1
类似的问题还出现在:
http://qe-forge.org/pipermail/pw_forum/2011-October/096758.html
http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/2010-July/017605.html
以及小木虫上
http://muchong.com/html/201207/4667669.html

附件2:band_FS.x程序需要的input_FS如下:
3  7
    9.0728
Sc
16 16  8
  1.000000  0.577350  0.000000
  0.000000  1.154701  0.000000
  0.000000  0.000000  0.628094

附3:非自洽计算所用的输入和输出结果文件如下:

3. 设定nbnd=16
输入文件
&control
   calculation='nscf',
   prefix='Sc'
   pseudo_dir = '/home/users/spclibtt/home/yexq/shanghai-opt/pw-work/pseudo/',
   outdir='/home/users/spclibtt/home/yexq/shanghai-opt/pw-work/environment/tmp/'
/
&system
   ibrav = 0,
   nat=  2,
   ntyp= 1,
   ecutwfc = 90,
   ecutrho = 400.00,
   nbnd=16
/
&electrons
   diagonalization='cg'
   mixing_beta = 0.7
   conv_thr =  1.0d-10
/
#&CELL
#cell_dynamics= 'damp-pr'
# press=0
#/

ATOMIC_SPECIES
Sc    44.9559    Sc.pbe-nsp-van.UPF

CELL_PARAMETERS {bohr}
6.254820382  0.00000000  0.00000000
-3.127410191  5.41683334  0.00000000
0.000000000  0.00000000  9.958412336

ATOMIC_POSITIONS {crystal}
Sc 0.3333333333333286 0.6666666666666714 0.2500000000000000
Sc 0.6666666666666714 0.3333333333333286 0.7500000000000000
K_POINTS
  2601
    0.000000    0.000000    0.000000  1.00
    0.000000    0.000000    0.078512  1.00
    0.000000    0.000000    0.157024  1.00
    0.000000    0.000000    0.235535  1.00
    0.000000    0.000000    0.314047  1.00
    0.000000    0.000000    0.392559  1.00
.....
输出文件


     Program PWSCF v.5.0.2 (svn rev. 9392) starts on 13Mar2013 at 11:17:57

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please cite
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/quote.php

     Parallel version (MPI), running on    16 processors
     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =      16

     Current dimensions of program PWSCF are:
     Max number of different atomic species (ntypx) = 10
     Max number of k-points (npk) =  40000
     Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
     Waiting for input...
     Reading input from standard input

     Atomic positions and unit cell read from directory:
     /home/users/spclibtt/home/yexq/shanghai-opt/pw-work/environment/tmp/Sc.save/


     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     a serial algorithm will be used


     Parallelization info
     --------------------
     sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW
     Min          66      59     22                 2846     2423     554
     Max          67      60     23                 2855     2438     561
     Sum        1069     955    361                45639    38911    8929



     bravais-lattice index     =            0
     lattice parameter (alat)  =       6.2548  a.u.
     unit-cell volume          =     337.4042 (a.u.)^3
     number of atoms/cell      =            2
     number of atomic types    =            1
     number of electrons       =        22.00
     number of Kohn-Sham states=           16
     kinetic-energy cutoff     =      90.0000  Ry
     charge density cutoff     =     400.0000  Ry  #应该用到900吗?
     Exchange-correlation      =  SLA  PW   PBE  PBE ( 1 4 3 4 0)
     EXX-fraction              =        0.00

     celldm(1)=   6.254820  celldm(2)=   0.000000  celldm(3)=   0.000000
     celldm(4)=   0.000000  celldm(5)=   0.000000  celldm(6)=   0.000000

     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
               a(1) = (   1.000000   0.000000   0.000000 )  
               a(2) = (  -0.500000   0.866025   0.000000 )  
               a(3) = (   0.000000   0.000000   1.592118 )  

     reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)
               b(1) = (  1.000000  0.577350  0.000000 )  
               b(2) = (  0.000000  1.154701  0.000000 )  
               b(3) = (  0.000000  0.000000  0.628094 )  


