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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 知道miRNA的成熟序列，怎么查找它的前体序列啊？
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orochi_hsh

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在符合筛选标准的情况下，你说多长就多长吧...
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11楼2013-03-08 09:50:19
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
没入尘埃5: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-11 16:47:31
tgggatattc tgctgcagtc ccttggttct
     1561 ggactaacag aagataacag cttagatgag atgcggagaa tactatcttt tagctattat
     1621 gatctacctt ctcatctgag aacttgtcta ttgtatctaa gtatataccc cgaagataga
     1681 gagattgata gagatagtct gatatggaag tgggtagccg

可能你需要反过来读

设计引物啥的应该够了

LOCUS       AY009938
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没入尘埃5
12楼2013-03-08 19:35:43
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半导体与导体

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
没入尘埃5: 金币+1, ★有帮助 2013-03-11 16:48:37
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-28 17:35:22
打开miRbase，输入成熟的miR序列，选择hsa，搜索，打开的界面上会有pre的序列及其在染色体上的位置，点击后，在基因组pre位置前后各取500bp，即为可能的pri序列。
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13楼2013-03-08 22:02:06
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by orochi_hsh at 2013-03-08 09:50:19
在符合筛选标准的情况下，你说多长就多长吧...

什么意思啊？？不明白
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如果不努力，肯定没收获！
14楼2013-03-11 16:45:46
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by cdl007 at 2013-03-08 19:35:43
tgggatattc tgctgcagtc ccttggttct
     1561 ggactaacag aagataacag cttagatgag atgcggagaa tactatcttt tagctattat
     1621 gatctacctt ctcatctgag aacttgtcta ttgtatctaa gtatataccc cgaagataga
     1681 g ...

这是你预测出来的前提序列吗？直接用这个设计引物就行吗？
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如果不努力，肯定没收获！
15楼2013-03-11 16:46:22
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yesali at 2013-03-05 13:30:10
NCBI上去blust比对，或者去miRbase去查，好多数据库给出了成熟序列和发夹结构序列

成熟序列是我们自己预测的
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如果不努力，肯定没收获！
16楼2013-03-11 16:47:59
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个序列不是预测的，是根据你的序列在ncbi上找到的，LOCUS       AY009938是它的ncbi的编码，
做pcr的话，引物设计目前的顺序是5端-3端，根据你的序列，可能要3-5这个方向来设计引物。
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17楼2013-03-11 17:35:33
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cherylshen

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by 半导体与导体 at 2013-03-08 22:02:06
打开miRbase，输入成熟的miR序列，选择hsa，搜索，打开的界面上会有pre的序列及其在染色体上的位置，点击后，在基因组pre位置前后各取500bp，即为可能的pri序列。

hsa？怎么没找到呢？期待回复，多谢了
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18楼2013-04-14 11:20:41
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半导体与导体

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by cherylshen at 2013-04-14 11:20:41
hsa？怎么没找到呢？期待回复，多谢了...

hsa为人
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19楼2013-04-28 17:49:19
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koala0224

新虫 (初入文坛)
您好，打扰一下，你知道如何得到成熟miRNA的前体序列了吗？我现在也是面临同样的问题。能帮忙解决一下吗？非常感谢。
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20楼2016-12-06 21:59:58
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