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王金荣1987铁虫 (初入文坛)
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[求助]
跪求，泣求，吐血求高人指点：PWscf在计算六角结构时怎么设置基矢坐标和原子位置？
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我的脚本 #!/bin/sh #PBS -N pwscf #PBS -j oe #PBS -o wjr.out #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -V ################################################################# #......you only need to modify the filename of these line.......# #............or add lines similar as these......................# cd /home/guohuazhong/wjr/NiAs_0/341_c for i in `seq -w 1.62 0.01 1.82` do j=`awk 'BEGIN{print (341/'$i')^(1.0/3.0)}'` mkdir $i cd $i cat > RhN.in < calculation = 'scf' restart_mode='from_scratch', prefix='RhN', tstress = .true. tprnfor = .true. forc_conv_thr=1.0D-4 etot_conv_thr=1.0D-6 pseudo_dir = '/home/guohuazhong/wjr/espresso-5.0.2/pseudo/', outdir='/home/guohuazhong/wjr/tmp/' / &system ibrav=0,celldm(1)=$j,celldm(3)=$i, nat= 4, ntyp= 2,ecutwfc=100, occupations='smearing', smearing='marzari-vanderbilt', degauss=0.05 / &electrons diagonalization='david' mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 conv_thr = 1.0d-8 / CELL_PARAMETERS { hexagonal } 0.500000 -0.866 0.0000000 0.500000 0.866 0.0000000 0.000000 0.00000000 1.0000000 ATOMIC_SPECIES Rh 102.906 Rh.pbe-spn-kjpaw_psl.0.2.3.UPF N 14.007 N.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal Rh 0.00000 0.00000 0.000000 Rh 0.00000 0.00000 0.500000 N 0.33333 0.66667 0.250000 N 0.66667 0.33333 0.750000 K_POINTS automatic 20 20 18 0 0 0 EOF mpirun -np 12 /home/guohuazhong/wjr/espresso-5.0.2/bin/pw.x sed -n '/! total energy/p' RhNk=$i.out | awk '{print $5}' >> ../total_energy1.txt sed -n '/unit-cell volume =/p' RhNk=$i.out | awk '{print $4}' >> ../cell_volume1.txt cd .. done ################################################################# exit 0 一直算不对，结果和文献上出入很大，没有办法进行弹性常数的计算。我这样设置的依据是  跪求各位大神指点！！！！！！！！！！！！！！ |
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【答案】应助回帖
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在epresso的说明书（espresso/Doc/INPUT_PW.html）里有六角晶系的设置方法。六角晶系选ibrav=4.比如石墨烯，典型的六角晶系，相应的参数设置为： &SYSTEM ibrav=4, celldm(1)=4.64117, celldm(3)= 2.7264, ntyp=1, nat=4, / ... ATOMIC_SPECIES C 28.086 C.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal C 0.0 0.0 0.0 C 0.333333333 0.666666666 0.0 C 0.0 0.0 0.5 C 0.666666666 0.333333333 0.5 你可以仿照这个例子，将晶格常数设成你自己的，相应位置的C原子改成你需要的原子优化即可。 |
4楼2013-03-03 18:51:11