     PseudoPot. # 1 for Sc read from file:
     /home/users/spclibtt/home/yexq/shanghai-opt/pw-work/pseudo/Sc.pbe-nsp-van.UPF
     MD5 check sum: ff19847cdcb3487ca1f25e4b0e9f43ec
     Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval = 11.0
     Generated by new atomic code, or converted to UPF format
     Using radial grid of  849 points,  6 beta functions with:
                l(1) =   0
                l(2) =   0
                l(3) =   1
                l(4) =   1
                l(5) =   2
                l(6) =   2
     Q(r) pseudized with  6 coefficients,  rinner =    1.200   1.200   1.200
                                                       1.200   1.200

     atomic species   valence    mass     pseudopotential
        Sc            11.00    44.95590     Sc( 1.00)

     24 Sym. Ops., with inversion, found (12 have fractional translation)



   Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Sc  tau(   1) = (   0.0000000   0.5773503   0.3980295  )
         2           Sc  tau(   2) = (   0.5000000   0.2886751   1.1940885  )

     number of k points=  2601

     Number of k-points >= 100: set verbosity='high' to print them.

     Dense  grid:    45639 G-vectors     FFT dimensions: (  40,  40,  64)

     Smooth grid:    38911 G-vectors     FFT dimensions: (  40,  40,  64)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions         0.08 Mb     (    318,   16)
        NL pseudopotentials             0.17 Mb     (    318,   36)
        Each V/rho on FFT grid          0.10 Mb     (   6400)
        Each G-vector array             0.02 Mb     (   2855)
        G-vector shells                 0.01 Mb     (   1357)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Each subspace H/S matrix        0.00 Mb     (  16,  16)
        Each matrix      0.01 Mb     (     36,   16)

     The potential is recalculated from file :
     /home/users/spclibtt/home/yexq/shanghai-opt/pw-work/environment/tmp/Sc.save/charge-density.dat

     Starting wfc are   20 randomized atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is        1.3 secs

     per-process dynamical memory:    13.6 Mb

     Band Structure Calculation   #【启动了Band Structure Calculation ,但特征值不收敛】
     CG style diagonalization
     c_bands:  1 eigenvalues not converged  #这是什么错误
     c_bands:  1 eigenvalues not converged
     c_bands:  2 eigenvalues not converged
     c_bands:  3 eigenvalues not converged
  .........#【略去n个...eigenvalues not converged】
     c_bands:  2 eigenvalues not converged
     c_bands:  3 eigenvalues not converged
     c_bands:  2 eigenvalues not converged
     c_bands:  2 eigenvalues not converged
     c_bands:  1 eigenvalues not converged
     c_bands:  1 eigenvalues not converged

     ethr =  4.55E-13,  avg # of iterations = 57.3

     total cpu time spent up to now is     3955.9 secs

     End of band structure calculation

     Number of k-points >= 100: set verbosity='high' to print the bands.

     highest occupied, lowest unoccupied level (ev):     9.9643    8.6137

     Writing output data file Sc.save

     init_run     :      0.50s CPU      0.67s WALL (       1 calls)
     electrons    :   3824.17s CPU   3954.63s WALL (       1 calls)

     Called by init_run:
     wfcinit      :      0.00s CPU      0.00s WALL (       1 calls)
     potinit      :      0.11s CPU      0.11s WALL (       1 calls)

     Called by electrons:
     c_bands      :   3824.16s CPU   3954.62s WALL (       1 calls)
     v_of_rho     :      0.08s CPU      0.09s WALL (       1 calls)
     newd         :      0.04s CPU      0.04s WALL (       1 calls)

     Called by c_bands:
     init_us_2    :      1.08s CPU      1.03s WALL (    2601 calls)
     ccgdiagg     :   3501.84s CPU   3601.94s WALL (   12559 calls)
     wfcrot       :    317.80s CPU    319.55s WALL (   12559 calls)

     Called by *cgdiagg:
     h_psi        :   2831.31s CPU   2893.42s WALL ( 2168039 calls)
     s_psi        :    201.42s CPU    204.42s WALL ( 4323519 calls)
     cdiaghg      :      4.95s CPU      5.16s WALL (   12559 calls)

