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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 物理 » 用Material Studio构建复杂模型及处理成poscar的2种方法
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csfn

荣誉版主 (知名作家)

[资源] 用Material Studio构建复杂模型及处理成poscar的2种方法

由于本人担任新版首任版主，需要支持人气，此帖已复制在计算专版，请各位见谅。本来想删掉此帖，但是考虑到支持材料专区的工作，此帖就保留。如有意见，此贴版主可以删掉！

前面有xinjiang“介绍一个用Material Studio构建表面模型（zz）”的帖子，我发现做表面的还不少。这里我也给大家介绍一点经验，简单点表面构建法前面介绍了，那么这里我介绍“用Material Studio构建稍微复杂的表面模型”。这里介绍的是构造一个根号3x2的pt（111）表面。
用MS Modeling制作slab模型结构图
1， 打开MS modeling,建立一个项目，如test；
2， 右击test项目，在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;
3, 在主菜单中的Build选择surfaces/Cleave surface,
4, 在弹出的菜单中处理数据
（i）在surface box界面下
a)你所要做的表面，如[111];  也就是将cleave plane [h k l]修改成 [1 1 1]；
b) 修改深度，即将depth修改成你所需要的原子层数， 如4；
（ii）在options界面下
将Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向，V在xy平面
（iii）在surface Mesh的界面下
修改U,V矢量。
如保持U不变，将V矢量修改成 0.5 0.5 -1
5,点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型，
6，在主菜单中的Build选择Crystals/Build Vaccum Slab
7,在弹出的菜单中修改相应的参量，比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型；
8，在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小，如将A修改成2，点击Create supercell
这样产生了你所要的表面
在该表面，你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别，以及top，bridge位置。


如果你需要产生vasp的poscar文件，那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件（它是卡迪尔坐标），简单进行处理下就变成vasp了。
比如我这里有个。car坐标：
引用回帖:
!BIOSYM archive 3
PBC=2D
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Thu Nov 16 09:42:17 2006
PBC    11.5352    4.9949   90.0000(p 1)
Au1      0.000000000    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au2      5.767587171    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au3      2.883793586    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au4      8.651380757    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au5      1.441896793    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au6      7.209483964    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au7      4.325690379    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au8     10.093277550    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au9      1.441896793    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au10     7.209483964    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au11     4.325690379    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au12    10.093277550    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au13     0.000000000    4.344876134   -0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au14     5.767587171    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au15     2.883793586    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au16     8.651380757    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
end
end

要转换成vasp，下面贴出我的程序是：
引用回帖:
parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)
real x(n),y(n),z(n)
real lx(3),ly(3),lz(3)
real lattice
character p
character*18 selective
character*6 direct

lx=0.0
ly=0.0
lz=0.0
lattice=4.64
lx(1)=  11.8800/lattice
ly(2)= 6.5761/lattice
lz(3)= 15.8554/lattice       



open(1,file="Au (1 1 1) (4).car"
do i=1,5
read(1,*)
enddo
do i=1,n
read(1,*)p,x(i),y(i),z(i)
enddo
do i=1,2
read(1,*)
enddo
close(1)
open(2,file="POSCAR"
write(2,*)"rutile.TiO2(110)"
write(2,15)lattice
15 format(f15.8)
write(2,16)lx
write(2,16)ly
write(2,16)lz
16 format(3f15.8)
write(2,17)nsum,nsun
17 format(2I5)
Selective="Selective dynamics"
direct="direct"
write(2,171)Selective
write(2,172)"direct"
171 format(A18)
172 format(A6)
do i=1,n
write(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y(i)/ly(2)/lattice,z(i)/lz(3)/lattice
18 format(3f15.8,"   T   T   T"
enddo

close(2)
end

那么产生的poscar文件：
引用回帖:
rutile.TiO2(110)
     4.64000000
     2.56034500      .00000000      .00000000
      .00000000     1.41726300      .00000000
      .00000000      .00000000     3.41711200
   16    0
Selective dynamics
direct
      .00000000      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .48548710      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .24274360      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .72823070      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .12137180      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .60685890      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .36411530      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .84960250      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .12137180      .28093210      .00000000   T   T   T
      .60685890      .28093210      .00000000   T   T   T
      .36411530      .28093210      .00000000   T   T   T
      .84960250      .28093210      .00000000   T   T   T
      .00000000      .66070720      .00000000   T   T   T
      .48548710      .66070720      .00000000   T   T   T
      .24274360      .66070720      .00000000   T   T   T
      .72823070      .66070720      .00000000   T   T   T



如果觉得有用的话，大家就拍下砖啊，让更多的同志们能探讨和学习表面构建.支持下我的呕心原创 ^_^！

[ Last edited by csfn on 2007-12-4 at 08:59 ]
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1楼 2007-08-21 16:55:59
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csfn

