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muguawl

金虫 (小有名气)

[求助] 石墨烯nano-patterning

我想实现图示的nano patterning,即是把图中的灰色的几个原子(hole原子)通过加载力把它们圧分离。青的原子(inplane原子)只能在XY方向动,Z方向约束住。也就是想实现这篇文献的东西http://iopscience.iop.org/0957-4484/22/47/475303/media以下为我的in文件
variable task index graphene
shell mkdir ./${task}

units metal
atom_style full
read_data graphene.model

log ./${task}/${task}.log
lattice fcc 1.0
region 1 cylinder z 7.2 10 1.8 -INF INF units box
group hole region 1
group inplane subtract all hole
set group hole type 2
pair_style airebo 2.0 1 1
pair_coeff * * CH.airebo C C
neighbor 2.0 nsq

neigh_modify delay 1 check yes
timestep 0.5e-3
thermo 100
velocity hole create 300 5225786 dist uniform
fix 4 hole npt temp 300 300 0.05 iso 0 0 0.5 drag 1.0
fix 5 inplane nve
fix 6 inplane setforce NULL NULL 0
dump 1 all atom 100 ./graphene.model.lammpstrj
run 10000
write_restart ./${task}.rs.*
unfix 4
unfix 5
undump 1
timestep 0.001e-3
thermo 100
fix 1 all nve
fix 3 hole addforce 0 0 2.8
dump 2 all atom 200 ./${task}/graphene.lammpstrj

run 10000

现在出现的问题是我看着灰色原子键已经和青色原子分离了,但它不是继续沿加载力的方向走,而是又反弹回来,又跟青色原子成键了。请大家帮我看看我写这个程序能否实现我的想法,出错在哪儿呢?

2013-02-28 10:35:41的屏幕截图.png
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:27:33
region 1 cylinder z 7.2 10 1.8 -INF INF units box
你加力在一个圆柱体内。 看你的图形, 分离体发生翻转, 是否部分出了加力区域? 这样的话有可能翻转回来。。 检查一下分离体的轨迹,受力状况 (dump出来)。 应该可以找到答案。。
2楼2013-03-01 10:25:07
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