     Called by h_psi:
     add_vuspsi   :    115.68s CPU    118.56s WALL ( 2168039 calls)

     General routines
     calbec       :    507.36s CPU    523.06s WALL ( 4323519 calls)
     fft          :      0.08s CPU      0.09s WALL (      13 calls)
     ffts         :      0.00s CPU      0.00s WALL (       1 calls)
     fftw         :   2282.87s CPU   2296.81s WALL ( 4733656 calls)
     interpolate  :      0.00s CPU      0.00s WALL (       1 calls)
     davcio       :      0.14s CPU     10.04s WALL (    2601 calls)

     Parallel routines
     fft_scatter  :   1293.12s CPU   1310.33s WALL ( 4733670 calls)

     PWSCF        :     1h 3m CPU        1h 6m WALL


   This run was terminated on:  12:24:32  13Mar2013            

=------------------------------------------------------------------------------=
   JOB DONE.
=------------------------------------------------------------------------------=
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刘仕晨

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-13 15:32:32
参见http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/2007-November/007832.html
当然,费米面的问题我在那个贴子里也是无能为力的。。。

不好意思,插到楼主的帖子里问个问题,您好,昨天我的pwscf安装帖子您也帮助了很多,然后我还有几个问题,现在我在PC上跑的时候都是按照example在学习使用,但是里面的膺势都是人家选好的,我想知道我自己算的时候我该怎么选呢,我在网上找了下,人家都说要测试,要怎么测试呢,是不是从官网下了, 然后一个一个测试,算自洽测试么?还有,我怎么看这个膺势是LDA还是GGA呢,直接打开膺势文件看么?不好意思,我们组用的是VASP,现在导师突然让我学习pwscf,我是初学者,很多问题不懂,谢谢了
6楼2013-03-14 10:57:18
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刘仕晨

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-14 14:40:14
如何测赝势,可以参见castep的帖子,过程是一样的:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5153783

LDA还是GGA,参见此帖:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5464861&fpage=1...

您好,谢谢,也即是说测试赝势主要是看跑出来的结果和文献进行比对,相差不大即可;我昨天也找了下资料,总结了下,也就是说一般LDA包括PAW ,PZ ;GGA包括PBE、PW91、B88-P86、BLYP,然后不能混用,所有的元素要么都用PBE的,要么都用PW91的,对吧,是这样的吧?
11楼2013-03-15 14:56:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕晨

木虫 (正式写手)

楼主我跑了你的结果,不过很可惜,我所有都没有问题,当然部分参数和你设置的不一样,但是我在最后用xcrysden打开的时候却出现了问题,打不开,erro?
13楼2013-03-15 21:38:38
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刘仕晨

木虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-16 15:31:10
测试赝势主要指测试其收敛性:ecutrho、degauss、k mesh。后面有一点小错误,在这里纠正一下:
PAW是与模守恒和超软相提并论的,它既可能是LDA也可能是GGA。...

谢谢,我看VASP里我们的pot文件夹就是PAW,那个我学习pwscf第一个学习的也是画fermi surface,我可以画出Ni和Cu的,但是我在重复楼主的Sc的时候,用xcrysden画图的时候报错了,我现在有几个问题,1:nbnd=?到底怎么确定,看到有人回复为电子占据能带数的1.2倍以上,这个电子能带数又怎么知道,我是这样判断的,我打开自洽计算的out文件,在每一个K点下面都会有一些band的能量,我和fermi energy比较,最后相差太大的舍去,然后确定nbnd=多少;2,n_start=?n_last=?又是怎么确定,我还是看out文件,看fermi energy在那些能带附件,然后确定他们的值,不知道对不对,我这样判断;3,产生密集K点应该试差值法产生K点阿,为什么example里产生密集K点直接写16*16*16就可以了么,难道直接是把自洽计算里K的加大就可以了么,谢谢,问题有点多了,谢谢您的帮助!
17楼2013-03-16 16:32:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕晨

