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如何解晶体?
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第一次做出晶体,刚请朋友帮忙解出,但是拿着一堆文件,却不会分析,实验室也没有人会,急!请教大家:我应该如何读那些文件,acta crystallographica section E当中一系列数据,类似:data collection,Refinement 这类数据该怎样读. 非常感谢! [ Last edited by xjlove on 2007-8-23 at 22:20 ] |
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8楼2007-08-25 01:28:07
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xjlove(金币+2,VIP+0):谢谢:)
xjlove(金币+2,VIP+0):谢谢:)
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学习解晶体最初的动力肯定是想了解自己搞得那堆东西是怎么回事 第一：要了解的就是cif文件， cif文件只是格式比较麻烦一些，他要在很短的篇幅中介绍您的结构，必定需要告诉：样品名称，分子式，对称性，元素种类，收集数据的条件，原子的三维坐标，热震动的大小，数据质量等等，这个呢可以去读一下陈小明老师的那本书，有一节专门讲了cif里各个条目的意思，如有不懂的可发帖向大家询问。 第二：目前解单晶软件最好用的并不是shelx系列的，但是shelx系列是最广泛的。初学者最好用带xshell版本的（软件网上很多地方都可以下载，当然我也可以“非法“提供给您）。由于衍射数据的信息无法直接读取，我们有必要将其含有的结构信息通过一定的软件还原并表达出来。比较通用的方法就是最小二乘法，最小二乘法的核心就是通俗的说法”逐步逼近“，这样就需要提供一个最初始得结构模型，本步骤可有shelx程序包中的xperp及xs来完成。xs出来的初始模型需要进一步的精修（逐步逼近）直到计算出来的模型和衍射数据所反映的理论模型相差很小时，结构也就修完了。接下来就要使用xshell了，该子程序可以自动读入您刚才的初始模型，根据您化学方面的知识判断模型是否正确，模型中原子的种类等等是否合理，再稍微确定出更准确的结构，refine（精修一下），再看看新出来的模型，是否还有原子没有确定（即将鬼峰q指认成合适的原子），多次上面的循环，我们的结构就越完美，一直修到出现的q峰接近1.0左右（有时会稍大）。但是在前面我们忽略了一个问题，就是原子包括化学键在非绝对零度都是有震动的，因此它的电子云就肯定不是球状，也就是说原子表现出来的是各项异性而非各向同性，那么只需加入anis命令（在xshell中只需在选项前面打个勾就可以了），在修几轮，这时结构就差不多了。多练习几次，遇到具体问题可以向大家请教。 先到这吧，下次再聊！ |
9楼2007-08-25 15:28:09
xiaoxin1982319
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10楼2007-08-26 11:43:12
