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石墨烯nano－patterning
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我想实现图示的nano patterning，即是把图中的灰色的几个原子（hole原子）通过加载力把它们圧分离。青的原子（inplane原子）只能在XY方向动，Z方向约束住。也就是想实现这篇文献的东西http://iopscience.iop.org/0957-4484/22/47/475303/media以下为我的in文件 variable task index graphene shell mkdir ./${task} units metal atom_style full read_data graphene.model log ./${task}/${task}.log lattice fcc 1.0 region 1 cylinder z 7.2 10 1.8 -INF INF units box group hole region 1 group inplane subtract all hole set group hole type 2 pair_style airebo 2.0 1 1 pair_coeff * * CH.airebo C C neighbor 2.0 nsq neigh_modify delay 1 check yes timestep 0.5e-3 thermo 100 velocity hole create 300 5225786 dist uniform fix 4 hole npt temp 300 300 0.05 iso 0 0 0.5 drag 1.0 fix 5 inplane nve fix 6 inplane setforce NULL NULL 0 dump 1 all atom 100 ./graphene.model.lammpstrj run 10000 write_restart ./${task}.rs.* unfix 4 unfix 5 undump 1 timestep 0.001e-3 thermo 100 fix 1 all nve fix 3 hole addforce 0 0 2.8 dump 2 all atom 200 ./${task}/graphene.lammpstrj run 10000 现在出现的问题是我看着灰色原子键已经和青色原子分离了，但它不是继续沿加载力的方向走，而是又反弹回来，又跟青色原子成键了。请大家帮我看看我写这个程序能否实现我的想法，出错在哪儿呢？  2013-02-28 10:35:41的屏幕截图.png |
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