木虫 (正式写手)

我贴出我的计算文件:
自洽计算的输入文件Sc.scf.in:
&control
    calculation='scf'
    restart_mode='from_scratch',
    prefix='Sc',
    pseudo_dir = '/home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/',
    outdir='/home/liushichen/test/pwscf/Sc/tmp/'
/
&system
    ibrav=0,  nat=2, ntyp=1,
    ecutwfc = 90.0, ecutrho = 360.0,
    occupations='smearing',
    smearing='methfessel-paxton',
    degauss=0.02
/
&electrons
    conv_thr = 1.0e-10
    mixing_beta = 0.7
/
ATOMIC_SPECIES
Sc  44.9559  Sc.pbe-nsp-van.UPF
CELL_PARAMETERS {bohr}
6.254820382  0.00000000  0.00000000
-3.127410191  5.41683334  0.00000000
0.000000000  0.00000000  9.958412336
ATOMIC_POSITIONS
Sc 0.3333333333333286 0.6666666666666714 0.2500000000000000
Sc 0.6666666666666714 0.3333333333333286 0.7500000000000000
K_POINTS {automatic}
8 8 4 0 0 0
结果out文件Sc.scf.out:
  k = 0.5000-0.1443 0.3140 (  4850 PWs)   bands (ev):

   -40.4164 -40.1151 -20.1426 -19.6609 -19.0252 -18.6124 -18.3986 -18.1634
     7.2095   7.8539   8.8840   9.4878  10.0353  10.1131  11.4003

          k = 0.5000 0.0000 0.1570 (  4866 PWs)   bands (ev):

   -40.4904 -40.0394 -20.0570 -19.5507 -19.1466 -18.6097 -18.4595 -18.1934
     7.3593   7.9480   8.2176   9.2913   9.6094  10.2659  11.4677

     the Fermi energy is     8.7862 ev

!    total energy              =    -188.48683113 Ry
     Harris-Foulkes estimate   =    -188.48683113 Ry
     estimated scf accuracy    <          1.0E-11 Ry
没有全部给出,只给出部分,我就看的这部分的 Fermi energy和上面的K 点的band的能量,我就通过这里判断的,然后计算nbnd=14的,不知道对不对?
产生密集K点
Sysname='Sc'
nabc=' 16 16 8 '
n_start=9
n_last=14
#
E_Fermi=`grep Fermi Sc.scf.out | cut -c 26-36`
a1=`grep 'b(1)' Sc.scf.out | cut -c 24-54`
a2=`grep 'b(2)' Sc.scf.out | cut -c 24-54`
a3=`grep 'b(3)' Sc.scf.out | cut -c 24-54`

cat > kvecs_FS.in < $a1
$a2
$a3
$nabc
$Sysname
EOF
进行非自洽计算,Sc.fs.in:
Sysname='Sc'

cat > Sc.fs.in << EOF
&control
    calculation='nscf'
    prefix='Sc',
    pseudo_dir = '/home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/',
    outdir='/home/liushichen/test/pwscf/Sc/tmp/'
/
&system
    ibrav=0,
    nat=2,
    ntyp=1,
    ecutwfc = 90.0,
    ecutrho = 360.0,
    nbnd=14

/
&electrons
    diagonalization='cg'
    conv_thr = 1.0e-10
    mixing_beta = 0.7
/
ATOMIC_SPECIES
Sc  44.9559  Sc.pbe-nsp-van.UPF
CELL_PARAMETERS {bohr}
6.254820382  0.00000000  0.00000000
-3.127410191  5.41683334  0.00000000
0.000000000  0.00000000  9.958412336
ATOMIC_POSITIONS
Sc 0.3333333333333286 0.6666666666666714 0.2500000000000000
Sc 0.6666666666666714 0.3333333333333286 0.7500000000000000
K_POINTS
EOF