荣誉版主 (知名作家)
呵呵，好在“3040821025”又给我点鼓励，这么多人看多不顶呀!
我继续加点东西，大家顶顶啊！
第二种构建poscar进阶方法，可构建高指数面，纳米线管等复杂结构
在ms模块中搭建好所需要的的结构，然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”，出现一个菜单，在该菜单最下方出现三个选项，run，files，help，我们选择点击“files”，然后点击“save files”。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你到项目下打开你保存的文件。会看到一个*.cell文件，如果看不到，你就到工具栏下设置下显示隐藏的文件，*.cell是隐藏的文件。打开这个cell文件，你会看到前面是坐标文件，比如：
CODE:
%BLOCK LATTICE_CART
       2.555294556406364      -1.475300000000001       0.000000000000000
       0.000000000000000       2.950600000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       4.678800000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
Ti   0.3333333333333334   0.6666666666666667   0.2500000000000000
Ti  -0.3333333333333334  -0.6666666666666667   0.7500000000000001
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.4166666666666666       0.010000000000000
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.2500000000000000       0.010000000000000
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.0833333333333333       0.010000000000000
  -0.5000000000000000   0.4000000000000000   0.4166666666666666       0.040000000000000
  -0.5000000000000000   0.4000000000000000   0.2500000000000000       0.040000000000000
  -0.5000000000000000   0.4000000000000000   0.0833333333333333       0.040000000000000

cell文件第2行到第5行的数字显示的是晶格矢量，对应就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量，不过这个时候poscar的第二行的晶格常熟要设置为1，因为cell文件的晶格矢量包含了晶格常数进去了。
cell文件第7行空格，第8行显示说是坐标了，而且是分数坐标，呵呵，很清楚了，在poscar的基矢量接着写下“direct”，表示是分数坐标，然后把cell文件第9行到第10行（这里是针对我给出的简单例子只有2个原子，多原子的类推就可以了）copy到poscar下就可以了。
一个poscar就完成了！就算很复杂的结构比如高指数表面，纳米线，纳米管，使用这种方法构建，非常简单！不过以上方法都是我个人摸索出来的，是否可行，有待大家评点！

[ Last edited by csfn on 2007-11-2 at 09:32 ]
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2楼2007-08-21 19:55:50
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saloon

木虫 (小有名气)
ding yixia
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3楼2007-08-21 20:37:07
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hexingyi

木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

希望有更多这样的交流帖
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4楼2007-08-21 23:57:40
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volcano99

铁虫 (初入文坛)
十分有必要顶一下！！！向 csfn致敬！
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5楼2007-08-22 00:05:03
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dwma

铁杆木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

你的方法很好，我用的也是MS，希望以后遇到问题多探讨
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6楼2007-08-22 09:13:32
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forinfo

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢啊，很好！
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7楼2007-08-22 11:21:01
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csfn

荣誉版主 (知名作家)
呵呵，一点心得，大家一起交流，欢迎大家提出好的方法共享
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8楼2007-09-06 09:39:05
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liu_dong88

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢!学习一下
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9楼2007-09-06 14:13:48
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qingliniao

铁杆木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

如何确定根号3x2的pt（111）表面的U,V?
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10楼2007-09-07 11:46:04
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csfn

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by qingliniao at 2007-9-7 11:46 AM:
如何确定根号3x2的pt（111）表面的U,V?

如何确定确实不容易，我结果不断尝试，发现这个值是不能随便改变的，uv之间有一定的规律，至于什么规律，你自己尝试修改下就知道……
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11楼2007-09-08 15:49:51
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mhl0002

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

lz辛苦了，谢谢分享你的经验
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13楼2007-09-17 08:25:30
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kittenbj

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢!学习一下
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14楼2007-09-18 02:28:15
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csfn

荣誉版主 (知名作家)
竟然沉下去了
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15楼2007-10-16 14:16:46
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

小C哥 总能给我们提供惊喜
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16楼2007-10-16 14:20:36
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gkd_0000

新虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶顶 ^_^
楼主真是好同志！
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17楼2007-10-16 18:59:23
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whuang

木虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

顶一个～～
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18楼2007-10-18 23:16:10
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sunmuer

木虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

这个帖子好啊
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19楼2007-10-24 07:12:57
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wmx2007

金虫 (小有名气)
怎么样读出.pdp格式的文件
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21楼2007-11-01 08:21:35
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yijie27

金虫 (正式写手)
非常不错！请高手多多指教！
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22楼2007-11-01 12:16:01
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onexf766

木虫 (正式写手)

好!


不错~
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23楼2007-11-14 08:08:05
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alicewal

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

刚开始学习MS和VASP，谢谢分享！
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24楼2007-11-14 12:10:22
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chenaihua

银虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

不错
我是用的第二种方法
简单一点
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25楼2007-11-19 17:50:55
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leo_scy

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持，学习
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26楼2007-11-19 20:48:55
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mumuly

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵 支持一下
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27楼2008-03-03 00:29:04
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zhaokelun197512楼
2007-09-09 10:27   回复  
 
tanyutou20楼
2007-10-26 08:06   回复  
 
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