cat  kvecs_$Sysname >> Sc.fs.in
然后进行计算,最后处理得出Bands_FS.bxsf文件,准备画图,然后xcrysden报错,ERROR: Error reading BANDGRID_3D_ section, while reading
贴出Bands_FS.bxsf文件的前部分:
BEGIN_INFO
   #
   # this is a Band-XCRYSDEN-Structure-File
   # aimed at Visualization of Fermi Surface
   #
   # Case:   Sc                                                                              
   #
Fermi Energy:          8.7862
END_INFO
BEGIN_BLOCK_BANDGRID_3D
band_energies
BANDGRID_3D_BANDS
    6
   17   17    9
  0.000000  0.000000  0.000000
  1.000000  0.577350 -0.000000
  0.000000  1.154701  0.000000
  0.000000 -0.000000  0.628094
帮忙看下,那里出了问题,你不是已经计算出来了么,谢谢了
18楼2013-03-16 16:42:14
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刘仕晨

木虫 (正式写手)

引用回帖:
20楼: Originally posted by xiaoqiu007 at 2013-03-27 10:10:50
(1)应将calculation='nscf'中的nscf改为'band';
新版PWscf的要求。
(2)您可以尝试Ca的费米面计算,我算完后不能重现文献中的结果,非常诡异。...

我不是高版本的,我是4.3.2所以应该nscf,example也是这样的,不过我遇到了新的我问题,麻烦帮我看看:
您好,我在测试ecut和K点的时候遇到了新的问题,我是这样做的,分别设ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每个ecut值下面慢慢增加K点,但是奇怪的是,在ecut=50 60和70的时候自洽运算会出现对称性操作丢失的警告:
    warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  4 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  7 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  8 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 11 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 12 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 15 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 16 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates

我看到小木虫上有说通过增加ecut可以解决,可是为什么30 和40又能跑呢?这个问题怎么解决,我同时贴出我的IN文件:
&CONTROL
                 calculation = 'scf' ,
                restart_mode = 'from_scratch' ,
                      outdir = '/home/liushichen/work/pwscf/tmp/' ,
                  pseudo_dir = '/home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/' ,
                      prefix = 'CrO2' ,
/
&SYSTEM
                       ibrav = 0,
                         nat = 6,
                        ntyp = 2,
                     ecutwfc = 50 ,
                     ecutrho = 200 ,
                 occupations = 'smearing' ,
                     degauss = 0.02 ,
                    smearing = 'gaussian' ,
                       nspin = 2 ,
   starting_magnetization(1) = 0.5,
                  lda_plus_u = .true. ,
                Hubbard_U(1) = 3,
/
&ELECTRONS
                    conv_thr = 1.0e-10 ,
                 mixing_beta = 0.7 ,
/
CELL_PARAMETERS cubic
     8.350300000    0.000000000    0.000000000
     0.000000000    8.350300000    0.000000000
     0.000000000    0.000000000    5.502600000
ATOMIC_SPECIES
   Cr   52.00000  Cr.pz-hgh.UPF
    O   16.00000  O.pz-hgh.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
   Cr      0.000000000    0.000000000    0.000000000   
   Cr      0.500000000    0.500000000    0.500000000   
    O      0.303000000    0.303000000    0.000000000   
    O      0.697000000    0.697000000    0.000000000   
    O      0.803000000    0.197000000    0.500000000   
    O      0.197000000    0.803000000    0.500000000   
K_POINTS automatic
  6 6 9   0 0 0
2,第二个问题是:我发现计算结果的out文件中的原子位置的Z方向有移动,但是我没有relax阿,我只是跑的自洽阿,这是为什么,贴出那部分文件:
Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Cr  tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
         2           Cr  tau(   2) = (   0.5000000   0.5000000   0.3294852  )
         3           O   tau(   3) = (   0.3030000   0.3030000   0.0000000  )
         4           O   tau(   4) = (   0.6970000   0.6970000   0.0000000  )
         5           O   tau(   5) = (   0.8030000   0.1970000   0.3294852  )
         6           O   tau(   6) = (   0.1970000   0.8030000   0.3294852  )
麻烦帮我看下,谢谢!
21楼2013-03-27 15:41:38
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